Exhaustive detection of condition-specific splicing variants in non-model organisms

2018 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 17K00419
• Research Institution: Nagahama Institute of Bio-Science and Technology
• Principal Investigator: 米澤 弘毅 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 助教 (00374744)
• Project Period (FY): 2017-04-01 – 2020-03-31
• Keywords: 選択的スプライシング / 非モデル生物

Outline of Annual Research Achievements

本研究では，非モデル生物における条件依存の選択的スプライシングの網羅的発見手法の評価および改良を行うとともに，様々な非モデル生物のRNA-seqデータを用いた条件依存の選択的スプライシングの抽出を行い，当該生物の反応機構との関連を探る手がかりを得ることを目的としている．
当初の予定では，平成30年度は実際のRNA-seqデータへのDASEの適用および生物学的知見のマイニング，条件依存的なエクソンの抽出法の開発，および近縁種間における種依存の選択的スプライシングの網羅的発見手法の開発を予定していた．しかし平成29年度までに開発してきた手法を改良する方策を思いついたため，予定を変更した．平成30年度において研究代表者は，既に開発した条件依存的な選択的スプライシング網羅的発見手法についてエクソン候補の有無に着目した改善を行い，その評価を行った．その結果，平成29年度までで開発してきた手法と比較すると生物における機能が推定可能な転写産物がより高い順位が与えられていることを確認した．

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

平成29年度に開発していた手法による出力結果を精査した結果，転写産物の塩基配列の末端よりも途中の部分の有無に着目することでより良い結果が得られたことが確認できている．しかしながら，その評価実験が事前の予想以上に時間を要したため，平成31年度の早い段階でこの評価実験の取りまとめを行う．

Strategy for Future Research Activity

平成31年度においては，現在までの進捗状況で述べた評価実験の取りまとめを行う．この結果を外部発表するとともに，クロレラ等他の非モデル生物のRNA-seq実験結果から条件依存的な選択的スプライシングバリアントを網羅的に探し，ゾウリムシの寄生の有無に関連するスプライシングバリアントを発見する．また，シングルセルのデータに対して本手法の応用を考える．

Causes of Carryover

当初予定していた外部発表を行うために国際学会に投稿したものの不採択となってしまい，当該国際学会参加のために予定した旅費を使い切れなかった．また，事前に購入を検討していた計算機が想定より安く購入できたことも次年度使用額が生じた理由である．
使用計画としては，6月下旬と年末に開催される国際学会参加のための旅費として使用する．また申請の際に計算機を購入予定だったが，購入する計算機をより高性能なものにする予定である．