A taxonomic and biodersity informatics study on Lepidoptera: towards the development of an advanced publishing system related to taxonomy

2020 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 17K01217
• Research Institution: National Museum of Nature and Science, Tokyo
• Principal Investigator: 神保 宇嗣 独立行政法人国立科学博物館, 動物研究部, 研究主幹 (10568281)
• Project Period (FY): 2017-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: 生物多様性情報学 / ウェブ公開システム / DNAバーコーディング / 昆虫分類学

Outline of Annual Research Achievements

令和2年度の活動として、サブテーマ1の分類学的研究およびそれに基づくデータ蓄積については、新型コロナウイルスの流行および緊急事態宣言等の影響で新規サンプルの取得等ができなかったため、あまり進めることができなかった。DNAバーコード情報の集積については、令和元年度に設計したプライマーの効果を検証し、より効率的なDNAバーコードライブラリの構築方法を検討した。
サブテーマ2の生物種情報の高度化とその活用については、実際に公開をするシステムの要件とプロトタイプシステムの構築を進めた。今後、データの柔軟な利用を行うためには、1) データを機械可読かつ再利用可能な形で提供する機能（API機能）、2) 提供されたデータを見やすい形でまとめユーザに対して公開する機能（プレゼンテーション機能）、の2つの要素が必要であると特定した。そこで、日本産のチョウ類の種名目録（データ作成は本研究とは別のプロジェクトで実施）を題材として、これらの機能を満たすプロトタイプシステムの構築を実施した。実装にはAPI機能にはRuby on Railsを、プレゼンテーション機能にはNuxt.jsを用いた。本プロトタイプはまだ公開されていないが、今後公開予定である。また、同様の構成による、種情報公開システムの設計を進めた。ウェブ上の複数のリソースからAPIを用いて動的にデータを取得しそれを組み合わせる部分がボトルネックにならないよう、予め読み込んでおく等の最適化が必要と考えられた。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

新型コロナウイルスの流行等により、野外調査等いくつかの作業が実施できなかった。またプロトタイプシステム構築はある程度進行したが、種情報への対応がやや遅れている。

Strategy for Future Research Activity

サブテーマ1、2ともに、昨年度実施できなかった部分について進めていく。
サブテーマ1では、DNAバーコードにより解析を実施した種群について分類学的な研究を進め、できるだけ成果として公表する。また、DNAバーコード情報や標本画像を含めた標本情報の公開にも務める。
サブテーマ2については、種名の名寄せによるクリーニング手法とその成果をまとめて発表する。令和2年度に作成した種名データによるプロトタイプシステムとその技術を種情報に拡大し、既存の鱗翅類に関するリソース・種名名寄せによって作成できた全国の博物館標本データ・サブテーマ1 で作成した追加データを利用した評価版の公開を進める。

Causes of Carryover

新型コロナウイルス流行等により実施できなかった課題が生じたため。