腺管分離法を用いたSNP arrayによる胆道癌のゲノムコピー数解析

2017 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 17K08701
• Research Institution: Iwate Medical University
• Principal Investigator: 塩井 義裕 岩手医科大学, 医学部, 助教 (00714346)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 菅井 有 岩手医科大学, 医学部, 教授 (20187628) ; 石田 和之 岩手医科大学, 医学部, 准教授 (40444004)
• Project Period (FY): 2017-04-01 – 2020-03-31
• Keywords: 胆管癌 / Copy Number Alteration / SNP array / 腺管分離法

Outline of Annual Research Achievements

主な研究の概要
① 胆道癌の手術標本から腺管分離法で癌腺管と胆道上皮腺管を分離し，DNA を抽出する．② Copy Number Alteration（Gain, LOH, Copy-neutral LOH）について SNP array を用いて解析を 行う．また p53, KRAS, BRAF などの遺伝子変異についても検索し，分子異常の違いを比較検討する． ③ 以上の分子異常について，臨床病理学的因子（占拠部位，組織型，TNM 分類）や予後 と関連して検索する．
現在のところ、過去に本学で手術を行った胆管癌33例について、癌腺管と胆道上皮腺管から抽出したDNAの質と量を確認しているところである。2008年から収集しているサンプルであるので、解析を行うにはDNA量が十分ではない症例があった。解析に必要なDNA量があると確認できた8例についてSNP arrayを行い、現在解析中である。解析については、必要な知識や方法を確認したり、文献などを参考にしたりして行っており、解析の内容を明らかにするのにもう少し時間がかかる予定である。サンプル数が少なくなることが予想されたので、胆管癌の手術症例7例を新たに追加し、癌腺管と胆道上皮腺管のDNAを抽出し、今後、SNP array を行っていく予定である。
手術した標本の臨床病理学的因子についても並行してまとめ、SNP arrayとの関連を検討していく予定である。

Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

胆管癌の手術標本より腺管分離法を用いて癌腺管のみを取り出し、DNAを抽出しSNParrayを行った。Pilot studyとして8例について行い、解析中である。

Strategy for Future Research Activity

胆管癌の手術標本からのDNAの状態を再確認し、可能な症例についてSNParrayを行う。

Causes of Carryover

勤務地が分院となり、本院での研究が計画当初より遅れている状態である。
本研究のpilot studyを行ったので、その結果を解析しつつ、症例数を増やして研究を行う予定である。
SNP arrayのためのカートリッジと試薬を購入する費用に残額を使用する予定である。