2019 Fiscal Year Annual Research Report
Search for H. pylori genes and epigenetic status by Pacbio decoding
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17H04666
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| Research Institution | Kyorin University |
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Principal Investigator |
小林 一三 杏林大学, 医学部, 非常勤講師 (30126057)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
神谷 茂 杏林大学, 保健学部, 教授 (10177587)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | メチローム / エピゲノム進化 / ピロリ菌 / 胃がん / GWAS / 遺伝子発現ネットワーク / Pacbio / 適応進化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
＜1.メチローム解読＞ Hp Genome Projectが世界からピロリ菌1000株を収集し、その半分のメチロームをPacbioシーケンサーで解読した。私たちは、杏林大医学部、札幌厚生病院の株を送った。
＜２．地域特異性＞ 私たちとChinaCDCによる、東アジア各地のピロリ菌350株のゲノム配列について、系統地理解析を進めた。東アジアの先史・歴史、日本人の起源（縄文、弥生）に対応する集団構造が得られた。分集団特異的なタンパク配列多型(高Fstサイト)が多数明らかになり、立体構造ベースの機能予測から発がんとの関連を推測した。
＜３．GWAS＞ 日本とベトナム由来の十二指腸潰瘍株と胃がん株のGWASから、この病態差に関連するタンパク配列多型を明らかにし、構造から機構を推測した。HpGP株の胃がんvs.胃炎の予備的GWASから、多数のタンパク配列多型を明らかにし、構造から機構を推測した。
＜４．ミクロ進化＞ 配列特異的DNAメチル化酵素をハブとする、遺伝子制御ネットワークによる、適応的形質の支配を明らかにした。DNAメチル化と翻訳と転写の関連を示した。病原性アイランドでの、メチル化モチーフごとの特徴的な分布と遺伝子発現制御との関連を明らかにした。家族内感染株のメチロームの比較から、ピロリ菌メチル化酵素遺伝子の再編による配列特異性変換が、メチロームのミクロ進化を進める事を明らかにした。これらの株をスナネズミに感染させて、ゲノム進化を追った。発がんタンパク候補の機能解析を開始した。
＜５．Pacbio＞ ピロリ菌メチロームのPacbio解読のマルチプレックス法を、Pacbio社とともに開発した。1 セルで16株分を読む。
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| Research Progress Status |
令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
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Research Products
(29 results)
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[Presentation] H. pylori base-excision restriction enzyme: an oncoprotein?2019
Author(s)
I. Kobayashi1,2, K. Hanada3, M. Fukuyo4, K. Yahara5, H. Yonezawa1, Ceslovas Venclovas6, Y. Katsura7, H. Yano2, N. Takahashi2, A. Toyoda8, S. Nishiumi9, T. Azuma9, M. Kato10
Organizer
The 78th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association, Kyoto
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[Presentation] H. pylori epigenome micro-evolution associated with DNA methyltransferases’ sequence-specificity changes2019
Author(s)
M. Fukuyo1,2, H. Yano3,4, H. Yonezawa5, N. Takahashi5, K. Yahara6, M. Konno7, T. F. Shibata8, S. Shigenobu8, B. Rahmutulla1, I. Uchiyama8, Y. Hasegawa2, O. Ohara2, A. Kaneda1, I. Kobayashi3,5,9
Organizer
EHMSG2019
Int'l Joint Research
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