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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Molecular mechanism of global molecular transport in colloidal dispersion systems with lipid membranes and micelles

Research Project

Project/Area Number 17K05748
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

吉井 範行  名古屋大学, 工学研究科, 特任准教授 (70371599)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 吉田 亨次  福岡大学, 理学部, 助教 (00309890)
Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Keywordsミセル / 拡散 / 結合解離 / 自由エネルギー
Outline of Annual Research Achievements

生体内は、脂質やたんぱく質からなる分子集合体が多数共存する複合コロイド分散系である。このような系において小さな溶質分子は、脂質膜やミセルと結合解離する過程を含みつつバルク中を拡散する。本課題では、脂質膜とミセルからなる複合構造における溶質分子の大域輸送のメカニズムを明らかにすることを目指し、その素過程である膜やミセル単体への溶質の結合解離現象を明らかにしてきた。最終年度は、それらが多数共存する系において、膜-ミセル間、およびミセル-ミセル間での溶質分子の交換過程を取り扱った。溶質分子を質点、ミセルや脂質ベシクルを球とみなした大胆なモデル化によるモンテカルロシミュレーションを構築し、溶質分子の複合コロイド分散系における大域物質輸送現象を明らかにした。
これまで、溶質分子が膜やミセルに結合することに伴う反応座標Xrに沿った結合自由エネルギーΔG(Xr)や拡散係数D(Xr)をMD計算を用いて明らかにしてきた。これらを用いて複合コロイド分散系をモデル化した。本シミュレーションでは、溶質分子は、本計算で得られたΔG(Xr)に従う質点として運動させた。脂質膜については、単純な平面膜ではなくベシクルとして共存させた。ベシクルや多数のミセルは系中で分散しつつ、溶質とともにランジュバン動力学に従って運動するようにモデル化した。これにより、複雑な流体中における溶質やミセル、ベシクルの拡散挙動を可視化するとともに、通常のMD計算では困難な大域的な物質輸送について解析を進めた。

  • Research Products

    (14 results)

All 2020 2019

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Fast multipole method for three dimensional systems with periodic boundary condition in two directions2020

    • Author(s)
      N. Yoshii, Y. Andoh, S Okazaki
    • Journal Title

      Journal of Computational Chemistry

      Volume: 41 Pages: 940-948

    • DOI

      10.1002/jcc.26141

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Extension of the fast multipole method for the rectangular cells with an anisotropic partition tree structure2020

    • Author(s)
      Y. Andoh, N. Yoshii, S Okazaki
    • Journal Title

      Journal of Computational Chemistry

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1002/jcc.26180

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Exact long-range Coulombic energy calculation for net charged systems neutralized by uniformly distributed background charge using fast multipole method and its application to efficient free energy calculation2020

    • Author(s)
      R. Urano, W. Shinoda, N.i Yoshii, S. Okazaki
    • Journal Title

      Journal of Chemical Physics

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular dynamics study of solubilization of cyclohexane, benzene, and phenol into mixed micelles composed of sodium dodecyl sulfate and octaethylene glycol monododecyl ether2019

    • Author(s)
      K. Takeda, K. Fujimoto, N. Yoshii, S. Okazaki
    • Journal Title

      Journal of Computational Chemistry

      Volume: 40 Pages: 2722-2729

    • DOI

      10.1002/jcc.26047

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] B型肝炎ウイルス(HBV)に対する薬剤分子の肝細胞中でのカプシド内部への吸収に関する自由エネルギー計算2019

    • Author(s)
      浦野 諒、藤本和士、安藤嘉倫、吉井範行、篠田 渉、岡崎 進
    • Organizer
      第22回理論化学討論会
  • [Presentation] 高速多重極展開法における圧力テンソル計算のベクトル表示による高速化2019

    • Author(s)
      吉井範行、安藤嘉倫、坂下達哉、岡崎 進
    • Organizer
      第22回理論化学討論会
  • [Presentation] B型肝炎ウイルス(HBV)への逆転写阻害薬剤分子のカプシド内部の自由エネルギー計算2019

    • Author(s)
      浦野 諒、藤本和士、安藤嘉倫、吉井範行、篠田 渉、岡崎 進
    • Organizer
      第13回分子科学討論会
  • [Presentation] 静電相互作用計算に高速多重極展開法を用いたときの圧力テンソル計算の高速化2019

    • Author(s)
      吉井範行、安藤嘉倫、坂下達哉、岡崎 進
    • Organizer
      第13回分子科学討論会
  • [Presentation] Calculation of free energy of transfer of a reverse transcription inhibitor to the inside of HepatitisB Virus (HBV) capsid2019

    • Author(s)
      R. Urano, K. Fujimoto, Y. Andoh, N. Yoshii, W. Shinoda, S. Okazaki
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] セルが多数分散する溶液中における溶質分子の拡散2019

    • Author(s)
      吉井範行,岡崎 進
    • Organizer
      第42回溶液化学シンポジウム
  • [Presentation] 分子動力学計算と NMR 測定による両親媒性分子集合体の溶液化学2019

    • Author(s)
      吉井範行
    • Organizer
      第42回溶液化学シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] Extensions of Fast Multipole Method for Molecular Dynamics Simulations2019

    • Author(s)
      N. Yoshii, Y. Andoh, S. Okazaki
    • Organizer
      The 5th International Conference on Molecular Simulation.
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] B型肝炎ウイルス(HBV)への逆転写阻害薬剤分子の自由エネルギー計算によるカプシド内部への吸収・透過機構の解明2019

    • Author(s)
      浦野 諒、藤本和士、安藤嘉倫、吉井範行、篠田 渉、岡崎 進
    • Organizer
      第33回分子シミュレーション討論会
  • [Book] The Art of High Performance Computing for Computational Science, Vol. 22019

    • Author(s)
      Geshi, Masaaki (Ed.), Y. Ando, N. Yoshii, et al.
    • Total Pages
      201
    • Publisher
      Springer
    • ISBN
      978-981-13-9802-5

URL: 

Published: 2021-01-27  

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