2017 Fiscal Year Research-status Report
Analyses of effects of variants with uncertain significance in the cancer related genes on the carcinogenesis in general population
| Project/Area Number |
17K07193
|
|---|
| Research Institution | Tohoku University |
|---|
Principal Investigator |
安田 純 東北大学, 東北メディカル・メガバンク機構, 教授 (00281684)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
齋藤 さかえ 東北大学, 東北メディカル・メガバンク機構, 講師 (20335491)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
|
| Keywords | VUS / がん関連遺伝子 / 一般住民 / 全ゲノム解読 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
東北メディカル・メガバンク機構において収集した一般住民コホート由来のゲノムDNAを全ゲノム解読して得られた日本人標準ゲノムパネル2049人分（以下2KJPN）のゲノム情報の中のがん関連遺伝子群に認められる一塩基多型（以下SNP）の情報を入手した。入手した約8万にも及ぶ多型情報についてAnnovarによって属性情報を付与し、有害変異候補を抽出した。これらのうち特に遺伝性乳がん卵巣がん症候群の責任遺伝子であるBRCA1、BRCA2の2つについてCADD及びEigenのスコアを前述のAnnovarによって付与、内容を検討した。統計解析ソフトウエアパッケージRを活用し、これらがん関連遺伝子の多型のCADDとEigenの値をプロットしたところ、基本は線形に比例し（右肩上がり）を示したが、2つの回帰直線が描かれ、手法の違いが反映されていることが判明した。
すでにHBOC及びリンチ症候群関連の責任多型と考えられる複数のSNPが2KJPNに存在し、これらのCADD、Eigenのスコアに基づいて他の疾病関連性が不明なSNPがBRCA1、BRCA2の上に存在することを確認した。具体的にはBRCA1のL63X、BRCA2のR2318X、I2675Vなどである。確定的な責任多型のパターンからCADDは特異性が高いが感度がやや低く、Eigenは特異性は低いが感度がやや高いことが判明した。これら責任多型候補のSNPについて文献的検討を実施したところ、1箇所のSNPについてHBOCの中等度のリスクが存在することが示され、本手法の有用性が示された。本研究は2018年度のアメリカ癌学会総会でポスター発表の予定である。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
すでに文献的検討を終了し、VUSの中で家族性乳がん卵巣がん症候群の発症に寄与しうる多型を同定できたことから、概ね順調に進展しているといえる。
|
| Strategy for Future Research Activity |
今後はHBOC関連遺伝子のみならず、一般に癌のドライバー遺伝子とされる200個近くの変異多型について同様の解析を実施し、合わせて東北メディカル・メガバンク機構で収集したゲノム提供者の家族歴既往歴との対応関係を確認する。並行してThe Cancer Genome Atlasプロジェクトから発表されている生殖細胞系列での800箇所以上のドライバー変異との比較なども実施し、将来は日本人向けがん感受性診断パネルを作成することを目指す。
|
| Causes of Carryover |
今年度、国際学会において成果を報告する。研究対象となるがん関連遺伝子を拡張し、最大800程度まで検討する。そのために東北大学東北メディカル・メガバンク機構のスーパーコンピュータシステムの利用料支払いが発生する。なお、192,850円の繰越が発生したが、これは国内学会の出席を一つ取りやめたのと、ワークステーションの購入額を抑制することが可能だったからであり、今後の研究においてスーパーコンピュータシステムの利用料支払いなど有効に活用する予定である。
|
