2018 Fiscal Year Research-status Report
サツマイモネコブセンチュウ系統のエフェクター多型比較
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17K07672
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| Research Institution | Ryukoku University |
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Principal Investigator |
浅水 恵理香 龍谷大学, 農学部, 准教授 (00370924)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 植物寄生性線虫 / サツマイモネコブセンチュウ / ゲノム多型 / GWAS |
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| Outline of Annual Research Achievements |
サツマイモネコブセンチュウは、世界中の作物圃場で大きな問題となっている植物寄生性線虫である。抵抗性品種の育成が進んでいるのは一部の主要作物に限られ、それらの作物においてさえ、抵抗性打破レースの出現がしばしば起こっている。本研究では、国内で単離されたサツマイモネコブセンチュウ50系統を用い、異なる感染形質を示すものを対象として、エフェクター候補遺伝子が有する多型の同定を行う。サツマイモネコブセンチュウは、サツマイモ5品種 (農林1号、農林2号、種子島紫7、エレガントサマー、ジェイレッドに対する感染形質によってSPレースと呼ばれるグループに分類されている。本研究と並行して、50系統の表現型解析とSPレース分類が行われた。
平成30年度には、PacBio Sequelシステムを用いて日本産線虫系統のロングリード参照配列の構築を試みた。この配列に対して前年度蓄積した50系統のイルミナリードをマッピングすることにより、より多くの多型を検出することに成功した。SPレース検定結果を表現型としてGWAS解析を行った結果、タンパク機能に影響を与えるSNPとの関連が複数得られ、中にはシグナルペプチドを有するなど、今後の機能解析の重要な候補遺伝子を得ることができた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
PacBio Sequelシステムのロングリード参照配列の構築により、複雑な構造のサツマイモネコブセンチュウゲノムの精度を上げることができたと考えられる。それにより、多型の検出とGWASに成功し、候補遺伝子を得ることができた。一方で、参照配列には構造が不確定な部分や精度の低い部分が残っているため、再構築の必要がある。
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| Strategy for Future Research Activity |
より精度の高いロングリード参照配列を再構築し、マッピングとGWASを行う。また、得られた候補遺伝子の機能解析を進める。
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| Causes of Carryover |
人件費として計上していたが、実験遂行上必要とならなかった。翌年度に消耗品として使用する。
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