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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Direct visualization of molecular recognition forces by high-resolution atomic force microscopy and spectroscopy

Research Project

Project/Area Number 17H06122
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

山田 啓文  京都大学, 工学研究科, 教授 (40283626)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 小林 圭  京都大学, 工学研究科, 准教授 (40335211)
平田 芳樹  埼玉工業大学, 付置研究所, 研究員 (10357858)
岩田 太  静岡大学, 電子工学研究所, 教授 (30262794)
Project Period (FY) 2017-05-31 – 2022-03-31
Keywords原子間力顕微鏡 / フォースマッピング / 単一分子イメージング / 単一分子分光
Outline of Annual Research Achievements

生体分子のコンフォメーションはその機能発現に強く関連していることから、生体分子機能のメカニズム解明に向けては、こうした分子コンフォメーションの変化を直接的に反映するナノ力学応答の計測は極めて有効な手法となる。既に高分子材料のナノスケール粘弾性計測については多数の先行研究があり、AFMによるナノ力学応答計測法の基盤は確立されていることから、こうした計測法を生体試料の解析に応用し、単一分子イメージング法と組み合わせることで、分子レベルの力学物性計測の実現が可能となる。本研究では、これまでに確立した帰還制御切り替え型のフォースマップ法(時分割フォースマップ法)をさらに発展させ、帰還制御オフ時に実行する探針位置の単純なz-往復運動を、より高度な動作にすることで、通常のフォースカーブ計測に加えて、ナノ力学応答計測や特異結合の破断計測など多角的ナノ分光計測を簡便に切り替えて実行できるように改良した。これによって、ナノ弾性および局所弾性エネルギー損失の高度な2次元/3次元マッピングを行うことが可能となった。実際、Ca2+イオンの存在下でPS(Phosphatidylserine)を含む脂質膜に吸着して2次元結晶膜を形成するタンパク質分子であるAnnexin A5に対して、ナノ力学物性計測を行い、Annexin内部のヘリックスから構成されるドメインに比べて、ループ構造で構成されるドメインが柔らかいことを明らかにした。また、流動性の異なる2種類の脂質分子を用いて、脂質2重膜ーマイカ間に存在する構造化水を可視化することに成功した。さらには、その粘弾性マップ計測からこの局所領域に存在する水の粘性が上昇することを示すことができた。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (21 results)

All 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 1 results) Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Aalto 大学(フィンランド)

    • Country Name
      FINLAND
    • Counterpart Institution
      Aalto 大学
  • [Journal Article] Nanomechanics of self-assembled surfactants revealed by frequency-modulation atomic force microscopy2022

    • Author(s)
      Umeda Kenichi、Kobayashi Kei、Yamada Hirofumi
    • Journal Title

      Nanoscale

      Volume: 14 Pages: 4626~4634

    • DOI

      10.1039/d2nr00369d

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structured Water Molecules on Membrane Proteins Resolved by Atomic Force Microscopy2022

    • Author(s)
      Ido Shinichiro、Kobayashi Kei、Oyabu Noriaki、Hirata Yoshiki、Matsushige Kazumi、Yamada Hirofumi
    • Journal Title

      Nano Letters

      Volume: 22 Pages: 2391~2397

    • DOI

      10.1021/acs.nanolett.2c00029

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Surface charge density measurement of a single protein molecule with a controlled orientation by AFM2021

    • Author(s)
      Yamamoto Yuki、Kominami Hiroaki、Kobayashi Kei、Yamada Hirofumi
    • Journal Title

      Biophysical Journal

      Volume: 120 Pages: 2490~2497

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2021.04.016

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Atomic-level nature of solid/liquid interface for energy conversion revealed by frequency modulation atomic force microscopy2021

    • Author(s)
      Minato Taketoshi、Umeda Kenichi、Kobayashi Kei、Araki Yuki、Konishi Hiroaki、Ogumi Zempachi、Abe Takeshi、Onishi Hiroshi、Yamada Hirofumi
    • Journal Title

      Japanese Journal of Applied Physics

      Volume: 60 Pages: SE0806~SE0806

    • DOI

      10.35848/1347-4065/abffa2

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] FM-AFM によるフォースマッピングにおける表面位置特定および物性解析2022

    • Author(s)
      木南 裕陽, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第69回応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] フォースマッピングにおける特異結合の破断検出2022

    • Author(s)
      合原 岳, 木南 裕陽, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第69回応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] FM-AFM を用いたフォースマッピング法によるコラーゲンの粘弾性計測2022

    • Author(s)
      熊谷 隼太郎, 木南 裕陽, 小林圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第69回応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] FM-AFM を用いたバクテリオロドプシンの細胞内面および外面における表面構造・物性計測2022

    • Author(s)
      木村 一世, 木南 裕陽, 小林 圭, 平田 芳樹, 山田 啓文
    • Organizer
      第69回応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] 時間分解ケルビンプローブフォース顕微鏡による有機薄膜トランジスタにおけるキャリアダイナミクスの可視化(2)2022

    • Author(s)
      河野 祐紀, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第69回応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] KFM とEFM を用いたペロブスカイト太陽電池の局所光起電力評価2022

    • Author(s)
      西田 拓志, 室田 絢, 山下 兼一, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第69回応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] 走査型熱振動顕微鏡法:表面下ナノ粒子可視化および表面近傍の実効ヤング率測定への応用2022

    • Author(s)
      船戸 開, 木村 邦子, 平田 芳樹, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第69回応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] Comparative study on the surface characteristics between the cytoplasmic and extracellular sides of bacteriorhodopsin by FM-AFM2021

    • Author(s)
      I. Kimura, H. Kominami, K. Kobayashi, Y. Hirata, H. Yamada
    • Organizer
      29th International Colloquium on Scanning Probe Microscopy (ICSPM29)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] High-resolution FM-AFM imaging of collage and its higher order structure in aqueous solution2021

    • Author(s)
      S. Kumagai, H. Kominami, K. Kobayashi, H. Yamada
    • Organizer
      29th International Colloquium on Scanning Probe Microscopy (ICSPM29)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 脂質2重膜-マイカ界面の水分子層の直接可視化2021

    • Author(s)
      木南 裕陽, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第82回応用物理学会秋季学術講演会
  • [Presentation] 自己組織化したコラーゲン分子の液中FM-AFM観察2021

    • Author(s)
      熊谷 隼太郎, 木南 裕陽, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第82回応用物理学会秋季学術講演会
  • [Presentation] FM-AFMを用いたバクテリオロドプシンの細胞内面および外面における表面構造・物性計測 (2)2021

    • Author(s)
      木村 一世, 木南 裕陽, 小林 圭, 平田 芳樹, 山田 啓文
    • Organizer
      第82回応用物理学会秋季学術講演会
  • [Presentation] KFMを用いたペロブスカイト太陽電池の局所電気特性評価2021

    • Author(s)
      西田 拓志, 室田 絢音, 山下 兼一, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第82回応用物理学会秋季学術講演会
  • [Presentation] 走査型熱振動顕微鏡法によるparylene膜下に埋もれたナノ粒子の可視化2021

    • Author(s)
      船戸 開, 木村 邦子, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第82回応用物理学会秋季学術講演会
  • [Presentation] 時間分解ケルビンプローブフォース顕微鏡による有機薄膜トランジスタにおけるキャリアダイナミクスの可視化2021

    • Author(s)
      河野 祐紀, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第82回応用物理学会秋季学術講演会
  • [Remarks] 高分解能原子間力顕微鏡・分光法による生体分子間認識・相互作用力の直接可視化

    • URL

      http://piezo.kuee.kyoto-u.ac.jp/jp-research-bio-nanoprobe/

URL: 

Published: 2022-12-28  

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