サブテロメア関連疾患の原因究明に向けたゲノム情報基盤の構築

2019 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 17K08690
• Research Institution: National Center for Child Health and Development
• Principal Investigator: 黒木 陽子 国立研究開発法人国立成育医療研究センター, ゲノム医療研究部, 室長 (10344037)
• Project Period (FY): 2017-04-01 – 2021-03-31
• Keywords: サブテロメア / ゲノム難解読領域 / ロングリードシークエンサー

Outline of Annual Research Achievements

多発奇形や精神遅滞などの疾患と関与することが知られているヒトサブテロメア領域は、様々なタイプの反復配列が混在し、ヒトゲノムの中でも解析が難しい 領域として知られている。ヒトゲノムの参照配列におけるサブテロメア領域のデータは、配列の制度が不十分な上に、未解読な領域が多く存在する。このような 状況を踏まえ、本研究では、ヒトサブテロメア領域のゲノム構造解析を行い、この領域のゲノム構造基盤を整備するとともに、健常人における多様性を明らかにする。これらの解析を通じて、サブテロメア領域の構造解析に特化した解析手法を構築する。健常人におけるゲノム構造を明らかにした上で、奇形、精神遅滞などの患者を対象としたゲノム解析を行い、患者におけるゲノム構造異常の特定と原因遺伝子の探索を行う。
本年度は、申請者が保有するヒトのサブテロメア領域由来のゲノムクローンについて、ロングリードシークエンサーによる配列データの精度向上を目指し、ショートリードシークエンサーによる解析を実施した。現在、これらの配列データを用いて、サブテロメア領域の高精度な配列データの構築を進めている。また、得られた配列データを、公共データベースに登録されている配列データとの比較解析を実施し、新規ゲノム配列の同定や、領域特異的な配列データの取得を勧めている。これらの解析と並行して、多発奇形や精神遅滞を呈し、その原因が明らかになっていない患者由来の検体の収集について、その準備を進めている。

Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

解析データを保管していたPCが故障してしまい、データの一部を失ってしまったため、再度、解析をやり直している。また、患者由来の検体の収集（リクルート）に手間取っており、研究全体が遅れている。そのため、１年間の期間延長を申請した。

Strategy for Future Research Activity

故障したPCの購入を進め、失ったデータの取得を進めるとともに、患者検体の収集に向けて、バイオバンクや臨床医、検体を保有している研究者との連携を進める。
健常人の配列データの高精度化と、患者のゲノム解析を実施し、サブテロメア欠失症候群の原因遺伝子同定に向けて研究を進める。

Causes of Carryover

健常人のサブテロメア領域のゲノム配列構築の過程で、データを保存していたPCが故障し、一時、解析が中断した。また、患者検体の収集が遅れており、次年度に、検体の収集に着手する予定である。次年度は、まず、データ保管用のPCを購入し、研究環境を整備するとともに、患者検体のゲノム解析を実施することを予定しており、繰越した研究費は、備品（PC）購入とゲノム解析のための消耗品、成果発表のための学会参加費用、旅費、に使用する予定である。