2018 Fiscal Year Research-status Report
腺管分離法を用いたSNP arrayによる胆道癌のゲノムコピー数解析
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17K08701
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| Research Institution | Iwate Medical University |
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Principal Investigator |
塩井 義裕 岩手医科大学, 医学部, 助教 (00714346)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
菅井 有 岩手医科大学, 医学部, 教授 (20187628)
石田 和之 岩手医科大学, 医学部, 准教授 (40444004)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 胆管癌 / Copy Number Alteration / SNP array / 腺管分離法 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
主な研究の概要
① 胆道癌の手術標本から腺管分離法で癌腺管と胆道上皮腺管を分離し，DNA を抽出する．② Copy Number Alteration（Gain, LOH, Copy-neutral LOH）について SNP array を用いて解析を 行う．また p53, KRAS, BRAF などの遺伝子変異についても検索し，分子異常の違いを比較検討する．③ 以上の分子異常について，臨床病理学的因子（占拠部位，組織型，TNM 分類）や予後 と関連して検索する． 現在のところ、過去に本学で手術を行った胆管癌38例について、腺管分離法を用いて分離した癌腺管と胆道上皮腺管から抽出したDNAの質と量を確認した。2008年から収集しているサンプルを再確認し、解析を行うのにDNA量が十分ではない症例を除いた。解析に必要なDNA量があり、DNAの状態が良好と確認できた21例についてSNP arrayを行い、現在 解析中である。SNP arrayを用いてTotal genome copy number alteration (CNA) を行った。CNA解析は,Illumina HumanCytoSNP-24 BeadChip (Illumina, Inc. San Diego, CA, USA) を用いて行った。解析については、必要な知識や方法を確認したり、文献などを参考にしたりして行っており、解析の内容を明らかにするのにもう少し時間がかかる予定である。手術した標本の臨床病理学的因子についても並行してまとめ、SNP arrayとの関連を検討していく予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
4: Progress in research has been delayed.
Reason
勤務地が岩手医科大学の分院から市中病院に転勤となったため、本研究が計画当初より遅れている状態である。
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| Strategy for Future Research Activity |
胆道癌の手術標本21症例から腺管分離法で得られた癌腺管と胆道上皮腺管のDNAを抽出した。Copy Number Alterationについて SNP array を用いて解析を行う．解析方法については大学常勤のスタッフと連携をとりながら解析を進めていく。
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| Causes of Carryover |
SNP arrayを行い解析を行ったが、一部SNP arrayの補佐的な追加実験を行うために試薬購入の必要があり、その予算に充てる予定である。
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