2020 Fiscal Year Research-status Report
次世代シーケンシング技術を用いた日本近海産宝石サンゴの幼生分散の解明
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17K07274
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| Research Institution | Rissho University |
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Principal Investigator |
岩崎 望 立正大学, 地球環境科学部, 教授 (20193724)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
宇田 幸司 高知大学, 教育研究部自然科学系理工学部門, 講師 (10448392)
井口 亮 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 地質調査総合センター, 主任研究員 (50547502)
鈴木 知彦 高知大学, 教育研究部自然科学系理工学部門, 教授 (60145109)
長尾 正之 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 地質調査総合センター, 主任研究員 (70251626)
長谷川 浩 金沢大学, 物質化学系, 教授 (90253335)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | 宝石サンゴ / RAD-seq / RNA-seq / 炭酸塩骨軸 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
宝石サンゴ各種の遺伝子解析の結果に基づき、以下の検討を行った。モモイロサンゴ・シロサンゴから取得されたトランスクリプトーム配列を用いて、両種からRAD-seqで取得されたショートリードをマッピングしてSNPsを抽出し、系統解析を行った。その結果、これら2種は遺伝的に顕著に分化していることが示された。またアカサンゴのトランスクリプトーム配列を用いて、既存のデータベースを用いて注釈付を行い、今後の集団解析に向けた情報整理を進めた。また、アカサンゴのRNA-seqデータの解析により、アミノ酸代謝及びエネルギー代謝に重要なアルギニンキナーゼ遺伝子が2種類存在することが明らかとなった。リコンビナント酵素を用いた酵素反応速度論解析及び熱力学的パラメータ解析により、アカサンゴの2種類のアルギニンキナーゼのうち１つは，宝石サンゴが生息する深海底の低温環境で働くよう進化した低温適合型の酵素であることが明らかになった。
宝石サンゴ成長速度の推定や骨軸の形成課程を明らかにするために、人工飼育の技術開発を行った。炭素窒素安定同位体比分析により、人工餌料の評価を行っている。また、骨軸の形成に密接に関係する骨片について研究するために骨片に付着する有機物を酸化除去する前処理法を確立し、宝石サンゴ骨片中における元素組成を定量した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
コロナ禍のため新たな採集や調査はできなかったが、これまで得られた遺伝子解析の結果を用いた解析が進んだ。
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| Strategy for Future Research Activity |
既に得られたアカサンゴのゲノム配列・トランスクリプトーム配列を用いて、RAD-seqで取得されたショートリードをマッピングして解析することで、アカサンゴ集団の遺伝的多様性及び集団間の遺伝的連結性の推定を行う。また、集団間で固定されたSNPs遺伝子座に着目することで、その周辺に存在する機能遺伝子を抽出し、集団の分化とどのように関わっているのかを推定する。また、宝石サンゴのRNA-Seqデータから見つかったアルギニンキナーゼ以外のアミノ酸代謝関連遺伝子についても酵素機能解析を進める。
宝石サンゴの生物種や産地によって骨片中における元素組成が示す特徴を明らかにする。また、骨片一粒子に含まれる微量元素量を定量／解析する手法を確立する。さらに、引き続き人工飼育技術の開発を行う。
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| Causes of Carryover |
コロナ禍のため、新たな採集や調査を行うことができなかった。これまで得られたデータの解析を進めたが、コロナ禍のため打合せやデータの議論が十分にできなかった。今年度はデータの解析をすすめ、論文などでの発表を目指す。
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