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2018 Fiscal Year Research-status Report

宿主防御因子APOBEC3GとHIV-1 Vifの相互作用様式の解明

Research Project

Project/Area Number 17K08872
Research InstitutionNational Hospital Organization Nagoya Medical Center

Principal Investigator

大出 裕高  独立行政法人国立病院機構(名古屋医療センター臨床研究センター), その他部局等, 研究員 (20754162)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Keywordsタンパク質複合体構造予測 / ドッキングシミュレーション / APOBEC3G / HIV-1 / Vif / タンパク質-タンパク質相互作用
Outline of Annual Research Achievements

ヒトのAPOBEC3(A3)ファミリータンパク質は、ヒト免疫不全ウイルス1型(HIV-1)などのレトロウイルスの感染を抑制する防御因子である。しかし、HIV-1の遺伝子産物であるVifタンパク質は、このA3タンパク質をプロテアソーム系による分解へと誘導することで、A3タンパク質の抗ウイルス作用を不活化してしまう。この攻防を理解するため、これまでにA3-Vif間相互作用に重要な責任残基の同定が精力的に行われてきた。また、A3のVif結合領域の構造、ならびにVifの構造もX線結晶構造解析により決定された。しかし、それら相互作用を理解する上で重要な複合体の構造情報はいまだ得られていない。この相互作用の解明は、A3-Vif間相互作用を標的とする新しい機序の抗HIV-1薬の開発にも繋がると期待される。
そこで最も抗HIV-1作用の強いA3Gに注目し、前年度において、まずコンピュターシミュレーションの手法を利用し、A3GのVif結合ドメインとVifの結晶構造をもとに、それらの複合体構造を予測した。当該年度において、このA3G-Vif複合体の予測構造を、別途予測した他のA3(A3F, A3H)とVifの複合体構造と比較したところ、相互作用の類似性が示唆された。さらに、A3G-Vif複合体予測構造の精密化を、別のコンピューターシミュレーション手法、分子動力学(MD)シミュレーションにより実施した。A3G-Vif相互作用インターフェースのアミノ酸側鎖の配向を変更した100種類以上の条件を検討した。その結果、1 ns程度のシミュレーションで、既知のA3G-Vif結合の責任残基の相互作用を維持しつつ、複合体構造も安定的しうるアミノ酸側鎖の配向条件を見出した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

当該年度において、A3G-Vif複合体構造の精密化をし、さらにA3G-Vif間相互作用に関わると推定される候補アミノ酸残基を新たに見出すことをめざした。MDシミュレーションでは、分子の熱運動を観察することができ、熱運動によりさらに安定な構造を探索することが可能である。そこで、MDシミュレーションにより分子構造の精密化が可能と期待した。ところが、前年度に予測した複合体構造のMDシミュレーションを行ったところ、複合体構造の崩壊が見られてしまった。つまり、当初の複合体予測構造は十分に安定な構造として予測されていなかったと考えられた。主たる原因として、A3G-Vif相互作用インターフェースの側鎖の向きが不適切であることと考えられた。そのため、人為的にA3G-Vif相互作用インターフェースの一部側鎖の配向を変えつつ、繰り返しMDシミュレーションを実施した。複合体の予測構造情報は、今後予定している実験的検証の根拠となるため、多くの時間と労力を費やし、予測構造の精密化を行った。
総合的評価として、複合体予測構造の実験的検証を計画していたものの、実行できていないため、やや遅れていると考える。

Strategy for Future Research Activity

今後、1 ns程度安定化した条件での複合体予測構造のMDシミュレーションを継続し、複合体予測構造の安定性についての信頼性をさらに高める。また、得られた複合体予測構造から、A3G-Vif間相互作用に関与すると推定される、いまだ報告されていない候補アミノ酸残基を抽出する。抽出したアミノ酸残基の複合体形成への関与について、試験管内(in vitro)での実験により検証を行う。A3G-Vif相互作用に重要と考えられるアミノ酸残基についてA3G変異体あるいはVif変異体の発現ベクターを作製し、HEK293T細胞にco-transfectionすることで、VifによるA3Gの分解を評価する。分解が阻害された場合、変異導入により相互作用が低下したことを意味する。つまり、変異した箇所のアミノ酸残基がA3G-Vif間相互作用に関わることを示唆する。
逆に、A3G-Vif間相互作用を安定化させると推定される変異体を複合体予測構造からデザインし、同様にin vitro実験にて検証する。これにより、X線結晶構造解析による実構造決定に向けた基盤情報を提示する。

  • Research Products

    (20 results)

All 2019 2018 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 3 results) Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Identifying integration sites of the HIV-1 genome with intact and aberrant ends through deep sequencing2019

    • Author(s)
      Ode Hirotaka、Kobayashi Ayumi、Matsuda Masakazu、Hachiya Atsuko、Imahashi Mayumi、Yokomaku Yoshiyuki、Iwatani Yasumasa
    • Journal Title

      Journal of Virological Methods

      Volume: 267 Pages: 59~65

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/j.jviromet.2019.03.004

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Discovery of 4-oxoquinolines, a new chemical class of anti-HIV-1 compounds2019

    • Author(s)
      Shiroishi-Wakatsuki Tomomi、Maejima-Kitagawa Masami、Hamano Akiko、Murata Daigo、Sukegawa Sayaka、Matsuoka Kazuhiro、Ode Hirotaka、Hachiya Atsuko、Imahashi Mayumi、Yokomaku Yoshiyuki、Nomura Nobuhiko、Sugiura Wataru、Iwatani Yasumasa
    • Journal Title

      Antiviral Research

      Volume: 162 Pages: 101~109

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2018.12.012

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural basis of chimpanzee APOBEC3H dimerization stabilized by double-stranded RNA2018

    • Author(s)
      Matsuoka Tatsuya、Nagae Takayuki、Ode Hirotaka、Awazu Hiroaki、Kurosawa Teppei、Hamano Akiko、Matsuoka Kazuhiro、Hachiya Atsuko、Imahashi Mayumi、Yokomaku Yoshiyuki、Watanabe Nobuhisa、Iwatani Yasumasa
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 46 Pages: 10368~10379

    • DOI

      https://doi.org/10.1093/nar/gky676

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Compound heterozygous TYK2 mutations underlie primary immunodeficiency with T-cell lymphopenia2018

    • Author(s)
      Nemoto Michiko、Hattori Hiroyoshi、Maeda Naoko、Akita Nobuhiro、Muramatsu Hideki、Moritani Suzuko、Kawasaki Tomonori、Maejima Masami、Ode Hirotaka、Hachiya Atsuko、Sugiura Wataru、Yokomaku Yoshiyuki、Horibe Keizo、Iwatani Yasumasa
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 8 Pages: 6956

    • DOI

      https://doi.org/10.1038/s41598-018-25260-8

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 宿主抗ウイルス因子APOBEC3Hタンパク質の結晶構造解析2018

    • Author(s)
      松岡達矢、永江峰幸、大出裕高、濱野章子、松岡和弘、蜂谷敦子、今橋真弓、渡邉信久、岩谷靖雅
    • Organizer
      日本生化学会中部支部第82回例会・シンポジウム
  • [Presentation] Structural insights of chimpanzee APOBEC3H-RNA duplex complex into Vif interaction2018

    • Author(s)
      Matsuoka T.、Nagae T.、Ode H.、Hamano A.、Matsuoka K.、Imahashi M.、Hachiya A.、Yokomaku Y.、Watanabe N.、Iwatani Y.
    • Organizer
      The 2018 Cold Spring Harbor Laboratory meeting on retroviruses
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] A novel detection approach of HIV-1 integration sites based on split read mapping2018

    • Author(s)
      Ode H.、Matsuda M.、Imahashi M.、Hachiya A.、Yokomaku Y.、Iwatani Y.
    • Organizer
      The 2018 Cold Spring Harbor Laboratory meeting on retroviruses
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Multiple pathways to avoid IFN-β sensitivity of HIV-1 by mutants in capsid2018

    • Author(s)
      Saito A.、Mamede J.I.、Sultana T.、Ode H.、Nohata K.、Nakayama E.E.、Iwatani Y.、Hope T.J.、Shioda T.
    • Organizer
      The 2018 Cold Spring Harbor Laboratory meeting on retroviruses
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Cooperative cellular and humoral immunity may contribute to the efficient control of HIV-1 replication in macaques2018

    • Author(s)
      Seki Y.、Saito A.、Harada S.、Washizaki A.、Murata M.、Hikichi Y.、Yoshimura K.、Ishii H.、Satou Y.、Saiful I.M.、Ode H.、Iwatani Y.、Yoshida T.、Yasutomi Y.、Matano T.、Miura T.、Akari H.
    • Organizer
      The 36th Annual Symposium on Nonhuman Primate Models for AIDS
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Biochemical characteristics of the HIV-1 Vif PPLP motif region2018

    • Author(s)
      Matsuoka K.、Ode H.、Hamano A.、Matsuoka T.、Sukegawa S.、Hachiya A.、Imahashi M.、Yokomaku Y.、Iwatani Y.
    • Organizer
      第66回日本ウイルス学会学術集会
  • [Presentation] The primate APOBEC3H crystal structure and insight into its interaction with HIV-1/SIVcpz Vif2018

    • Author(s)
      Matsuoka T.、Nagae T.、Ode H.、Hamano A.、Matsuoka K.、Imahashi M.、Hachiya A.、Yokomaku Y.、Watanabe N.、Iwatani Y.
    • Organizer
      第66回日本ウイルス学会学術集会
  • [Presentation] Distinct role of the 182th amino acid residue between HIV-1 and HIV-2 capsids in CPSF6 binding2018

    • Author(s)
      Nohata K.、Saito A.、Ode H.、Ohmori H.、Nakayama E.E.、Iwatani Y.、Shioda T.
    • Organizer
      第66回日本ウイルス学会学術集会
  • [Presentation] Computational simulations to understand APOBEC3H interaction with double-stranded RNA2018

    • Author(s)
      Ode H.、Matsuoka T.、Nagae T.、Hamano A.、Matsuoka K.、Hachiya A.、Imahashi M.、Yokomaku Y.、Watanabe N.、Iwatani Y.
    • Organizer
      第66回日本ウイルス学会学術集会
  • [Presentation] Next-generation sequencerを用いた複数の遺伝子型ウイルスが関与したNorovirus集団感染事例の解析2018

    • Author(s)
      三好龍也、内野清子、元岡大祐、中村昇太、大出裕高、岩谷靖雅、本村和嗣
    • Organizer
      第66回日本ウイルス学会学術集会
  • [Presentation] 抗HIV-1療法による口腔細菌叢への影響に関する研究2018

    • Author(s)
      大出裕高、今橋真弓、松田昌和、濱野章子、羽柴知恵子、重見麗、岡﨑玲子、蜂谷敦子、今村淳治、中畑征史、小暮あゆみ、横幕能行、岩谷靖雅
    • Organizer
      第32回日本エイズ学会学術集会・総会
  • [Presentation] HIV-1感染におけるHIV-1 Vif PPLPモチーフ領域の役割2018

    • Author(s)
      松岡和弘、濱野章子、大出裕高、松岡達矢、助川明香、蜂谷敦子、今橋真弓、横幕能行、岩谷靖雅
    • Organizer
      第32回日本エイズ学会学術集会・総会
  • [Presentation] 抗HIV因子APOBEC3Hタンパク質の構造解析2018

    • Author(s)
      松岡達矢、永江峰幸、大出裕高、濱野章子、松岡和弘、蜂谷敦子、今橋真弓、横幕能行、渡邉信久、岩谷靖雅
    • Organizer
      第32回日本エイズ学会学術集会・総会
  • [Presentation] ドルテグラビルに対するHIV-1耐性獲得の分子機構の解明2018

    • Author(s)
      蜂谷敦子、Kirby KA、大出裕高、Puray-Chavez M、近田貴敬、村越勇人、久保田舞、重見麗、岡崎玲子、松田昌和、今橋真弓、杉浦亙、Brumme ZL、滝口雅文、横幕能行、岩谷靖雅、Sarafianos SG、IHAC cohort members
    • Organizer
      第32回日本エイズ学会学術集会・総会
  • [Presentation] 東海ブロックで流行するHIV-1のインテグラーゼ阻害剤に対する影響とアミノ酸変異の経年的検討2018

    • Author(s)
      重見麗、岡﨑玲子、大出裕高、松田昌和、鶴見寿、矢野邦夫、奥村暢将、谷口晴記、池谷健、伊藤公人、松下正、中畑征史、小暮あゆみ、今村淳治、今橋真弓、岩谷靖雅、杉浦亙、吉村和久、蜂谷敦子、横幕能行
    • Organizer
      第32回日本エイズ学会学術集会・総会
  • [Remarks] 独立行政法人国立病院機構 名古屋医療センター 臨床研究センター 感染・免疫研究部

    • URL

      https://www.cares-nagoya.jp/cares/crc.php

URL: 

Published: 2019-12-27  

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