2022 Fiscal Year Annual Research Report
Method for efficiently detect structural variations with long read sequencing data
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17K07264
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| Research Institution | Shizuoka Prefectural Hospital Organization |
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Principal Investigator |
小杉 俊一 地方独立行政法人静岡県立病院機構静岡県立総合病院(救急診療部、循環器病診療部、がん診療部、臨床診療部, リサーチサポートセンター, 研究員 (30365457)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 構造変異 / ゲノムシークエンシング / ロングリード / タンデムリピート |
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| Outline of Annual Research Achievements |
最終年度の研究成果：ロングリードを用いて構造変異(SV)を検出するツール(LRsv)の改良を進めた。tandem repeat（TR）領域で検出される挿入配列について、当該領域のリピートユニットのコピー数増加によるものかどうかをTRF (Tandem Repeat Finder)やアライメントツール等を用いて確認する機能を組み入れた。その結果、TR領域で観察される挿入の約95%はリピートユニットの増幅によるものであることが明らかとなった。さらに、138のPacBio HiFi ヒト全ゲノムシークエンス（WGS）データを含む170のロングリードWGSデータを公共データベースから入手し、GRCh37レファレンスにマッピングしたbamファイルをお取得した。このbamファイルからLRsvを用いてSVを検出し、joint callしてマージした1つのvcfファイルを取得した。TR領域で検出されたTR-CNVの数がサンプル当たり約1万5千（50 bp以上）であった。TR-CNVを含むゲノム領域は、DNA損傷修復に関わるATM/ATRやDNA複製起点のChip-Seqシグナルと重複し、TR領域が高頻度でDNA変異と修復を繰り返していることを示唆していた。
研究機関全体の研究成果：ロングリードを用いて構造変異(SV)を検出するツール(LRsv)を開発した。ロングリードを用いて検出されるヒトSVの約半数は、tandem repeat（TR）領域で検出される挿入と欠失であり、それらの多くがTRのリピートユニットのコピー数の増減を伴うコピー数変異である。LRsvは従来のロングリードを用いたSV検出ツールと異なり、TR領域で検出されるコピー数変異とそれ以外の領域で検出されるSVを区別して検出する。
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[Journal Article] Variant Spectrum of von Hippel-Lindau (VHL) disease and its genomic heterogeneity in Japan.2023
Author(s)
1.Kenji Tamura, Yuki Kanazashi, Chiaki Kawada, Yuya Sekine, Kazuhiro Maejima, Shingo Ashida, Takashi Karashima, Shohei Kojima, Nickolas F Parrish, Shunichi Kosugi, Chikashi Terao, Shota Sasagawa, Masashi Fujita, Todd A Johnson, Yukihide Momozawa, Keiji Inoue, Taro Shuin, Hidewaki Nakagawa
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Journal Title
Human Molecular Genetics
Volume: Published online
Pages: 11 March
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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