2017 Fiscal Year Research-status Report
Immune response-associated gene expression profiling for biomarker development in hypermutated tumors
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17K07209
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| Research Institution | Shizuoka Cancer Center Research Institute |
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Principal Investigator |
秋山 靖人 静岡県立静岡がんセンター(研究所), その他部局等, 研究員 (70222552)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 高頻度遺伝子変異腫瘍 / がんエクソーム解析 / 免疫チェックポイント抗体 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
静岡がんセンターで施行中の網羅的がんゲノム解析研究であるHOPEプロジェクトにて同定されたhypermutator症例を対象として症例の予後に関連した免疫バイオマーカーの同定を行うことを目的とする。具体的には、免疫応答関連遺伝子パネルの発現解析と腫瘍内浸潤リンパ球（tumor-infiltrating lymphocyte;TIL）のT細胞受容体遺伝子（T cell receptor: TCR）レパトワ解析およびネオアンチゲンの同定を行うものである。これまでのHOPE登録2,000例の腫瘍の中でhypermutator (総SNV数500以上）は、100例(5%)確認されており、大腸および胃がんが64例であった。Hypermutator vs non-hypermutatorの免疫関連遺伝子発現データの比較にてhypermutator症例にてTNFSF9遺伝子の発現増加（2倍以上）とCPE, NCAM1遺伝子の発現低下(1/2以下)が確認された。TNFSF9遺伝子の発現増加は、胃がんおよび大腸がんでも確認された。またTumor-infiltrating lymphocytes (TIL, 腫瘍浸潤リンパ球）マーカーであるCD3E, CD8B, IFNG (interferon-gamma)についてもhypermutator群にて有意に発現が高かった。現在hypermutator症例87例とコントロールであるnon-hypermutator53例をリストアップし、免疫染色用の病理組織切片の作製を施行中である。平成30年度は、同定された免疫関連遺伝子およびTILマーカーの免疫染色およびネオアンチゲン候補のペプチドリストの同定を進める予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
初年度である平成29年度には、HOPEプロジェクト登録2,000症例からhypermutator症例100例を選別し、免疫関連遺伝子の発現データの解析を施行した。合わせてhypermutator症例87例とコントロールであるnon-hypermutator53例をリストアップし、免疫染色用の病理組織切片の作製を施行中であり、現在約1/3の作製を終了している。今後免疫染色での解析やネオアンチゲンの同定などより時間と労力のかかる作業に移行していくが、1年目の評価としてはほぼ順調に進行していると考える。
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| Strategy for Future Research Activity |
平成30年度は、同定された免疫関連遺伝子やTILマーカーの免疫染色およびネオアンチゲン候補のペプチドリストの同定を進める予定である。免疫染色に関しては、病理組織標本が作製された症例から作業を開始し、並行して病理診断医による評価を行うものとする。ネオアンチゲンペプチドの解析については、免疫学的なアッセイのアプローチが含まれるため、時間と労力が費やされることが予想され、可能であれば免疫染色とアッセイ業務を複数のスタッフで対応できるように考える。3年目までに、各症例の予後データを入手し、研究データが揃ったものから予後との相関を検討する。
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| Causes of Carryover |
研究計画2年目以降追加の抗体試薬を用いた免疫染色実験の必要性が出てきたため、当初の予定額では、不足する見込みもあり、平成30年度の直接経費と合わせて追加の実験を施行予定である。追加する抗体試薬は、5-6種類をを予定しており、消耗品のコストは30-40万円を見込んでいる。
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[Presentation] Classification of tumor microenvironment immune types based on the immune response-associated gene expression2017
Author(s)
Akiyama Y, Iizuka A, Nagashima T, Shimoda Y, Tanabe T, Ohnami S, Ohnami S, Ohshima K, Urakami K, Kusuhara M, Mochizuki T, Yamaguchi K
Organizer
第76回日本癌学会総会
