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2018 Fiscal Year Research-status Report

Rapid freezing quench and ESR studies of biological molecules in transient states

Research Project

Project/Area Number 17K05758
Research InstitutionOsaka City University

Principal Investigator

松岡 秀人  大阪市立大学, 大学院理学研究科, 特任准教授 (90414002)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Keywords電子スピン共鳴 / 距離測定 / 生体超分子 / 構造生物
Outline of Annual Research Achievements

生体分子の構造研究は、生物科学や物性科学など幅広い分野で欠かすことのできない研究課題となっており、特に生体機能を示す常温での構造とダイナミクスを明らかにすることは、特に重要となってきている。本研究の目的は、1)常温での生体分子の構造、および生体機能の発現過程で時々刻々と変化する中間構造を、その状態を保持したまま急速に凍結する手法を確立し、2)それによって捕捉・凍結された生体超分子の過渡的構造を電子スピン共鳴(ESR)法によって分子レベルで明らかにすることである。昨年度に引き続き、構造変化を示す生体膜イオンチャンネルを対象とした実験を継続した。急速凍結システムならびに凍結後サンプル処理方法の改良を行った結果、より精度の高い時間分解能を得ることが可能となり、リガンドとの反応に伴う構造変化の時定数を決定した。
また、ESRによる構造変化観測のおいて不可欠な距離測定法の理論的改良も進めてきた。具体的には、生体系に広く含まれる高スピン鉄イオンを含む化合物を対象に、これまであまり考慮されてこなかった「高磁場近似の破綻」について、実験と理論の両面から考察し、新たな解析方法を確立した。一方で、生体系で構造ダイナミクスを示す典型例として、リボスイッチを対象とした実験も行ってきた。リボスイッチは、遺伝子発現において低分子化合物が特異的に結合することで構造変化を示し、影響を受けるメッセンジャーRNAである。ウェットプロセスで、かつ高効率に、電子スピンをRNA内の特異なサイトにラベル化する手法を確立し、構造変化前後の距離測定に成功した。ESR法によって、RNAの構造変化を観測した例は、これまでなかった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

安定した急速凍結システムの改良が進んだ。また、構造変化の観測に不可欠なESRによる距離測定について、理論と実験の改良を行うことができ、様々な生体系に適用できた。

Strategy for Future Research Activity

今後も現在の研究を継続していく。一方で、得られた実験結果と、実際に生体内で起こっている構造ダイナミクスを伴う反応について、どのように統一的解釈を図っていくか、理論的考察も併せて行っていく。

Causes of Carryover

ESR装置の主要部であるマイクロ波ブリッジ、共振器、ならびに磁場用電源が故障し、購入予定部品の選定に変更が生じたため。

  • Research Products

    (14 results)

All 2019 2018 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 4 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 3 results)

  • [Int'l Joint Research] ボン大学/欧州高度教育研究センター(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      ボン大学/欧州高度教育研究センター
  • [Int'l Joint Research] 国際トモグラフィセンター(ロシア連邦)

    • Country Name
      RUSSIA FEDERATION
    • Counterpart Institution
      国際トモグラフィセンター
  • [Journal Article] Pulsed EPR Dipolar Spectroscopy under the Breakdown of the High‐Field Approximation: The High‐Spin Iron(III) Case2019

    • Author(s)
      Abdullin Dinar、Matsuoka Hideto、Yulikov Maxim、Fleck Nico、Klein Christoph、Spicher Sebastian、Hagelueken Gregor、Grimme Stefan、L?tzen Arne、Schiemann Olav
    • Journal Title

      Chemistry. A European Journal

      Volume: 25 Pages: 1~10

    • DOI

      10.1002/chem.201900977

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] EPR and DEER Characterization of New Mixed Weakly Coupled Nitroxide Triradicals for Molecular Three-Spin Qubits2019

    • Author(s)
      Zaytseva Elena、Timofeev Ivan、Krumkacheva Olesya、Parkhomenko Dmitryi、Mazhukin Dmitrii、Sato Kazunobu、Matsuoka Hideto、Takui Takeji、Bagryanskaya Elena
    • Journal Title

      Applied Magnetic Resonance

      Volume: 印刷中 Pages: 印刷中

    • DOI

      10.1007/s00723-019-01125-9

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] High-Yield Spin Labeling of Long RNAs for Electron Paramagnetic Resonance Spectroscopy2018

    • Author(s)
      Kerzhner Mark、Matsuoka Hideto、Wuebben Christine、Famulok Michael、Schiemann Olav
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 57 Pages: 2923~2931

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.8b00040

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] ESR analyses of picket fence MnII and 6th ligand coordinated FeIII porphyrins (S = 5/2) and a CoII(hfac) complex (S = 3/2) with sizable ZFS parameters revisited: a full spin Hamiltonian approach and quantum chemical calculations2018

    • Author(s)
      Yamane Takeshi、Sugisaki Kenji、Matsuoka Hideto、Sato Kazunobu、Toyota Kazuo、Shiomi Daisuke、Takui Takeji
    • Journal Title

      Dalton Transactions

      Volume: 47 Pages: 16429~16444

    • DOI

      10.1039/C8DT02988A

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 室温でりん光を示すメタルフリー有機EL発光体の電子状態とスピンダイナミクス研究2019

    • Author(s)
      松岡 秀人、松井 大樹、Olav Schiemann
    • Organizer
      日本化学会第99春季年会
  • [Presentation] PELDOR with Microsecond Time Resolution2018

    • Author(s)
      Tobias Hett、Tobias Zbik、Hideto Matsuoka、Reinhard Seifert、Benjamin Kaupp、Olav Schiemann
    • Organizer
      APES-IES2018
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Conventional ESR Analyses of Sizable ZFS Tensors in Metal Ionic High Spin Systems in Harmony with Quantum Chemical Calculations: Applications to Some Important High Spin Metallocomplexes2018

    • Author(s)
      Takeshii Yamane、Kenji Sugisaki、Hideto Matsuoka、Kazunobu Sato、Kazuo Toyota、Daisuke Shiomi、 Takeji Takui
    • Organizer
      APES-IES2018
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Double electron-electron resonance with arbitrary-waveform pulses: application to randomly distributed electron and hole spins in a semiconductor2018

    • Author(s)
      Ikuko Akimoto、Hideto Matsuoka、Takao Sekiya
    • Organizer
      APES-IES2018
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] - Time-resolved EPR, Optical, and Quantum Chemical Studies of pi-conjugated phenazine derivatives2018

    • Author(s)
      Hideto Matsuoka、Hiroki Matsui、Olav Schiemann、Kenji Sugisaki
    • Organizer
      APES-IES2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ホスホニウム基を有する安定なナフタレンジイミドの電子構造とダイナミクスの研究2018

    • Author(s)
      崎山 弾、巽 俊輔、杉崎 研司、松岡 秀人、佐藤 和信、豊田 和男、塩見 大輔、Sharvan Kumar、Sudhir Kumar Keshri、Yogendra Kumar、Pritam Mukhopadhyay、工位 武治
    • Organizer
      SEST2019
  • [Presentation] ピリジンおよびベンゼンが縮環したフェナジンの時間分解EPRおよび発光測定2018

    • Author(s)
      松井大樹、杉崎研司、Olav Schiemann、佐藤和信、松岡秀人
    • Organizer
      SEST2019
  • [Presentation] 縮環フェナジン類におけるπ共役ネットワークと発光の相関2018

    • Author(s)
      松岡秀人、松井大樹、Olav Schiemann、杉崎研司
    • Organizer
      SEST2019

URL: 

Published: 2019-12-27  

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