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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Structural biology of the flaviviral replication complex.

Research Project

Project/Area Number 17K07322
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

清水 英明  国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 研究員 (10360562)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Keywords複製複合体 / RNA / CryoEM / HTS / X線結晶構造解析 / フラグメント / デング
Outline of Annual Research Achievements

ウイルスRNA複製複合体(replication complex)はウイルス遺伝子複製を担う分子装置であり、その会合は極めて正確な機能遂行において不可欠なプロセスである。本研究ではフラビウイルス科に属するデングウイルスやアルファウイルスのRNA複製の主要酵素であるRNA依存性RNAポリメラーゼを中心に構成される複製複合体の構造解析を実施し、フラビウイルスおよびアルファウイルスにおけるRNA複製の構造基盤を解明することを目的とする。
本年度は当センターに設置されているクライオ電子顕微鏡によるデングウイルス複製複合体の構造解析を実施した。巨大なデングウイルス複製複合体(NS2B3-NS3-NS5-dsRNA)として調製された画分について解析を実施し、5.1オングストローム分解能のクライオ電顕像を得ることに成功し、NS3 helicase、NS5 MTase、NS5 RdRpの各ドメインおよびdsRNAをそれぞれアサインすることに成功した。NS3 helicaseドメインがNS5のMTase、RdRpの両ドメインに相互作用するように位置しており、dsRNAはNS5 RdRpの活性中心からNS3 helicase、NS5 MTaseの両ドメイン間かけて位置していた。
また、デングウイルスRNA依存性RNAポリメラーゼNS5について、フラグメントライブラリーを用いたの阻害剤ハイスループットスクリーニングを実施し、フラグメント複合体のX線結晶構造解析を決定した。これらの結果について誌上発表(H. Shimizu et al. Discovery of a small molecule inhibitor targeting dengue virus NS5 RNA-dependent RNA polymerase. PLoS Neglected Tropical Diseases. Vol. 13 Issue 11, 2019)を行った。

  • Research Products

    (1 results)

All 2019

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results)

  • [Journal Article] Discovery of a small molecule inhibitor targeting dengue virus NS5 RNA-dependent RNA polymerase2019

    • Author(s)
      Shimizu Hideaki、Saito Akatsuki、Mikuni Junko、Nakayama Emi E.、Koyama Hiroo、Honma Teruki、Shirouzu Mikako、Sekine Shun-ichi、Shioda Tatsuo
    • Journal Title

      PLOS Neglected Tropical Diseases

      Volume: 13 Pages: 7894 7894

    • DOI

      DOI: 10.1371/journal.pntd.0007894

    • Peer Reviewed / Open Access

URL: 

Published: 2021-01-27  

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