Molecular mechanism of resistance to tyrosine kinase receptor in soft tissue sarcoma

2021 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 17K08730
• Research Institution: Juntendo University
• Principal Investigator: 齋藤 剛 順天堂大学, 医学部, 准教授 (80439736)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 末原 義之 順天堂大学, 医学部, 客員教授 (70509405)
• Project Period (FY): 2017-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: 肉腫 / 分子標的 / チロシンキナーゼ受容体 / 遺伝子増幅 / 治療抵抗性

Outline of Annual Research Achievements

骨肉腫におけるクリニカルシークエンスの結果から、新規治療標的となる相互排他的共起遺伝子増幅を約40%の骨肉腫患者に同定されている。それらは主に以下の３群：PDGFRA, KIT, KDR群、CCND3, VEGFA群、MDM2, CDK4群に分類される。遺伝子増幅を調べる方法として網羅的かつ簡易的な検査は現在のところ見当たらない。そこで我々は、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）由来の腫瘍組織を用いて、これら治療指針の異なる骨肉腫を分類できるような簡易的な検査方法を樹立を試みた。Nanostringを用いて、標的遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブを作成し、腫瘍由来、並びに対応する正常組織由来のDNAを採取し、それらから得られる数値の比を取り、遺伝子増幅・欠失の検証をした。結果としては、細胞株では公開されているデータベースに合致する遺伝子増幅・欠失が確認でき、また細胞株をフォルマリン固定した検体においても同様の結果が得られた。臨床検体ではその約30%に、前述の３群に相当する遺伝子増幅・欠失による分類ができた。また、凍結検体・FFPE検体の間でもほぼ同様の結果が得られ、固定に伴う影響はほとんどないことが示された。
本年度は症例を追加して肉腫におけるCNV解析を進めるとともに昨年度までに進めた上記の研究内容を論文化している。NGS（Cancer hotspot panel）によって得られる遺伝子増幅の結果とNanoStringによる遺伝子増幅測定の相関を調べたところ、NanoStringによるCNV解析では増幅の値がやや低値に出る傾向があったが、増幅と判定されるものに関しては増幅があることは確認できると判断した。その遺伝子産物に免疫染色などが有効な遺伝子については、乳がんのHER2免疫染色のように、その増幅の有無の評価に免疫染色も併用していくことも有用であると思われた。

Research Products

• [Journal Article] Identification of a Novel MAN1A1-ROS1 Fusion Gene Through mRNA-based Screening for Tyrosine Kinase Gene Aberrations in a Patient with Leiomyosarcoma (2021)
  • Author(s): Suehara Y, Kohsaka S, Hayashi T, Akaike K, Kurisaki-Arakawa A, Sato S, Kobayashi E, Mizuno S, Ueno T, Morii T, Okuma T, Kurihara T, Hasegawa N, Sano K, Sasa K, Okubo T, Kim Y, Mano H, Saito T.
  • Journal Title: Clin Orthop Relat Res Volume: 479(4) Pages: 838-852
  • DOI: 10.1097/CORR.0000000000001548.
  • Peer Reviewed / Open Access