2019 Fiscal Year Annual Research Report
Application of whole genome sequence analysis for the risk assessment of Shiga Toxin producing Escherichia coli derived from deer
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17K08087
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| Research Institution | Nihon University |
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Principal Investigator |
壁谷 英則 日本大学, 生物資源科学部, 教授 (10318389)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
横山 栄二 千葉県衛生研究所, 細菌研究室, 室長 (40370895)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 志賀毒素産生大腸菌 / O157 / 鹿 / 猪 / 全ゲノム解析 / 病原遺伝子 / ジビエ / PFGE |
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| Outline of Annual Research Achievements |
2013年9月から2020年3月にかけて、23府県の鹿639頭（うち令和元年度：13府県168頭）、19府県の猪487頭（うち令和元年度：12府県104頭）の直腸便を供試した。O157の分離は、糞便0.5g量を4.5mLのノボビオシン加mEC培地に接種して42℃で18時間増菌培養後、クロモアガーO157培地、CT-SMAC培地に塗抹し37℃、24時間培養した。各培地上のO157を疑うコロニーを回収し、PCRによりstx遺伝子が陽性かつrfbE O157遺伝子を保有し、O157スライドラテックス凝集反応で陽性となった株をO157と同定した。O157分離株、および一部のSTEC株については次世代シーケンサーを用いた全ゲノム解析を行い、VirulenceFinder 2.0により病原関連遺伝子と薬剤耐性遺伝子を網羅的に解析した。
本研究では、鹿の11.0%（70/639頭）(令和元年度：4.2%：7/168)、猪の3．3%（16/487頭）(令和元年度：1.0%：1/104)からSTECが分離された。また、鹿の1.1%（7/639頭）(令和元年度：0%：0/168)、猪の0.6%（3/487頭）(令和元年度：0%：0/104)からO157が分離された。
これまでに我々が分離した全てのO157分離株（鹿５株、猪3株）、および鹿由来O5,O26,O83,O104各STECの全ゲノム解析では、O157で5,294,527bp～5,４９８５０bp、のnonO157 STECでは3,769,174～4,961,358bpの塩基配列が決定され、O157では２０～22個、O5,O26では２１個、O83で5個O104で13個の病原関連遺伝子が検出された。
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