2020 Fiscal Year Final Research Report
Establishment and diagnostic application of epigenome sequencing methods for imprinted differentially methylated regions
Project/Area Number |
17K08689
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Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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Allocation Type | Multi-year Fund |
Section | 一般 |
Research Field |
Human genetics
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Research Institution | National Center for Child Health and Development |
Principal Investigator |
Nakabayashi Kazuhiko 国立研究開発法人国立成育医療研究センター, 周産期病態研究部, 室長 (10415557)
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Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2021-03-31
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Keywords | DNAメチル化 / ゲノムインプリンティング / 遺伝学的検査 |
Outline of Final Research Achievements |
We established a catalog of 789 probes corresponding to 50 known imprinted differentially methylated regions (DMRs) on the Infinium HumanMethylationEPIC BeadChip and also identified two novel maternally methylated regions associated with PTCHD3 and JAKMIP1. We also established experimental and bioinformatic protocols to conduct amplicon bisulfite sequencing using a bench-top NGS system. These outcomes enable researchers and clinicians to more easily and rapidly conduct genome-wide DNA methylation analyses to diagnose imprinting disorder patients. We also conducted ATAC sequencing on F1 hybrid mouse 9.5dpc embryos from the reciprocal crosses of C57B6 and JF1 strains, and obtained genome-wide allele-specific open chromatin information. This dataset will help us to further elucidate regulatory mechanisms of imprinted gene expression.
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Free Research Field |
エピジェネティックス
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Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
国内外のインプリンティング疾患研究者が、本研究成果の既知インプリンティング制御領域位置情報を参照し、アンプリコンバイサルファイトシーケンス法を用いることで、インプリンティング疾患症例の網羅的DNAメチル化解析をより簡便かつ迅速に実施できること、延いては当該疾患群の遺伝学的検査の網羅性向上・精度向上をもたらすと予想されること、に本研究の社会的意義がある。疾患研究における複数の応用例に留まらず、霊長類からげっ歯類までを対象としたエピゲノム制御進化研究においても本研究の成果がその推進基盤となったことは、本研究成果の学術的意義が広範分野に及ぶことを示している。
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