2020 Fiscal Year Annual Research Report
Genome-wide linc RNA analysis in patients with neuropathic pain
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17H04320
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| Research Institution | Tohoku University |
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Principal Investigator |
山内 正憲 東北大学, 医学系研究科, 教授 (00404723)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
杉野 繁一 東北大学, 大学病院, 講師 (00423765)
城戸 幹太 神奈川歯科大学, 歯学部, 診療科講師 (40343032)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | 神経障害性疼痛 / 長鎖非翻訳RNA / ゲノム網羅的関連解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
2020年度に遷延性術後痛の新しいモデルと考えられるmodified SMIRモデルの確立に成功した．このモデルではvon Freyフィラメントを用いた機械刺激に対しては手術後49日まで逃避閾値が低下した．Hargreeves装置を用いた熱刺激では手術後28日まで逃避閾値が低下した．さらにわれわれは手術後14日の時点でのこのモデルラットの後根神経節(DRG)と脊髄後角(SDH)で次世代DNAシークエンサーを用いたトランスクリプトーム解析を行った．シークエンスリードはHISAT2でラット参照ゲノム(rn6)にマッピングし，StringTieでカウントデータを作成した．その結果，脊髄および後根神経節でそれぞれ28,245個，28,101個のmRNAの発現量が定量された．対照であるShamとの発現量の差異はDESeq2ソフトウェアで比較した．さらにわれわれはEnsemblゲノムデータベースから長鎖非翻訳RNAをコードする3,091種類の遺伝子の一覧を取得し，遺伝子発現データと照合した．これらの解析により遷延性術後痛モデルにで長鎖非翻訳RNAの発現が高度に変化していたのは，SDHで3種，DRGで11種であった．しかしこれら14種の長鎖非翻訳RNAについてはその機能を同定した先行研究は存在せず，機能解析が必須だと思われた．とくにSDHとDRGの双方で発現が増加していたAABR07007055.1はさらなる下流解析の標的となることが示唆された．われわれはこのLinkRNAome解析の実行により，遷延性術後痛への介入の端緒となる遺伝子発現情報を得ることができた(詳細は最終報告書に記載する．)
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| Research Progress Status |
令和2年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和2年度が最終年度であるため、記入しない。
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Research Products
(1 results)
