• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2018 Fiscal Year Research-status Report

癌・幹細胞増殖性維持に関わる翻訳抑制複合体の形成原理と創薬に向けた分子基盤の構築

Research Project

Project/Area Number 17K07307
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

永田 崇  京都大学, エネルギー理工学研究所, 准教授 (10415250)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
KeywordsMusashi / NMR / RNA結合 / AFM
Outline of Annual Research Achievements

癌・幹細胞増殖性維持に関わるRNA結合タンパク質Musashi1 (Msi1)はN端領域に2つのRNA結合ドメイン(RBD)、RBD1及びRBD2を有する。今年度は、これらのドメインが連結したRBD1-RBD2に対して種々のRNAの結合解析を行い、NMR及び高速AFMを用いた解析に適したRBD1-RBD2と、複数のRNAの候補を得た。
これまでに、RBD1とRBD2がそれぞれ標的RNA、GUAG及びUAGを認識することを見出し、RBD1:(GUAG)U複合体及びRBD2:G(UAG)U複合体の立体構造を決定することで相互作用様式を明らかにして来た。これまでにもRBD1-RBD2のコンストラクトを作製していたが、今年度は最新の知見に基づいて、N及びC末端を確定しより有効だと考えられるコンストラクトを作製した。RNAに関しては前回UAGXnGUAG (X=U/A/C/G, n=0-50)を分子モデリングにより見出した(Molecules, 2017)。NMR解析用のRNAを得るため、低いn値、n=1のUAGXGUAGを少なくとも1つ含むnumb-15、WUAP、CCNG2等遺伝子由来のRNA及びn=0のRNAを調製し、RBD1-RBD2との結合をゲルシフトアッセイ及び蛍光偏光解消法を用いて解析した。これらのRNAはRBD1-RBD2との結合の解離定数が28-725 nM範囲にあった。さらに、n=2, 3のRNAを用いて同様の解析を行った結果、解離定数が0.3-30 nM範囲となり、RBD1-RBD2との結合に、より適したRNAの候補を得ることに成功した。現在、得られたRBD1-RBD2とRNAの複合体を作製し、NMR立体構造解析を行うところである。他方、高速AFMによるMsi1の探索及び標的配列の認識の観察にもこれらのRNAをはじめn値が大きなものも使って解析する予定である。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

昨年度の成果に基づいて、結合解析に適したMsi1のRBD1-RBD2コンストラクトを作製し、標的配列を含むRNAを複数個得た。標的RNA配列UAGXnGUAG (X=U/A/C/G)のうち、n=2,3のものがRBD1-RBD2との結合の解離定数が0.3-30 nM範囲となり、しかも1:1の複合体を形成することがわかった。これらのRNAはRBD1-RBD2との複合体のNMR立体構造解析に適している可能性が高いため、各種NMRスペクトルの品質を確認し、最も解析に適しているRNAを決定する。高速AFMの測定に関しては、一本鎖DNAを固定化したフレームの調製に昨年度成功していた。さらに今年度は、一本鎖DNAに結合し、その上を移動することが出来るコントロールタンパク質を用いて、実際にそのタンパク質が移動するのを観察することに成功した。また、Msi1とは異なるRNA結合タンパク質について、RNAの結合に際して誘導される構造変化を高速AFMで観察することに成功した。このように、高速AFMの測定におけるノウハウは蓄積してきた。現在、RBD1-RBD2の標的配列を含み、上記フレームに固定できる長鎖のRNAの調製を行っているところであり、調製の目処は立っている。

Strategy for Future Research Activity

NMR立体構造解析については、RBD1-RBD2の安定同位体標識を行う。高速AFM観察については、フレームに固定化するRNAの調製を行う。標的RNA配列UAGXnGUAG (X=U/A/C/G)のうちn=2-50のものを、また癌等に関わる遺伝子のmRNAに由来するものを想定している。

Causes of Carryover

今年度は、RBD1-RBD2及び各種RNAの調製、ゲルシフトアッセイ及び蛍光偏光解消法、高速AFM用のフレームの調製、高速AFMの予備実験のためのタンパク質と一本鎖DNAの調製、高速AFMのカンチレバーなどに使用して来た。次年度は、RBD1-RBD2の安定同位体標識、NMR用RNA合成、高速AFM用のRNA調製等をする必要があるため、使用額が生じた。

  • Research Products

    (25 results)

All 2020 2019 2018 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 5 results) Presentation (19 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] An insight into the dependence of the deamination rate of human APOBEC3F on the length of single-stranded DNA, which is affected by the concentrations of APOBEC3F and single-stranded DNA2020

    • Author(s)
      Wan Li、Kamba Keisuke、Nagata Takashi、Katahira Masato
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      Volume: 1864 Pages: 12934

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2019.04.011

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Identification of key residues for activities of atypical glutathione S-transferase of Ceriporiopsis subvermispora, a selective degrader of lignin in woody biomass, by crystallography and functional mutagenesis2019

    • Author(s)
      Osman Wan Hasnidah Wan、Mikami Bunzo、Saka Naoki、Kondo Keiko、Lin Meng-I、Nagata Takashi、Katahira Masato
    • Journal Title

      International Journal of Biological Macromolecules

      Volume: 132 Pages: 222~229

    • DOI

      10.1016/j.ijbiomac.2019.03.199

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The anti‐prion RNA aptamer R12 disrupts the Alzheimer's disease‐related complex between prion and amyloid β2019

    • Author(s)
      Iida Mamiko、Mashima Tsukasa、Yamaoki Yudai、So Masatomo、Nagata Takashi、Katahira Masato
    • Journal Title

      The FEBS Journal

      Volume: 未定 Pages: 未定

    • DOI

      10.1111/febs.14819

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structure of a serine-type glutathione S-transferase of Ceriporiopsis subvermispora and identification of the enzymatically important non-canonical residues by functional mutagenesis2019

    • Author(s)
      Wan Osman Wan Hasnidah、Mikami Bunzo、Saka Naoki、Kondo Keiko、Nagata Takashi、Katahira Masato
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 510 Pages: 177~183

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2019.01.076

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Classification of fungal glucuronoyl esterases (FGEs) and characterization of two new FGEs from Ceriporiopsis subvermispora and Pleurotus eryngii2018

    • Author(s)
      Lin Meng-I、Hiyama Akiho、Kondo Keiko、Nagata Takashi、Katahira Masato
    • Journal Title

      Applied Microbiology and Biotechnology

      Volume: 102 Pages: 9635~9645

    • DOI

      10.1007/s00253-018-9318-5

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 白色腐朽菌Pleurotus eryngii由来のリグニン・多糖複合体分解酵素グルクロノイルエステラーゼの発現・精製・活性検証と各種添加剤の活性への影響に関する速度論解析2019

    • Author(s)
      坂井勇太, 林孟宜, 檜山明穂, 近藤敬子, 永田崇, 片平正人
    • Organizer
      第69回日本木材学会大会
  • [Presentation] In-cell NMR studies on structure and dynamics of DNA and RNA introduced inside the living human cells2018

    • Author(s)
      Yamaoki Yudai、Nagata Takashi、 Kiyoishi Ayaka、Miyake Masayuki、Kano Fumi、Murata Masayuki、Katahira Masato
    • Organizer
      ISNAC2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] An RNA aptamer disrupts the interaction of prion protein with Amyloid β2018

    • Author(s)
      Mamiko IIDA, Tsukasa MASHIMA, Yudai YAMAOKI, Masatomo SO, Takashi NAGATA, Masato KATAHIRA
    • Organizer
      第56回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Classification of a lignin-carbohydrate complex (LCC) degradation enzymes, fungal glucuronoyl esterases (FGEs), and expression/ characterization of two new FGEs of white rot fungi2018

    • Author(s)
      林孟宜, 檜山明穂, 近藤敬子, 坂井勇太, 永田崇, 片平正人
    • Organizer
      第63回リグニン討論会
  • [Presentation] In-cell NMR法を用いたヒト生細胞内の核酸の解析2018

    • Author(s)
      山置 佑大, 永田 崇, 清石 彩華, 三宅雅之, Lin Kuan-Heng, 高見昇平, 加納 ふみ, 村田 昌之, 片平 正人
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] HIV VifーヒトE3ユビキチンリガーゼ複合体はAPOBEC3Gの脱アミノ化を直接阻害する2018

    • Author(s)
      神庭圭佑,汪 寧馨,雲財 悟3,森下 了,永田崇,片平正人
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Vif - CBFβ - CUL5 - ELOB - ELOC 複合体に結合する 2’F 化した aptamer の取得2018

    • Author(s)
      関川 湧斗,水澤 果那,神庭 圭介,鈴木 拓也,万 里,片平 正人,永田 崇,坂本 泰一
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Characteristics of the C-terminal domain of anti-viral factor APOBEC3G: mechanism behind a target search and inhibition by HIV-1 Vif protein2018

    • Author(s)
      Kamba Keisuke、Nagata Takashi、Katahira Masato
    • Organizer
      XXVIII International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Structural and theoretical insights into the RNA-recognition mechanism by Musashi-12018

    • Author(s)
      Nagata Takashi、Iwaoka Ryo、Tsuda Kengo、Imai Takao、Okano Hideyuki、Kobayashi Naohiro、 Katahira Masato
    • Organizer
      XXVIII International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Observation of imino proton signals of DNA and RNA introduced inside the living human cells by using in-cell NMR spectroscopy2018

    • Author(s)
      Yudai Yamaoki, Tsukasa Mashima, Takashi Nagata, Masato Katahira
    • Organizer
      XXVIII International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] MDM2-p53NTDとMDM2-MIPの結合自由エネルギーに見られる大きな差の物理起源2018

    • Author(s)
      Tatsuya Yamada, Tomohiko Hayashi, Simon Hikiri, Naohiro Kobayashi, Hiroshi Yanagawa, Mitsunori Ikeguchi, Masato Kinoshita, Takashi Nagata, Masahiro Kinoshita
    • Organizer
      第56回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] In-cell NMR法を用いたヒト生細胞内のDNAおよびRNAの構造とダイナミクスの解析2018

    • Author(s)
      山置 佑大, 永田 崇, 清石 彩華, 三宅雅之, 加納 ふみ, 村田 昌之, 片平 正人
    • Organizer
      第57回NMR討論会
  • [Presentation] 抗プリオン活性を有する四重鎖RNAの構造解析2018

    • Author(s)
      真嶋司,Lee Joon-Hwa,林 智彦,西川富美子,鎌足雄司,永田崇,西川諭,桑田一夫,木下 正弘,片平正人
    • Organizer
      第57回NMR討論会
  • [Presentation] 抗プリオンアプタマーによるプリオンタンパク質とアミロイドβの相互作用の阻害2018

    • Author(s)
      飯田 真美子, 真嶋 司, 山置 佑大, 宗 正智, 永田 崇, 片平正人
    • Organizer
      第20回日本RNA学会年会
  • [Presentation] HIV-1 RRE由来のRNA断片と人工ペプチドの相互作用の解析2018

    • Author(s)
      野村祐介、渡邊 なつき,木名瀬智章,永田崇,片平正人,原田和雄,坂本泰一
    • Organizer
      第20回日本RNA学会年会
  • [Presentation] Vif-CBFβ-CUL5-ELOB-ELOC複合体に対するアプタマーの取得と解析2018

    • Author(s)
      鈴木拓也,万里,関川湧斗,田中陽一郎,神庭圭介, 片平正人,永田崇,坂本泰一
    • Organizer
      平成30年度日本生化学会関東支部例会
  • [Presentation] HIV Vif-E3ユビキチンリガーゼ複合体と核酸の相互作用2018

    • Author(s)
      神庭圭佑,永田崇,片平正人
    • Organizer
      第18回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] Detection of different conformational changes of Translocated in liposarcoma, TLS, upon its binding to various nucleic acids2018

    • Author(s)
      Nesreen Hamad, Tsukasa Mashima, Yudai Yamaoki, Hiroki Watanabe, Takayuki Uchihashi, Riki Kurokawa, Takashi Nagata, Masato Katahira
    • Organizer
      第18回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] Evaluation of the structural stability and dynamics of nucleic acids inside the living cells by using in-cell NMR spectroscopy2018

    • Author(s)
      Takashi Nagata, Yudai Yamaoki, Masato Katahira
    • Organizer
      The 18th Annual Meeting of the Protein Society of Japan
    • Invited
  • [Remarks] 蛋白質-RNAの認識機構:水和の統計力学理論を用いた解析

    • URL

      http://www.iae.kyoto-u.ac.jp/new-iae/NewsRelease/JP/2018/04/05-111751.html

URL: 

Published: 2019-12-27  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi