2018 Fiscal Year Research-status Report
同所的に生息する湖沼性淡水魚の体色の類似化と色覚の関連性に関する研究
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17K07543
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| Research Institution | Fukuoka Women's University |
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Principal Investigator |
猪股 伸幸 福岡女子大学, 国際文理学部, 准教授 (20301335)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
山平 寿智 琉球大学, 熱帯生物圏研究センター, 教授 (20322589)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | トランスクリプトーム解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究の主要な目的は、スラウェシの古代湖群のメダカ科、およびサヨリ科魚類をモデルとして、体色の類似化と色覚の関連性、および共進化の可能性について検討することである。そこで、以下の（A）から（D）を中心に研究を遂行している。（A）古代湖群でのメダカ科、およびサヨリ科魚類を網羅的に採集し、（B）次世代シーケンサーを使用したトランスクリプトーム解析による両科魚類タンパクコード領域の網羅的探索を行う。この情報をもとに（C）両科それぞれの系統樹の推定とトポロジーの比較、（D）オプシン遺伝子群の分子進化パターン、およびオプシン遺伝子群の発現量の比較を行う。
平成30年度以降の計画の通り、（A）に関連して、メダカ科、およびサヨリ科魚類の網羅的採集を終えた。（B）に関連して、次世代シーケンサーを使用したトランスクリプトーム解析に必要なデータを概ね取得した。具体的には、ポソ湖の黒体色、マリリ湖の黄体色、ムナ湖の青体色の代表的メダカ種・サヨリ種のメスの眼球からtotal RNA抽出を行い、次世代シーケンス受託業者にtotal RNA試料を送付（外注）した。次世代シーケンサー（イルミナ社のNovaSeq 6000）を使用して、各個体それぞれについて、ショートリードを得た。（C）に関連して、系統樹の推定はRNAベースの配列データで行われていた。近年、DNAベースのデータの取得が比較的容易になった。最近の研究で、DNAベースのデータを使用した系統樹推定の方が良いことが明らかになっている。系統樹推定手法をDNAベースのデータを用いるべく、必要なサンプルのDNA抽出を終了した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
研究対象の古代湖群に生息するメダカ科、およびサヨリ科魚類を網羅的採集が終了し、トランスクリプトーム解析に必要な配列データの取得は概ね終了した。また、系統樹推定に必要なサンプルのDNA抽出が終了した。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和元年度は、平成30年度以降の研究計画に沿って研究を遂行する。系統樹推定のためのより良い手法を取り入れ、データを取得し、主要な目的である「スラウェシの古代湖群のメダカ科、およびサヨリ科魚類をモデルとした体色の類似化と色覚の関連性、および共進化の可能性についての検討」を行う。
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| Causes of Carryover |
次世代シーケンス外注等のキャンペーンによる値引きにより残額が生じた。また、系統樹推定手法をRNAベースの配列データからDNAベースのデータに変更したため、外注予定の予算を次年度に繰り越すことになった。
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[Presentation] Parallel evolution of body coloration between sympatric freshwater fishes with non-parallel evolution of visual sense2018
Author(s)
J. Montenegro, K. Mochida, K. Matsui, D.F. Mokodongan, R.K. Hadiaty, K.W.A. Masengi, N. Inomata, T. Irie, Y. Terai, Y. Hashiguchi, J. Kitano & K. Yamahira
Organizer
Society for Coastal Ecosystems Studies-Asia Pacific (SCESAP)
Int'l Joint Research
