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2017 Fiscal Year Research-status Report

HIV-1 transcriptome analysis

Research Project

Project/Area Number 17K09016
Research InstitutionKumamoto University

Principal Investigator

佐藤 賢文  熊本大学, エイズ学研究センター, 教授 (70402807)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
KeywordsHIV-1感染症 / 慢性ウイルス感染症
Outline of Annual Research Achievements

以下の様に、本研究課題の、高精細HIV-1トランスクリプトームと慢性持続感染病態との関連性解析研究を遂行した。
まず最初に、HIV-1感染細胞株を用いたウイルストランスクリプトーム解析法の確立を行った。
HIV-1潜伏モデル細胞株:ACH2、J1.1からRNAを抽出して、RNA-seq libraryを市販のmRNA-seq及びrRNA-depleted-RNA-seq(ノンコーディングRNAも検出)試薬キットと自作の分子バーコードプライマーを組み合わせて作成した。
次に、我々がこれまでに開発したウイルス配列濃縮法を活用して、HIV-1の全長に対して設計したDNA-probeを用いた方法にてウイルス配列のenrichmentを行った。作成したライブラリーをイルミナMiSeq、Next-Seqを用いて解析した。
ウイルスの濃縮前と濃縮後の検体を比較解析した結果、プローブ濃縮法によりウイルス配列が数千から数万倍濃縮されたことが分かり、我々がこれまでに開発したウイルス配列濃縮法がトランスクリプトーム解析でも有用である事が示された。
現在臨床検体の集積を進めており(これまでに熊本大学エイズ学研究センター松下教授と国立国際医療センター潟永医師と連携し、約20例の症例検体が集積完了している。)、次年度以降HIV-1感染者サンプルを用いて、高精細HIV-1トランスクリプトーム解析を行う予定にしている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

予定された細胞株での予備的検討が完了しており、我々がこれまでに開発したウイルス配列濃縮法がHIV-1トランスクリプトーム解析に活用可能である事を確認した。
現在20を超える感染者症例の集積が進んでいて、初年度の目標数を達成している。

Strategy for Future Research Activity

今後はHIV-1感染症例の集積を継続して行うと共に、臨床サンプルを用いたウイルストランスクリプトーム解析を進めて行く。
以下の4つの群について、まずは10例ずつ解析する事を目標とする。①治療前感染者②治療下経過良好群③治療下ウイルスコントロール不良群④治療下慢性感染病態を示す感染者群
得られたデータについて以下のポイントで、異なる臨床像を示す感染者群を比較検討する。①発現しているウイルス領域を特定し、グループ間での差異について検討する。②センス向き、アンチセンス向きの転写量を比較する。③HIV-1にコードされるウイルス遺伝子ごとの発現レベルを、それぞれの遺伝子に特異的なスプライシング部位をカウントする事で定量的に解析する。グループ間でのウイルス遺伝子発現の差異について検討する。

  • Research Products

    (12 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (9 results)

  • [Int'l Joint Research] インペリアルカレッジロンドン(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      インペリアルカレッジロンドン
  • [Journal Article] Total HIV-1 DNA dynamics and influencing factors in long-term ART-treated Japanese adults: a retrospective longitudinal analysis.2018

    • Author(s)
      Stanoeva KR, König A, Fukuda A, Kawanami Y, Kuwata T, Satou Y, Matsushita S.
    • Journal Title

      J Acquir Immune Defic Syndr

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1097/QAI.0000000000001662. [Epub ahead of print]

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Dynamics and mechanisms of clonal expansion of HIV-1-infected cells in a humanized mouse model2017

    • Author(s)
      Satou Yorifumi、Katsuya Hiroo、Fukuda Asami、Misawa Naoko、Ito Jumpei、Uchiyama Yoshikazu、Miyazato Paola、Islam Saiful、Fassati Ariberto、Melamed Anat、Bangham Charles R. M.、Koyanagi Yoshio、Sato Kei
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 7(1) Pages: 6913

    • DOI

      10.1038/s41598-017-07307-4

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Evaluation of HIV-1 Proviral DNA by Newly Established Approaches2018

    • Author(s)
      Islam Mohammad Saiful, Paola Miyazato, Kouki Matsuda, Benjy Tan Jek Yan, Saori Iwase, Yohei Seki, Kazuhisa Yoshimura, Hirofumi Akari, Kenji Maeda, Yorifumi Satou
    • Organizer
      JSPS_NUS Symposium
  • [Presentation] 次世代シークエンスによるヒト化マウスHIV-1感染モデルにおけるウイルス感染細胞クローン動態解析2017

    • Author(s)
      佐藤賢文、勝屋弘雄、福田麻美、三沢尚子、伊東潤平、内山良一、宮里パオラ、Mohammad S Islam、Ariberto Fassati、Charles RM Bangham、小柳義夫、佐藤圭
    • Organizer
      第27回抗ウイルス療法学会学術集会
  • [Presentation] Improving the Resolution of HIV-1 Transcriptome Analysis Through Targeted Enrichment2017

    • Author(s)
      Benjy Tan Jek Yang, Miyazato Paola, Islam Mohammad Saiful, Iwase Saori, Kudo Eriko, Okada Seiji, Satou Yorifumi
    • Organizer
      第20回日本レトロウイルス研究会 夏期セミナー
  • [Presentation] Absolute Quantitation of Integrated HIV-1 DNA In Vivo by using Droplet Digital PC2017

    • Author(s)
      Islam Mohammad Saiful, Yohei Seki, Paola Miyazato, Benjy Tan Jek Yang, Hirofumi Akari and Yorifumi Satou
    • Organizer
      第65回日本ウイルス学会学術集会
  • [Presentation] Improving the Resolution of HIV-1 Provirus RNA Sequencing through Targeted Enrichment2017

    • Author(s)
      Benjy Tan Jek Yang, Miyazato Paola, Islam Mohammad Saiful, Iwase Saori, Kudo Eriko, Okada Seiji, Satou Yorifumi
    • Organizer
      第65回日本ウイルス学会学術集会
  • [Presentation] Quantitative and Qualitative Evaluation of HIV-1 Proviral DNA by Droplet Digital PCR and High-throughput Sequencing2017

    • Author(s)
      Saiful Islam, Paola Miyazato, Yohei Seki, Benjy Tan Jek Yan, Saori Iwase, Hirofumi Akri, Yorifumi Satou
    • Organizer
      第18回熊本エイズ学セミナー
  • [Presentation] High Resolution HIV-1 Provirus Transcriptome Analysis with DNA Probe Enrichment2017

    • Author(s)
      Benjy Tan Jek Yang, Miyazato Paola, Islam Mohammad Saiful, Iwase Saori, Kudo Eriko, Okada Seiji, Satou Yorifumi
    • Organizer
      第18回熊本エイズ学セミナー
  • [Presentation] Quantitative and qualitative evaluation of HIV-1 proviral DNA by digital droplet PCR and high-throughput sequencing2017

    • Author(s)
      Islam Mohammad Saiful, Paola Miyazato, Yohei Seki, Benjy Tan Jek Yang, Saori Iwase, Hirofumi Akari, Yorifumi Satou
    • Organizer
      第31回日本エイズ学会学術集会・総会
  • [Presentation] High Resolution HIV-1 Provirus Transcriptome Analysis with DNA Probe Enrichment2017

    • Author(s)
      Benjy Tan Jek Yang, Miyazato Paola, Islam Mohammad Saiful, Iwase Saori, Kudo Eriko, Okada Seiji, Satou Yorifumi
    • Organizer
      第31回日本エイズ学会学術集会・総会

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Published: 2018-12-17   Modified: 2022-02-22  

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