2018 Fiscal Year Research-status Report
Development of algoriths for the prediction of tissue-specific enhancers in the era of personalized genomics
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17K00397
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
中井 謙太 東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)
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2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | エンハンサーデータベース / ゲノム塩基配列によるエンハンサー予測 / Hi-Cデータ比較 / 細胞種特異的クロマチン構造と遺伝子発現 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
おおむね順調に研究が進展しているものと認識している。
(1) 計画していたエンハンサーの文献情報収集とデータベース化に関しては、外国などで関連するデータベースが発表されてきている現状に鑑みて、とりあえずホヤのエンハンサーに絞ってデータを収集中である。
(2) ゲノム上のエンハンサーの位置を、その塩基配列の特徴から予測するアルゴリズムを、とりあえず発表論文に使われたデータを使って開発し、論文で報告されているよりも高い予測精度が得られた（Wei & Nakai, 投稿準備中）。ただし、実際にどのような特徴をとらえているのかや、アルゴリズムの他のデータへの適用性などに関しては、まだまだ研究する必要があると認識している。
(3) 細胞種によるTADなｄのクロマチン構造のち外が、細胞種特異的遺伝子発現の違いをどの程度説明できるかを調べるために、複数のHi-Cデータを比較して、そのような傾向を確認した（Luis A. E. Nagai, Sung-Joon Park, and Kenta Nakai. Analyzing the 3D chromatin organization coordinating with gene expression regulation in B-cell lymphoma. BMC Medical Genomics, 11(Suppl 7), 127 (2019))。ただし、この研究も実験条件の違いや再現性などをより詳細に詰める必要があり、最終年度の研究につなげたいと考えている、
これら３つのアプローチで研究を進めており、最終年度にはできるだけこれらをまとめる方向で努力していきたい。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
世の中のエンハンサーをめぐる研究の進展が速く、また実験技術も日進月歩で進展しているため、必ずしも当初想定したような形で計画が進んでいるとは言えないが、全体としてみるとおおむね順調に進展していると言えると考えている。最終年度は可能であれば、単一細胞レベルのデータなどもとりいれて、世界の進展に追いつきたいと考えている。
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| Strategy for Future Research Activity |
エンハンサー予測を担当してくれた外国人ポスドクが、任期を終えて帰国してしまったが、引き続き共同研究を進める予定である。クロマチン構造と転写の関係に関しては、現在入手できるデータをいろいろ検討して、最善の切り口を探している。最終年度であるので、研究のまとめを意識して、努力したい。
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| Causes of Carryover |
旅費等について、所属機関からの研究費などを併用したため、研究費を無駄なく執行することができた。残額については翌年度の成果発表などで有効に活用したい。
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