担がん患者における血漿遊離DNAの特性についての基礎的検討

2017 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 17K07197
• Research Institution: Saga University
• Principal Investigator: 荒金 尚子 佐賀大学, 医学部, 准教授 (20321846)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 佐藤 明美 佐賀大学, 医学部, 助教 (20568357) ; 中村 朝美 佐賀大学, 医学部, 助教 (90457490)
• Project Period (FY): 2017-04-01 – 2020-03-31
• Keywords: circulating tumor DNA / EGFR T790M / metastasis

Outline of Annual Research Achievements

１．担がん患者ctDNAで認めた二峰性ピークの臨床的意義：肺がん患者ctDNAは、long fragment（5 Kb）、short fragment（170 bp）の二峰性ピークが見られた。治療前肺がん症例92名、呼吸器良性疾患症例18名、健常人20名の血漿遊離DNAについて検討した。全DNA濃度は肺がん患者で優位に高く、病期の進行に従い上昇傾向だった。特に遠隔転移を有する症例で優位に高値を示した。腫瘍由来DNAが両方のfragmentで存在する事を確認した。
２．担がん患者血漿遊離DNAで認めた2峰性ピークのDNA単離とctDNA含有率の比較：組織でEGFR変異L858R陽性を確認した肺がん患者から抽出したctDNAの解析を行った。long fragment、short fragment共にctDNA非検出例と比較し検出例で有意に高値を示したが、long fragmentの方がよりその差が顕著であった。
３．単ピークDNAの解析により、ctDNA変異解析精度が向上するか：上記の検討により、long fragment、short fragment両方からctDNAを検出する事が明らかになったため、単ピークDNA検出により変異解析精度の向上は見込めないと考え、この2つのサイズの異なるctDNAの起源、生物学的活性の有無について検討する事とした。そのため、次年度行う予定であった以下の検討に着手した。
４．2峰性ピークの各DNAの塩基配列、会合分子の同定：long fragment、short fragmentのDNAを各々抽出し、次世代シークエンス解析の外注解析を行った。進行肺がん患者と共にコントロールとして健常人血漿遊離DNAも同時に検査に供した。現在、各ピークの塩基配列について解析中である。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

これまで、肺がん患者の血漿検体を保管していたため、臨床的検討を迅速に行う事ができた。ctDNAサイズ解析、各ピークからのDNA抽出もそれまで解析準備を行っていたことから、計画通り進行する事ができた。

Strategy for Future Research Activity

1.2峰性ピークの各DNAの塩基配列、会合分子の同定
表記項目について前年度からの研究を続行する。現在、long fragment、short fragmentの共通配列、異なる配列について解析中であり、各々のfragmentの配列特異性について検討する。さらにその配列から会合分子を推定し検討する。

2.2峰性ピークの各DNAおよび会合分子ががん進展に関与するか
１の結果に基づき、がんの浸潤、転移におけるctDNA、さらにlong fragment、short fragmentの効果について検討する。