2019 Fiscal Year Annual Research Report
Development of high-accuracy and low-cost DNA methylation detection method for supporting epigenetics research
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17K05897
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| Research Institution | University of Fukui |
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Principal Investigator |
高橋 透 福井大学, 学術研究院工学系部門, 准教授 (30361166)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
壹岐 伸彦 東北大学, 環境科学研究科, 教授 (50282108)
沖 昌也 福井大学, 学術研究院工学系部門, 教授 (60420626)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | DNAメチル化検出 / キャピラリー電気泳動 / ゲノム試料 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究計画では，等鎖長配列異性体一本鎖DNAのCE分離法システムを基盤とするDNAメチル化検出システムの構築を目指してきた．昨年度来，項目「３．実試料系への適用」の一環として，口腔内がんの発症との関連が知られているヒトDNA断片試料（hTERT遺伝子断片）のホモなメチル化検出を実現するため，合成DNA断片試料を用いて基礎的な検討を行ってきた．今年度は，実際にヒトから採取したゲノム試料について，本法によるホモなDNAメチル化検出を試みた．ヒトゲノムのhTERT遺伝子領域から5箇所のCpGサイトを含む84塩基長の遺伝子断片を選択し，ターゲットとした．ヒト口腔内粘膜から採取したゲノム試料をMethyltranferaseでメチル化処理し，メチル化ゲノム試料を作成した．メチル化ゲノム試料にバイサルファイト処理を行った後，PCRによりターゲット領域だけを増幅し，精製カラムを用いて精製したものに，非メチル化参照DNA試料を加えた試料を作成し，そのCE分離を行いメチル化ゲノム試料のhTERT遺伝子断片のDNAメチル化検出を試みた．得られた電気泳動図上に，非メチル化参照DNAの他にメチル化DNAのピークが観察され，本法によりヒトゲノム上のCpGサイトのホモなDNAメチル化検出できることが分かった．一方，今年度，新たにバイサルファイト処理&を介さず直接DNA メチル化を検出する方法論に結びつけるための基礎検討として，項目「3.2 メチル化DNA の直接分離法の検討」に取り組んだ． DNAメチル化酵素によるメチル化処理を行った標品DNA（h-TERT遺伝子断片）を，直接，上述のCE分離系に導入したところ，わずかながら未処理のDNAと分離できることがわかった．
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