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2020 Fiscal Year Annual Research Report

Realization of nano-dynamics imaging of protein molecules in extremely soft membrane environments

Research Project

Project/Area Number 17H06121
Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

安藤 敏夫  金沢大学, ナノ生命科学研究所, 特任教授 (50184320)

Project Period (FY) 2017-05-31 – 2022-03-31
Keywords膜蛋白質 / 高速AFM / 走査型イオン伝導顕微鏡 / バイオイメージング
Outline of Annual Research Achievements

高速AFMはすでに様々な蛋白質系の動的プロセスの観察に広く利用されている。しかしそれでもなお、探針―試料間の接触力が大きすぎるなどが原因で観察できない対象が未だ多く存在する。そこで、本研究では以下の課題について取り組んできた。①膜表裏の間に非対称な環境を形成できるアッセイ系の実現、②非接触イメージング可能な走査型イオン伝導顕微鏡(SICM)の高速化と高解像化、及び、その両立、③高速AFM における探針-試料間接触力の更なる低減化
それぞれの課題について以下の進展が得られた。①については、宙に張った脂質膜を調製する必要があるが、蛋白質の二次元結晶を利用する方法では膜蛋白質に接しないほど深い孔を形成することが難しいという問題があった。そこで、微細孔を有する窒化シリコン膜、ポーラスアルミナ、及び、ナノピペットの利用を検討し、ポーラスアルミナが有望であることを見出した。②については、レーザープラーで先端孔径が5nm以下のナノピペットをルーチンで作製できる条件を見出した。また、液充填法、及び、変形させずに電顕でピペット形状を観察する手法を開発した。結果、SICMの高解像化に成功した。すでに高速化にも成功しているが、高速性と高解像性能を両立する課題が残されている。孔径を小さくするとインピーダンスが増大し、イオン電流計測の応答速度が遅くなる。そこで、孔径に依存しない応答速度を有する拡散電位の利用を検討し、拡散電位でもイメージング可能であることを見出した。しかし、拡散電位の応答速度も予想に反し遅いことが判明した。おそらく、負に帯電したピペット壁での電荷の再配置に時間がかかるのが原因と考えられる。この問題解決に専念する新たな人材を得、また、専用の高速SICM装置一式を作製した。③についても大きな前進があった。探針―試料間接触力を大幅に低減し、それより、従来よりも2-3倍の高速性能を達成した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

予定していた手法がうまく行かない場合でも、第二、第三の手法を検討し、目標に近づくことができている。例えば、CNT を利用したSICM 用ピペットの作成は成功確率が低いという問題があり未だ日常的に利用できる段階にないが、レーザープラーのパラメータを種々検討することにより、壁厚が3-6nm と薄く直径5nm 以下の開口を有するナノピペットをルーチンで作成できるようになった。膜表裏の間に非対称環境を持たせることができるアッセイ系の開発でも、当初予定していた方法に加え、別の複数の手法を検討した結果、それぞれ特徴のあるアッセイ系をある程度開発できている。高速SCIM の開発も順調に進展し、解像性能を落とさずに世界最速の性能を実現した。すでに高速SICMのバイオ応用研究にも着手し、他の手法では困難な解析が可能であることを実証している。比較的容易な手法(OTIモード)により、高速AFM における探針・試料間接触力の更なる低減化にも成功し、更なる飛躍への大きな一歩となった。OTIモードは当研究所の高速AFMユーザー全員に利用され始めており、遅くとも2022年内には市販の高速AFMにも搭載されることが決まっている。

Strategy for Future Research Activity

① 膜蛋白質を埋め込んだ宙に張った脂質膜の作製法の開発はあと一歩である。扱いが容易なポーラスアルミナにリポソームを載せたが破裂しにくく、それ故、二重層膜を張ることが難しい。ポーラスアルミナの表面を更に親水化処理することにより、リポソームを破裂させることができると見込んでいる。これが成功すれば、種々のABCトランスポータやトランスロコンの機能ダイナミクスを高速AFM観察する。
② SICMの高解像性能の達成と、その高速性能との両立には、二つの課題が残されている。孔径が約2nmのナノピペットの作製法は確立したが、孔を囲むガラス壁の厚さは5nm程度の場合が多く、未だ厚い。孔径を維持したままガラス壁を薄くするために、ピペット先端のKOH処理を試みたところ、有望であることが確認された。この方法を系統的に調べる。高速性能と高解像性能の両立については、ガラス壁の電荷を中和するとともに、拡散電位が大きくなる電解質を充填することにより実現できると考えている。一方、すでに開発した高速SICMを実際の応用研究に利用することもすでに開始している。具体的には、ナノピペット開口部で生ずる電気浸透流を利用して、細胞膜を変形させることにより膜の柔らかさをマッピングすることを進めている。悪性度の異なるがん細胞の膜の柔らかさの測定を進めている。また、試料表面の電荷分布の測定も行っており、生きた細胞の表面の電荷が細胞周期や栄養状態に応じて変化してゆく様子を観察できそうである。これらの応用研究を進めつつ、分離した細胞内オルガネラの表面やデルーフ細胞の内部の観察も行い、応用研究の幅を広げていく。
③ 高速AFMの高速性能と低侵襲性能の向上をほぼソフトエアの改変だけで実現したが、スキャナー、振幅計測器、カンチレバーといったハードウェアの更なる改良を進め、近い将来毎秒100秒で比較的脆いタンパク質系を観察できるようにする。

  • Research Products

    (29 results)

All 2021 2020 Other

All Int'l Joint Research (5 results) Journal Article (14 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Peer Reviewed: 14 results,  Open Access: 2 results) Presentation (3 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 3 results) Book (1 results) Remarks (5 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Aix-Marseille University and CNRS(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      Aix-Marseille University and CNRS
  • [Int'l Joint Research] State University of Milano-Bicocca(イタリア)

    • Country Name
      ITALY
    • Counterpart Institution
      State University of Milano-Bicocca
  • [Int'l Joint Research] McGill University(カナダ)

    • Country Name
      CANADA
    • Counterpart Institution
      McGill University
  • [Int'l Joint Research] Dalian University of Technology/Chinese Academy of Sciences/Shanghai Institute of Applied Physics(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      Dalian University of Technology/Chinese Academy of Sciences/Shanghai Institute of Applied Physics
    • # of Other Institutions
      2
  • [Int'l Joint Research] UC Los Angels(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      UC Los Angels
  • [Journal Article] High-Speed Atomic Force Microscopy Reveals Spatiotemporal Dynamics of Histone Protein H2A Involution by DNA Inchworming2021

    • Author(s)
      Nishide Goro、Lim Keesiang、Mohamed Mahmoud Shaaban、Kobayashi Akiko、Hazawa Masaharu、Watanabe-Nakayama Takahiro、Kodera Noriyuki、Ando Toshio、Wong Richard W.
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 12 Pages: 3837~3846

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.1c00697

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Faster high-speed atomic force microscopy for imaging of biomolecular processes2021

    • Author(s)
      Fukuda Shingo、Ando Toshio
    • Journal Title

      Review of Scientific Instruments

      Volume: 92 Pages: 033705 (11 pp)

    • DOI

      10.1063/5.0032948

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural and dynamics analysis of intrinsically disordered proteins by high-speed atomic force microscopy2020

    • Author(s)
      Kodera Noriyuki、Noshiro Daisuke、Dora Sujit K.、Mori Tetsuya、Habchi Johnny、Blocquel David、Gruet Antoine、Dosnon Marion、Salladini Edoardo、Bignon Christophe、Fujioka Yuko、Oda Takashi、Noda Nobuo N.、Sato Mamoru、Lotti Marina、Mizuguchi Mineyuki、Longhi Sonia、Ando Toshio
    • Journal Title

      Nature Nanotechnology

      Volume: 16 Pages: 181~189

    • DOI

      10.1038/s41565-020-00798-9

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Millisecond Conformational Dynamics of Skeletal Myosin II Power Stroke Studied by High-Speed Atomic Force Microscopy2020

    • Author(s)
      Matusovsky Oleg S.、Kodera Noriyuki、MacEachen Caitlin、Ando Toshio、Cheng Yu-Shu、Rassier Dilson E.
    • Journal Title

      ACS Nano

      Volume: 15 Pages: 2229~2239

    • DOI

      10.1021/acsnano.0c06820

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Geometrical Characterization of Glass Nanopipettes with Sub-10 nm Pore Diameter by Transmission Electron Microscopy2020

    • Author(s)
      Shigyou Kazuki、Sun Linhao、Yajima Riku、Takigaura Shohei、Tajima Masashi、Furusho Hirotoshi、Kikuchi Yousuke、Miyazawa Keisuke、Fukuma Takeshi、Taoka Azuma、Ando Toshio、Watanabe Shinji
    • Journal Title

      Analytical Chemistry

      Volume: 92 Pages: 15388~15393

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.0c02884

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Two-State Exchange Dynamics in Membrane-Embedded Oligosaccharyltransferase Observed in Real-Time by High-Speed AFM2020

    • Author(s)
      Kawasaki Yuki、Ariyama Hirotaka、Motomura Hajime、Fujinami Daisuke、Noshiro Daisuke、Ando Toshio、Kohda Daisuke
    • Journal Title

      Journal of Molecular Biology

      Volume: 432 Pages: 5951~5965

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2020.09.017

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] High-Speed Atomic Force Microscopy Reveals Factors Affecting the Processivity of Chitinases during Interfacial Enzymatic Hydrolysis of Crystalline Chitin2020

    • Author(s)
      Qu Mingbo、Watanabe-Nakayama Takahiro、Sun Shaopeng、Umeda Kenichi、Guo Xiaoxi、Liu Yuansheng、Ando Toshio、Yang Qing
    • Journal Title

      ACS Catalysis

      Volume: 10 Pages: 13606~13615

    • DOI

      10.1021/acscatal.0c02751

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] High-Speed AFM Reveals Molecular Dynamics of Human Influenza A Hemagglutinin and Its Interaction with Exosomes2020

    • Author(s)
      Lim Keesiang、Kodera Noriyuki、Wang Hanbo、Mohamed Mahmoud Shaaban、Hazawa Masaharu、Kobayashi Akiko、Yoshida Takeshi、Hanayama Rikinari、Yano Seiji、Ando Toshio、Wong Richard W.
    • Journal Title

      Nano Letters

      Volume: 20 Pages: 6320~6328

    • DOI

      10.1021/acs.nanolett.0c01755

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Spatiotemporally tracking of nano-biofilaments inside the nuclear pore complex core2020

    • Author(s)
      Mohamed Mahmoud Shaaban、Hazawa Masaharu、Kobayashi Akiko、Guillaud Laurent、Watanabe-Nakayama Takahiro、Nakayama Mizuho、Wang Hanbo、Kodera Noriyuki、Oshima Masanobu、Ando Toshio、Wong Richard W.
    • Journal Title

      Biomaterials

      Volume: 256 Pages: 120198 (11 pp)

    • DOI

      10.1016/j.biomaterials.2020.120198

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Self- and Cross-Seeding on α-Synuclein Fibril Growth Kinetics and Structure Observed by High-Speed Atomic Force Microscopy2020

    • Author(s)
      Watanabe-Nakayama Takahiro、Nawa Maika、Konno Hiroki、Kodera Noriyuki、Ando Toshio、Teplow David B.、Ono Kenjiro
    • Journal Title

      ACS Nano

      Volume: 14 Pages: 9979~9989

    • DOI

      10.1021/acsnano.0c03074

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Studies on the impellers generating force in muscle2020

    • Author(s)
      Ando Toshio
    • Journal Title

      Biophysical Reviews

      Volume: 12 Pages: 767~769

    • DOI

      10.1007/s12551-020-00705-5

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Capturing transient antibody conformations with DNA origami epitopes2020

    • Author(s)
      Zhang Ping、Liu Xiaoguo、Liu Pi、Wang Fei、Ariyama Hirotaka、Ando Toshio、Lin Jianping、Wang Lihua、Hu Jun、Li Bin、Fan Chunhai
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 11 Pages: 3114 (9 pp)

    • DOI

      10.1038/s41467-020-16949-4

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Diversity of physical properties of bacterial extracellular membrane vesicles revealed through atomic force microscopy phase imaging2020

    • Author(s)
      Kikuchi Yousuke、Obana Nozomu、Toyofuku Masanori、Kodera Noriyuki、Soma Takamitsu、Ando Toshio、Fukumori Yoshihiro、Nomura Nobuhiko、Taoka Azuma
    • Journal Title

      Nanoscale

      Volume: 12 Pages: 7950~7959

    • DOI

      10.1039/c9nr10850e

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamics of oligomer and amyloid fibril formation by yeast prion Sup35 observed by high-speed atomic force microscopy2020

    • Author(s)
      Konno Hiroki、Watanabe-Nakayama Takahiro、Uchihashi Takayuki、Okuda Momoko、Zhu Liwen、Kodera Noriyuki、Kikuchi Yousuke、Ando Toshio、Taguchi Hideki
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 117 Pages: 7831~7836

    • DOI

      10.1073/pnas.1916452117

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Structural and dynamics analysis of intrinsically disordered proteins by high-speed AFM2021

    • Author(s)
      Toshio Ando
    • Organizer
      Symposium "Time to Share: New Insights into High-speed AFM"
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Keynote speech "High-speed AFM for life sciences"2020

    • Author(s)
      Toshio Ando
    • Organizer
      8th Multifrequency AFM Conference
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 高速AFMとそのバイオ応用研究の概観2020

    • Author(s)
      安藤 敏夫
    • Organizer
      ブルッカージャパンナノ計測事業部主催シンポジウム
    • Invited
  • [Book] "High-speed atomic force microscopy to study myosin motility" in Myosins: A superfamility of Molecular Motors2020

    • Author(s)
      Noriyuki Kodera、Toshio Ando
    • Total Pages
      pp 127-152 (total 455 pages)
    • Publisher
      Springer
    • ISBN
      978-1-4020-6516-3
  • [Remarks] 高速AFMのさらなる高速化・低侵襲化に成功

    • URL

      https://nanolsi.kanazawa-u.ac.jp/achievements/achievements-16204/

  • [Remarks] Faster and less-invasive atomic force microscopy

    • URL

      https://nanolsi.kanazawa-u.ac.jp/en/achievements/achievements-16204/

  • [Remarks] High-speed atomic force microscopy takes on - -

    • URL

      https://nanolsi.kanazawa-u.ac.jp/en/achievements/high-speed-atomic-force-microscopy-takes-on-intrinsically-disordered-proteins/

  • [Remarks] 天然変性タンパク質の動的かつ多様な構造の定量的解析に成功

    • URL

      https://nanolsi.kanazawa-u.ac.jp/achievements/high-speed-atomic-force-microscopy-takes-on-intrinsically-disordered-proteins/

  • [Remarks] EurekAlert: High-speed atomic force - -

    • URL

      https://www.eurekalert.org/pub_releases/2020-12/ku-haf122720.php

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 原子間力顕微鏡、及び、その制御方法、ならびに、プログラミングに関する2020

    • Inventor(s)
      安藤敏夫、福田真悟
    • Industrial Property Rights Holder
      金沢大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2020-199938

URL: 

Published: 2021-12-27  

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