2018 Fiscal Year Research-status Report
Wntシグナル伝達経路に着目した未分類肉腫分類の試み
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17K08748
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| Research Institution | Kanazawa Medical University |
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Principal Investigator |
甲野 裕之 金沢医科大学, 看護学部, 教授 (20221236)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
尾山 武 金沢大学, 医学系, 助教 (00515314)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 未分化/未分類肉腫 / Wntシグナル / ゲノム解析 / Array CGH / FISH |
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| Outline of Annual Research Achievements |
発生頻度が低くかつ多彩な組織型を呈する未分化/未分類肉腫には特異性の高いマーカーがなく、この腫瘍の診断には新たな特異的マーカーを検索することが重要である。
本年度は、金沢医科大学病院臨床病理部および金沢大学附属病院病理部に保管されているundifferentiated pleomorphic sarcoma/未分化多形肉腫/悪性線維性組織球腫の症例を選出し、それらのパラフィンブロックを遠隔転移の有無などの主な臨床情報とともに集め研究に供した。
未分化/未分類肉腫におけるWntシグナル伝達経路の関与を検索するために、Wntシグナル伝達経路に属し、かつ軟部腫瘍でのタンパク過剰発現が示唆されているDKK1ならびにβカテニンに関して、遺伝子増幅の有無の確認を行い、さらに全ゲノム解析において増幅が確認された遺伝子コピー数増加の validateion（確認）に供するためにFluolescence in situ hybridization (FISH)法を行った。
具体的には、The UCSC Genome Browser にて、DKK1遺伝子を含む染色体領域をカバーするBacterial Artificial cloneとして、RP11-341F8を選出し、そこからBAC DNAを増幅し、蛍光ラベルを行うことによりFISH probeを作成した。
現在、未分化/未分類肉腫に対して、FISH法を試みている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
本学および金沢大学附属病院病理部に保管されている未分化/未分類肉腫は、希少がんに該当することもある腫瘍で、そのパラフィンブロックおよび臨床情報を収集するのは予想以上に困難であった。
Wntシグナル伝達経路に属する遺伝子であるDKK1に着目し、その遺伝子増幅をFISH法にて検索した。BAC cloneからのFISH probe作成において、plasmidが十分得られず、plasmidを含んだ大腸菌が増殖しないか、あるいは精製の効率が悪いかなどの原因が考えられ、probe作成用のBAC DNAの確保に時間を要した。
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| Strategy for Future Research Activity |
未分化/未分類肉腫検体から抽出されたゲノムDNAに対して、Affimetrix OncoScan assayを用いた全ゲノム的なコピー数の解析を行い、そこで高度な遺伝子コピー数の増加が認められたものに対しては、先に確立したFISH法により確認を行う。FISH法で、遺伝子増幅が確認できた遺伝子に関しては、未分化/未分類肉腫における頻度、タンパク発現との相関、年齢、性別、進行度、リンパ節転移、リンパ管侵襲および静脈侵襲などの臨床病理学的な因子との相関を検討する。
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| Causes of Carryover |
ゲノム解析を行う前に、その精度のvalidation（確認）を行うために、FISH probeの作成を含むFISH法を行った。そのため、ゲノム解析を行うための試薬を購入するための予算を確保しておく必要が生じた。
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