2017 Fiscal Year Research-status Report
Development visualization analysis system of multistate outbreak of enteric disease
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17K09149
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| Research Institution | National Institute of Infectious Diseases |
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Principal Investigator |
八幡 裕一郎 国立感染症研究所, 感染症疫学センター, 主任研究官 (70346956)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 感染症広域散発アウトブレイク / 公衆衛生対策 / 情報の可視化 / サーベイランス / 疫学調査 / 感染症発生動向調査 / 患者情報 / 病原体情報 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
広域散発アウトブレイクは国際的にも国内においても探知が困難な場合が多い。本研究は感染症発生動向調査の届出報告で得られた患者情報と病原体情報（分子サブタイピング情報）をもとにわかりやすく可視化し、迅速なアウトブレイクの探知をリアルタイムに行い迅速な公衆衛生対策実施が目的である。
初年度は協力自治体から提供された腸管出血性大腸菌感染症の届出報告の情報と病原体情報を元に、血清群別毒素型別の情報を元に流行曲線の作成、地理的分布の図の作成のために「感染症情報の可視化・解析ツールの開発」を行うこととした。「感染症情報の可視化・解析ツールの開発」にあたり、データベースのフォーマットを構築した。可視化・解析ツールの開発はサーバーの利用について検討し、仮想サーバの利用が最も可能性が高く、次いで内部のサーバ利用で、外部サーバの利用は可能性が非常に低かった。仮想サーバを優先してツールを構築中である。必要に応じて内部サーバを構築する予定である。
初年度の進捗状況は報告地域の描画をGoogle Maps Apiをもとに報告地域の描画のプログラムを作成中である。また、D3.jsを利用したグラフの描画についても同様にプログラムの作成中である。今後、自治体で利用する際の制限の有無について次年度情報収集するとともに優先度の高い方式を検討し、ツールの構築をする予定である。
また、初年度に関東地方を中心に発生したことから、O157VT2の曝露源調査の付加情報の調査票プロトタイプを作成し、曝露源情報のデータ収集方法の検討を前倒しで行った。これらの情報を元にデータベースのフォーマットを更新した。調査票のプロトタイプを作成した。調査票はデータの収集に関するRecall bias、Selection biasなどが発生し、調査票の改良が必要であった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
初年度は「感染症情報の可視化・解析ツールの開発」を目的に研究を遂行した。「感染症情報の可視化・解析ツールの開発」にあたり、サーバの利用方法が自治体によってポリシーが異なり、自治体からの情報収集及び優先どの検討に時間を要した。そのため、可視化・解析ツールの開発は内部のサーバ利用、仮想サーバの利用及び外部サーバの利用についての検討を並行して行ったことがやや遅れた原因と考えられる。現在、仮想サーバを最優先とし、内部サーバを次の優先度の高い方式として考え、最優先の仮想サーバでの構築を進めている。必要に応じて内部サーバの構築を実施する予定である。
また、やや遅れの原因として、2年目の検討を発生状況をもとに一部実施したこともやや遅れた状況の一因となっていると考えられた。
一方で、初年度に2年目実施予定の曝露源の情報収集のための付加情報は調査票のプロトタイプ作成を前倒しで実施した。いくつかの問題点を事前に把握できたことは当初予定していた平成30年度の実施では十分な検討が行えなかった可能性が考えられた。従って、前倒しで実施したことは2年目の研究遂行に反映される部分が利点になったと考えられた。
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| Strategy for Future Research Activity |
2年目の研究計画は「異常検知アルゴリズムの構築と実装」及び「付加的情報の蓄積機能の実装」を実施する予定である。初年度に実施した「可視化・解析ツール」の開発の継続を行う。その際に自治体で利用可能な方法でのツール開発を仮想サーバでの構築を最優先に実施する予定である。
付加的情報の調査票はプロトタイプを初年度で作成したことから、調査票見直しを行い、biasの発生をできるだけ軽減できる調査方法の確立を行う予定である。また、異常検知のアルゴリズムについては移動平均を利用する場合と何らかの閾値を設定する場合について文献的な検討と実際のデータを利用した検討を行い、利用可能なツールであるのかについての検討を行う予定である。
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| Causes of Carryover |
プログラムのバグのチェックやメンテナンスについての確認を実施していないことが一因として考えられた。次年度はこれらを実施する予定である。
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Research Products
(2 results)
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[Presentation] A multi-prefectural outbreak of E. coli O157 associated with sugarcane juice in Okinawa Prefecture, Japan, 20162017
Author(s)
Ando F,Akamine R,Hosoda C,Yamashita M,Ikema M,Kishimoto A,Nakasone T,Miyamoto Y,Ohno S, Sakiyama H,Hirayasu A,Ohshiro T,Yonahara Y,Takara T,Nakama E,Kyan H,Kakita T,Kuba Y,KatoT,Kudaka J,Uezato H,Nidaira M,Yamauchi M,Yamakawa M,Matsui T,Oishi K,Izumiya H,Ohnishi M,Yahata Y,Sunagawa T,Azuma T,Itokazu T
Organizer
Integrated Foodborne Outbreak Response Management Conference
Int'l Joint Research
