2019 Fiscal Year Annual Research Report
Basic analysis of characteristics of circulating free DNA on cancer patients
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17K07197
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| Research Institution | Saga University |
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Principal Investigator |
荒金 尚子 佐賀大学, 医学部, 准教授 (20321846)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
佐藤 明美 佐賀大学, 医学部, 助教 (20568357)
中村 朝美 佐賀大学, 医学部, 助教 (90457490)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | circulating tumor DNA / EGFR / extracellular vesicle |
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| Outline of Annual Research Achievements |
１．2峰性ピークの各DNAの塩基配列、会合分子の同定 long fragment、short fragmentのDNAを各々抽出し、次世代シークエンス解析の外注解析を行った。進行肺がん患者と共にコントロールとして健常人血漿遊離DNAも同時に検査に供した。long fragment、short fragmentの塩基配列は、各々のfragment特異性はみられなかった。
２．Long fragmentとshort fragmentの分離 段階的遠心分離により肺癌患者血漿からlong fragment、short fragment分画を同定する事ができた。同様の遠心条件により肺癌細胞株上清を遠心分離しlong fragmentが存在する分画を透過電子顕微鏡（TEM）で観察するとextracellular vesicle (EV) を認めた。この分画で認めたEVはlarge EVであり、WBでの所見と合わせoncosomeと考えた。一方、exosomeと考えられるsmall EV分画ではlong fragmentはほとんど同定できなかった。short fragmentは超遠心後の上清に多くみられた。
３．ctDNAの分布 上記の分離方法により得られた画分中、circulating tumor DNA (ctDNA)がどの画分に多く存在するか検討した。ctDNAはEGFR L858Rの存在により判定した。EGFR L858Rを有する肺癌症例から血漿を採取し、遠心分離により上記に分画しL858Rアリル頻度を測定した。L858Rはoncosome分画にはほとんど認めず、small EV分画、さらに最終上清成分に多く含まれていた。最終上清成分にはshort fragmentが多く含まれていた。以上の検討より、long fragmentはoncosomeと共存する事によりDNAの分解を回避しており、がんの進展、転移に何等かの貴構でかかわっている。一方、高純度のctDNA抽出にはEV分画を除いたshort fragmentが多く含む最終上清成分を抽出する必要がある。
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