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2019 Fiscal Year Annual Research Report

RNA結合ドメインを用いたin vivoRNA解析手法の創製と応用

Research Project

Project/Area Number 17J11266
Research InstitutionMeiji Pharmaceutical University

Principal Investigator

山田 俊理  明治薬科大学, 薬学部, 特別研究員(PD) (50809811)

Project Period (FY) 2017-04-26 – 2020-03-31
KeywordsRNA結合タンパク質 / RNA分解 / NGS解析
Outline of Annual Research Achievements

本研究課題では、RNAの生理機能を解明するための手法開発を目指す。開発する手法は、標的RNAを認識するためにRNA結合タンパク質PUMを用いることとしたが、その前提として、内在性PUM自体の機能を解析することを第一の目的とした。
PUMが結合するRNAをゲノムワイドに決定するために、RIP-seqを行いPUMに結合している3097種のRNAを同定した。 次に、PUMによるRNA分解を解析するためにゲノムワイドにRNAの半減期を測定できるBRIC-seqを行った。PUMを欠損させた細胞では、101種のRNAにおいて半減期が有意に上昇した。両者の結果を重ね合わせた結果、48種が同定された。この48種がPUMにより 分解されるRNAである。
PUMによるmRNA分解を抑制するような摂動・生理的条件を探索した。その結果、シスプラチン(CDDP)やカンプトテシン(CPT)などDNA障害を誘導する抗がん剤がPUMのmRNA分解を阻害することを発見した(CDDP・CPTを細胞に添加すると、PUMが減少し分解標的mRNAが上昇する)。特に標的mRNAの中でもPCNAやUBE2Aなどは、損傷乗り換えDNA合成(TLS)に関与することが知られている。実際に申請者はPUMのmRNA分解が抑制されることが、TLS経路の活性化に必須であることを下記の三点により確認した。①PCNAがユビキチン化される、②TLSポリメラーゼが損傷されたDNA上に局在する、③DNA合成が促進する。
以上の結果、細胞はDNA損傷時にPUMを消失させることでmRNAを安定化・増加させ、組み換え損傷DNA修復を活性化することを解明した。
本研究成果をCell Reports誌へと投稿し、リバイス実験を経て採択が決まった。

Research Progress Status

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (2 results)

All 2020 2019

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (1 results)

  • [Journal Article] Systematic Analysis of Targets of Pumilio-mediated mRNA Decay Reveals that PUM1 Repression by DNA Damage Activates Translesion Synthesis2020

    • Author(s)
      Toshimichi Yamada, Naoto Imamachi, Katsutoshi Imamura, Kenzui Taniue, Takeshi Kawamura, Yutaka Suzuki, Masami Nagahama, Nobuyoshi Akimitsu
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Systematic Analysis of Targets of PUM1-Mediated mRNA Decay Identifies a Role of PUM1 in Regulating DNA Damage Response Pathway2019

    • Author(s)
      Yamada T., Nagahama M., Akimitsu N.
    • Organizer
      第21回日本RNA学会年会

URL: 

Published: 2021-01-27  

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