Liquid biopsy genetic diagnosis in brain tumor with positive charged nanowires and high-sensitive SNPs analysis

2018 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 17H06742
• Research Institution: Nagoya University
• Principal Investigator: 栗本 路弘 名古屋大学, 医学部附属病院, 病院助教 (40806501)
• Project Period (FY): 2017-08-25 – 2019-03-31
• Keywords: IDH1 / SNPs

Outline of Annual Research Achievements

（１）i-Densyを用いたIDH1/2、1p/19q LOHの迅速診断技術確立
全自動SNPs解析装置i-Densyで解析した。対象DNAに遺伝子変異を認める場合、1塩基の変化によりdenatureの温度が変化するため、シグナルの温度差を用いて遺伝子変異の有無を解析することができる。本アッセイを用いてIDH1/2診断法を樹立。
（２）通常のシークエンス手法を用いて遺伝子異常の確認
上記解析の対象となった同一腫瘍組織の残検体を用いて、同定された異常があることを確認した。QIAamp DNA Mini Kit (QIAGEN)を使用して腫瘍からDNAを採取し、IDH1/2遺伝子および各染色体のhetero SNPに対して作成したNotI配列付きプライマーを用いたPCRを行い対象領域のアンプリコンを作成した。アンプリコンをNotIにてdigestionした後、T4 ligaseにてligationを行うことにより長鎖DNAを作成、これを超音波破砕でランダムに切断したあと、次世代シークエンサー用のアダプター配列をligationしHiseq 2500でシークエンスを行った。この手法を用いることにより1%までの低アレル頻度の変異を高い正確性をもって判断することができた。染色体コピー数異常についてはさらに正確性を高めるためMLPA法を用いて再解析し、アンプリコンシークエンスの結果を合わせて評価を行った。
（３）髄液・尿検体を用いた術前の迅速診断評価
神経膠腫が疑われる患者に対し、上記の確立した技術を用いて摘出検体に対するIDH1/2変異の術中迅速診断を行った。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。