The additional mutation analysis of breast cancer recurrence or metastasis

2017 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 17K08750
• Research Institution: Kawasaki Medical School
• Principal Investigator: 鹿股 直樹 川崎医科大学, 医学部, 准教授 (60263373)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 赤羽 俊章 社会医療法人北斗北斗病院(腫瘍医学研究所), 病理遺伝子診断科, 主任 (70754480) ; 山下 哲正 川崎医科大学, 医学部, 講師 (00584939)
• Project Period (FY): 2017-04-01 – 2020-03-31
• Keywords: 乳癌 / NGS / 付加的遺伝子変異 / コピー数変化

Outline of Annual Research Achievements

乳癌手術症例で術後に再発・転移をきたした症例のうち、原発巣と再発・転移巣での検体が利用可能な症例を選び、原発巣の癌病変、原発巣近傍の乳腺正常組織、再発・転移巣の癌病変の各々から、DNAを抽出し(Maxwell 16 FFPE Tissue LEV DNA purification Kit (Promega)を使用)、QIAseq Human Breast Cancer Panel (QIAGEN)でライブラリを作成、MiSeq (Illumina)よる解析を施行した。最初の10症例の検討では、パラフィン標本作成から5年以上経過した検体の多くは、QCscoreが悪いか、amplifiable DNA濃度が低いため、解析に適さないことがわかったため、以後は、比較的新しい標本が得られた症例に絞り検討を施行した。13病変(10症例)で良好なDNAが得られNGS解析も成功した。再発・転移巣で付加的に遺伝子変異が見いだされた症例は5病変であった。これらはいずれも遠隔転移巣であり、局所再発の6病変ではいずれも付加的遺伝子変異は認めなかった。遠隔転移で認められた付加的な遺伝子変異は、EP300、MUC16、PIK3CA、TP53、CBFB、ERBB2、JAK2、ARID1A、XPC、GATA3、BLMであった(ただし、意義のある変異かどうかが未確認なものを含む)。転移巣で複数回の検体が得られた症例(再発と再再発)では、1回目の転移と2回目の転移で、異なる遺伝子変異を示す症例もみられた。また、各遺伝子のコピー数変化も、局所再発病変では原発巣とほぼ同様のパターンを示すが、遠隔転移巣では原発巣と異なるパターンの変化を示す傾向がみられた。局所再発巣のコピー数異常は1～8(中央値 2)で、遠隔転移巣ではコピー数異常は7～21(中央値 13)であり、有意差を認めた(p=0.002)。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

パラフィンブロックから抽出したDNAは、常にシークエンス解析可能ではないことは事前に予想していたが、個々の症例のホルマリン固定条件などの問題などよりも、年数の問題が重要らしいことが分かった。このため、いわゆる晩期再発症例の検討が、現状のシステムでは難しいことが判明し、また事前に予想していたよりも、使用可能な症例数が少なくなってしまったことは残念である。
一方で、13の再発・転移病変(10症例)では良好な解析が施行できた。症例数は少ないながら既に興味深い結果が得られており、概ね順調な進展と考えている。

Strategy for Future Research Activity

既にシークエンス結果が得られている症例群については、ソフトウェアでの解析も施行しているが、一部解釈が困難なものもあるため、バイオインフォマティク的により深い解析を試みる。また、コピー数変化が著しいにも関わらず、付加的変異が見いだされていない症例については、他のパネルを用いた追加検討も予定している。
各々の症例の免疫染色、予後との比較も行う。また、症例数追加も行う予定である。

Causes of Carryover

メーカーのキャンペーンがうまく利用でき、試薬を予想よりやや安く購入可能であったため。
翌年度は最初の想定よりも症例数を増やした検討を施行する予定であり、そのための試薬を購入する。