2019 Fiscal Year Annual Research Report
Genome imprinting mechanism based on the chromatin higher order structure
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17K07248
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| Research Institution | National Center for Child Health and Development |
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Principal Investigator |
冨川 順子 国立研究開発法人国立成育医療研究センター, 周産期病態研究部, 研究員 (80534990)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | アレル特異的ループ構造 / Grb10 / CTCF |
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| Outline of Annual Research Achievements |
昨年度までに、RNA-seq, ChIP-seq, FAIRE-seqをそれぞれ行い、アレル特異的なクロマチン状態および発現状態の情報を取得してきた。
今年度はまず、研究協力者の助力のもと、昨年度苦戦していた、Capture Hi-C (CHi-C) データ解析にSNPsplitとともに用いる予定のCHiCAGOソフトウェアを整備に尽力した。整備が整い、標的領域である非コードRNAを含む全プロモーターおよびDMRをキャプチャーするためのビオチン付加プローブを用いて得られたCHi-Cライブラリのシークエンスデータの解析に取り組んだ結果、ゲノム全体を通して、アレル間でのクロマチンループ形成状況に大きな変化はみとめられなかった。そこで、既知のインプリンティング遺伝子領域に焦点をあて、これまでに得たエピゲノム情報およびクロマチンループ形成状況を詳細に比較していったところ、Grb10遺伝子領域では、maternalアレルのプロモーターがおそらくメチル化されており、H3K9me3の修飾も入っているのにも関わらず、maternalで発現しているというこれまでの報告と同様の状態が観察された。しかし、maternalに発現するGrb10のMajor promoterを含む領域と相互作用する領域を検証したところ、両アレルでH3K27acとH3K4me1が修飾されている領域が見つかった。この領域は、paternalアレルでも複数の領域とループ形成をしているが、DMRに結合していると考えられるCTCFの影響か、Major promoterとの相互作用は起こっていなかった。そこで、この特徴的なエピゲノム状態を有する領域をCRISPR/cas9によって欠如させたノックアウトマウスを作製し、その表現型の検証を試みている。
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[Journal Article] Conditional kisspeptin neuron-specific Kiss1 knockout with newly generated Kiss1-floxed and Kiss1-Cre mice replicates a hypogonadal phenotype of global Kiss1 knockout mice.2020
Author(s)
Ikegami K, Goto T, Nakamura S, Watanabe Y, Sugimoto A, Majarune S, Horihata K, Nagae M, Tomikawa J, Imamura T, Sanbo M, Hirabayashi M, Inoue N, Maeda KI, Tsukamura H, Uenoyama Y.
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Journal Title
J Reprod Dev.
Volume: in press
Pages: in press
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Inducible Kiss1 knockdown in the hypothalamic arcuate nucleus suppressed pulsatile secretion of luteinizing hormone in male mice.2020
Author(s)
Minabe S, Nakamura S, Fukushima E, Sato M, Ikegami K, Goto T, Sanbo M, Hirabayashi M, Tomikawa J, Imamura T, Inoue N, Uenoyama Y, Tsukamura H, Maeda KI, Matsuda F.
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Journal Title
J Reprod Dev.
Volume: in press
Pages: in press
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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