2017 Fiscal Year Research-status Report
HIV-1 transcriptome analysis
| Project/Area Number |
17K09016
|
|---|
| Research Institution | Kumamoto University |
|---|
Principal Investigator |
佐藤 賢文 熊本大学, エイズ学研究センター, 教授 (70402807)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
|
| Keywords | HIV-1感染症 / 慢性ウイルス感染症 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
以下の様に、本研究課題の、高精細HIV-1トランスクリプトームと慢性持続感染病態との関連性解析研究を遂行した。
まず最初に、HIV-1感染細胞株を用いたウイルストランスクリプトーム解析法の確立を行った。
HIV-1潜伏モデル細胞株：ACH2、J1.1からRNAを抽出して、RNA-seq libraryを市販のmRNA-seq及びrRNA-depleted-RNA-seq（ノンコーディングRNAも検出）試薬キットと自作の分子バーコードプライマーを組み合わせて作成した。
次に、我々がこれまでに開発したウイルス配列濃縮法を活用して、HIV-1の全長に対して設計したDNA-probeを用いた方法にてウイルス配列のenrichmentを行った。作成したライブラリーをイルミナMiSeq、Next-Seqを用いて解析した。
ウイルスの濃縮前と濃縮後の検体を比較解析した結果、プローブ濃縮法によりウイルス配列が数千から数万倍濃縮されたことが分かり、我々がこれまでに開発したウイルス配列濃縮法がトランスクリプトーム解析でも有用である事が示された。
現在臨床検体の集積を進めており（これまでに熊本大学エイズ学研究センター松下教授と国立国際医療センター潟永医師と連携し、約２０例の症例検体が集積完了している。）、次年度以降HIV-1感染者サンプルを用いて、高精細HIV-1トランスクリプトーム解析を行う予定にしている。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
予定された細胞株での予備的検討が完了しており、我々がこれまでに開発したウイルス配列濃縮法がHIV-1トランスクリプトーム解析に活用可能である事を確認した。
現在２０を超える感染者症例の集積が進んでいて、初年度の目標数を達成している。
|
| Strategy for Future Research Activity |
今後はHIV-1感染症例の集積を継続して行うと共に、臨床サンプルを用いたウイルストランスクリプトーム解析を進めて行く。
以下の４つの群について、まずは１０例ずつ解析する事を目標とする。①治療前感染者②治療下経過良好群③治療下ウイルスコントロール不良群④治療下慢性感染病態を示す感染者群
得られたデータについて以下のポイントで、異なる臨床像を示す感染者群を比較検討する。①発現しているウイルス領域を特定し、グループ間での差異について検討する。②センス向き、アンチセンス向きの転写量を比較する。③HIV-1にコードされるウイルス遺伝子ごとの発現レベルを、それぞれの遺伝子に特異的なスプライシング部位をカウントする事で定量的に解析する。グループ間でのウイルス遺伝子発現の差異について検討する。
|
Research Products
(12 results)
