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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Development of soluble expression technology and utilization of enzymes from plants and animals

Research Project

Project/Area Number 17H06169
Research InstitutionToyama Prefectural University

Principal Investigator

浅野 泰久  富山県立大学, 工学部, 教授 (00222589)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 山口 拓也  富山県立大学, 工学部, 助教 (00748527)
日比 慎  富山県立大学, 工学部, 准教授 (30432347)
松井 大亮  立命館大学, 生命科学部, 助教 (40748513)
中野 祥吾  静岡県立大学, 食品栄養科学部, 准教授 (80748541)
Project Period (FY) 2017-05-31 – 2022-03-31
Keywordsヒドロキシニトリルリアーゼ / アルドキシム-ニトリル経路 / ヤンバルトサカヤスデ / アルドキシム脱水酵素
Outline of Annual Research Achievements

タンパク質のα-へリックス構造の、親水性領域に存在する疎水性アミノ酸を親水性アミノ酸に置換する、または、同部分の疎水性領域に存在する親水性アミノ酸を疎水性アミノ酸に置換する方法で、活性型酵素として大腸菌などで発現させる「α-ヘリックス則」を提案した。また、BLAST検索の結果から多数回のアライメントと解析を行う「INTMSAlign」プログラムを発展させ、アミノ酸の疎水性インデックスを加味して定義したHiSol値を用いてホットスポットを見いだす手法を開発した。一例として、2-オキソグルタル酸依存型L-ピペコリン酸水酸化酵素の可溶性発現および耐熱性を顕著に向上させる変異を見出した。約、40倍以上可溶性発現量(単位培養当たり)が向上した。
ヤンバルトサカヤスデのゲノム解析を行い、12のスカフォールド)からなるドラフトゲノムを得た。また、ヤスデ各組織のRNA-seqデータから、ヤスデゲノム上の遺伝子を推定した。ヤスデのマンデロニトリル生合成に関与するシトクロムP450を探索し、アルドキシム脱水酵素様P450を見出した。
ヤンバルトサカヤスデおよびキシャヤスデ由来のヒドロキシニトリルリアーゼ(それぞれChuaHNLおよびPlamHNL)のX線結晶構造解析を行った。PlamHNLの合理的変異により抗血栓薬クロピドグレル合成の重要中間体(R)-2-クロロマンデロニトリルの合成を可能にした。また、植物Linum usitatissimum由来のHNLおよび Bacillus sp. OxB-1由来アルドキシム脱水酵素OxdBのX線結晶構造解析を行った。OxdBが触媒するKemp 脱離反応の有用物質生産への応用を検討し、アルケンから合成したジヒドロイソキサゾールをOxdにより不斉開環し、一気にβ-ヒドロキシニトリルを得る、新しい光学分割法を開発した。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (37 results)

All 2022 2021 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (14 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Peer Reviewed: 13 results,  Open Access: 10 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 5 results) Book (2 results) Remarks (2 results) Patent(Industrial Property Rights) (3 results) (of which Overseas: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] Bielefeld University(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      Bielefeld University
  • [Int'l Joint Research] Zunyi Medical University(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      Zunyi Medical University
  • [Journal Article] Crystal structural analysis of aldoxime dehydratase from Bacillus sp. OxB-1: Importance of surface residues in optimization for crystallization2022

    • Author(s)
      Matsui Daisuke、Muraki Norifumi、Chen Ke、Mori Tomoya、Ingram Aaron A.、Oike Keiko、Groeger Harald、Aono Shigetoshi、Asano Yasuhisa
    • Journal Title

      Journal of Inorganic Biochemistry

      Volume: 230 Pages: 111770~111770

    • DOI

      10.1016/j.jinorgbio.2022.111770

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural characterization of Linum usitatissimum hydroxynitrile lyase: A new cyanohydrin decomposition mechanism involving a cyano-zinc complex2022

    • Author(s)
      Zheng Daijun、Nakabayashi Makoto、Asano Yasuhisa
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 298 Pages: 101650~101650

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.101650

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Thermostability enhancement of l-glutamate oxidase from Streptomyces sp. NT1 by full consensus protein design2022

    • Author(s)
      Hayashi Yuka、Nakamura Masaya、Nakano Shogo、Ito Sohei、Asano Yasuhisa、Sugimori Daisuke
    • Journal Title

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      Volume: 133 Pages: 309~315

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2021.12.008

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Examination of the substrate scope of prenylated dlavin mononucleotide-dependent ferulic acid decarboxylase from Aspergillus niger2022

    • Author(s)
      C. Peel, S. Shinoda, and Y. Asano
    • Journal Title

      Bulletin of Toyama Prefectural University

      Volume: 32 Pages: 59~64

    • Open Access
  • [Journal Article] Rationalizing the Unprecedented Stereochemistry of an Enzymatic Nitrile Synthesis through a Combined Computational and Experimental Approach2021

    • Author(s)
      Yavuzer Hilmi、Asano Yasuhisa、Groeger Harald
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 60 Pages: 19162~19168

    • DOI

      10.1002/anie.202017234

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Protein engineering of the aldoxime dehydratase from Bacillus sp. OxB-1 based on a rational sequence alignment approach2021

    • Author(s)
      Oike Keiko、Spros Jens、Matsui Daisuke、Asano Yasuhisa、Groeger Harald
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Pages: 14316

    • DOI

      10.1038/s41598-021-92749-0

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Partial Consensus Design and Enhancement of Protein Function by Secondary-Structure-Guided Consensus Mutations2021

    • Author(s)
      Kozuka Kohei、Nakano Shogo、Asano Yasuhisa、Ito Sohei
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 60 Pages: 2309~2319

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.1c00309

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Combination of Enzymatic Oxidation of Amino Acid and Native Chemical Ligation with Hydroxylamine for Amide Formation toward a One-pot Process2021

    • Author(s)
      Matsui Daisuke、Hirata Yoshiyuki、Iwakawa Akihisa、Toyotake Yosuke、Wakayama Mamoru、Asano Yasuhisa
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: 50 Pages: 1632~1634

    • DOI

      10.1246/cl.210286

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A Cyanide‐free Biocatalytic Process for Synthesis of Complementary Enantiomers of 4‐Chloro‐3‐hydroxybutanenitrile From Allyl Chloride2021

    • Author(s)
      Zheng Daijun、Asano Yasuhisa
    • Journal Title

      ChemCatChem

      Volume: 13 Pages: 4237~4242

    • DOI

      10.1002/cctc.202100835

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Recent progress on discovery and research of aldoxime dehydratases2021

    • Author(s)
      Chen Ke、Wang Zhongqiang、Ding Kan、Chen Yongzheng、Asano Yasuhisa
    • Journal Title

      Green Synthesis and Catalysis

      Volume: 2 Pages: 179~186

    • DOI

      10.1016/j.gresc.2021.04.001

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] R‐hydroxynitrile lyase from the cyanogenic millipede, Chamberlinius hualienensis -A new entry to the carrier protein family Lipocalines2021

    • Author(s)
      Motojima Fumihiro、Izumi Atsushi、Nuylert Aem、Zhai Zhenyu、Dadashipour Mohammad、Shichida Sayaka、Yamaguchi Takuya、Nakano Shogo、Asano Yasuhisa
    • Journal Title

      The FEBS Journal

      Volume: 288 Pages: 1679~1695

    • DOI

      10.1111/febs.15490

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Protein Sequence Selection Method That Enables Full Consensus Design of Artificial L-Threonine 3-Dehydrogenases with Unique Enzymatic Properties2021

    • Author(s)
      Motoyama Tomoharu、Hiramatsu Nozomi、Asano Yasuhisa、Nakano Shogo、Ito Sohei
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 59 Pages: 3823~3833

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.0c00570

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification of l-histidine oxidase activity in Achromobacter sp. TPU 5009 for l-histidine determination2021

    • Author(s)
      Matsui Daisuke、Okayama Yusuke、Yamamoto Yoshiki、Miyauchi Yuna、Zhai Zhenyu、Asano Yasuhisa
    • Journal Title

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      Volume: 131 Pages: 469~474

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2020.12.006

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A promiscuous fatty acid ω‐hydroxylase CYP94A90 is likely involved in biosynthesis of a floral nitro compound in loquat (Eriobotrya japonica)2021

    • Author(s)
      Yamaguchi Takuya、Matsui Yumi、Kitaoka Naoki、Kuwahara Yasumasa、Asano Yasuhisa、Matsuura Hideyuki、Sunohara Yukari、Matsumoto Hiroshi
    • Journal Title

      New Phytologist

      Volume: 231 Pages: 1157~1170

    • DOI

      10.1111/nph.17441

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 合理的変異導入法によるヤンバルトサカヤスデ由来ヒドロキシニトリルリアーゼの凝集ホットスポットの解析(Analysis of aggregation hotspots in hydroxynitrile lyase from Chamberlinus hualienensis using rational mutagenesis)2022

    • Author(s)
      篠田優、浅野泰久
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [Presentation] 機械学習による高度好熱菌由来タンパク質遺伝子の大腸菌発現情報から得た可溶性発現予測法の開発(Prediction of soluble expression of protein genes from highly thermophilic bacteria based on Escherichia coli expression information by machine learning)2022

    • Author(s)
      松井大亮 山村義弥、鈴木皓大、北條佑斗、篠田優、中村正樹、榊原一紀、浅野泰久
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [Presentation] Enantioselective cleavage of N-O bond: a cyanide-free strategy accessing to Chiral β-hydroxy nitriles from olefins2021

    • Author(s)
      D. Zheng, Y. Asano
    • Organizer
      Biotrans2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 機械学習を用いたアミノ酸構造情報に基づくタンパク質の可溶性予測2021

    • Author(s)
      鈴木皓大、榊原一紀、中村正樹、篠田優、松井大亮、浅野泰久
    • Organizer
      2021年電気・情報関係学会北陸支部連合大会
  • [Presentation] A tribute to the late Prof. Hideaki Yamada -my personal memory-2021

    • Author(s)
      Y. Asano
    • Organizer
      2nd Japan-Switzerland-Germany Workshop on Biocatalysis and Bioprocess Development
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Discovery and structural analysis to improve the enantioselectivity of hydroxynitrile lyase from Parafontaria laminata millipede2021

    • Author(s)
      A. Nuylert, M. Nakabayashi, T. Yamaguchi, Y. Asano
    • Organizer
      2nd Japan-Switzerland-Germany Workshop on Biocatalysis and Bioprocess Development
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 変異型ブタ腎臓由D-アミノ酸オキシダーゼを用いた新規イミン合成反応2021

    • Author(s)
      川原寛弘、K. Palasin、浅野泰久
    • Organizer
      第16回D-アミノ酸学会学術講演会
  • [Presentation] "Enzymes from non-model organisms and their gene expression with “α-helix” and “hydropathy contradiction” rules"2021

    • Author(s)
      Y. Asano
    • Organizer
      Beistein Enzymology Symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Bacillus sp.OxdB-1由来アルドキシム脱水酵素の結晶構造解析:結晶化に適した表面に位置するアミノ酸残基の重要性2021

    • Author(s)
      松井大亮、村木則文、Ke Chen、森智也、Aaron Ingram、大池敬子、Harald Groeger、青野重利、浅野泰久
    • Organizer
      第73回日本生物工学会大会
  • [Presentation] Bio as the new Digital -"α-helix" and "hydropathy contradiction" rules for protein engineering-2021

    • Author(s)
      Y. Asano
    • Organizer
      Asian Federation of Biotechnology (AFOB)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Bacillus sp.OxB-1由来アルドキシム脱水酵素の結晶構造解析2021

    • Author(s)
      村木則文、松井大亮、浅野泰久、青野重利
    • Organizer
      日本結晶学会年会
  • [Presentation] Molecular Characterization of Rhodanese Enzyme in Cyanogenic Millipede (Chamberlinius hualinesis)2021

    • Author(s)
      K. Palasin、山口拓也、浅野泰久
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Prediction of solubility mechanism of proteins by machine learning techniques2021

    • Author(s)
      K. Sakakibara, M. Nakamura, D. Matsui, S. Shinoda, Y. Asano
    • Organizer
      The 2021 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem 2021)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 有用酵素の開発とそれらの産業利用2021

    • Author(s)
      浅野泰久
    • Organizer
      日本化学会東海地区高校化学教育セミナー
    • Invited
  • [Book] Plant Secondary Metabolism Engineering: Methods and Protocols2022

    • Author(s)
      T. Yamaguchi, and Y. Asano
    • Total Pages
      不明
    • Publisher
      Springer Nature
  • [Book] ビタミン・バイオファクター総合事典2021

    • Author(s)
      浅野泰久
    • Total Pages
      656
    • Publisher
      朝倉書店
    • ISBN
      978-4-254-10292-5
  • [Remarks] 富山県立大学酵素化学工学研究室

    • URL

      https://www.pu-toyama.ac.jp/BR/asano/homepage.html

  • [Remarks] 生物工学科研究者浅野泰久

    • URL

      https://www.pu-toyama.ac.jp/wp-content/uploads/2018/12/066bff76f0ee4b01d90450f3405819d7.pdf

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 活性型変異酵素の製造方法および新規活性型変異酵素、並びに可溶性化変異タンパク質の製造方法2021

    • Inventor(s)
      浅野泰久、松井大亮、奥祐子
    • Industrial Property Rights Holder
      富山県立大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      6841428
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 活性型変異酵素の製造方法および新規活性型変異酵素、並びに可溶性化変異タンパク質の製造方法2020

    • Inventor(s)
      浅野泰久、松井大亮、奥祐子
    • Industrial Property Rights Holder
      富山県立大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      10730909
    • Overseas
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 新規ヒドロキシニトリルリアーゼ変異体2019

    • Inventor(s)
      浅野泰久、チャイケーヨ・シリポーン、ニュイラート・エム、元島史尋
    • Industrial Property Rights Holder
      富山県立大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2020-529040

URL: 

Published: 2023-03-23  

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