次世代シーケンサーによる家族性肺高血圧症の遺伝子解析：特発性肺高血圧症の機序解明

2017 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 17K09513
• Research Institution: Kagoshima University
• Principal Investigator: 田中 佳代子 鹿児島大学, 医歯学域附属病院, 助教 (50709863)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 大石 充 鹿児島大学, 医歯学域医学系, 教授 (50335345) ; 池田 義之 鹿児島大学, 医歯学域医学系, 講師 (00573023) ; 吉満 誠 鹿児島大学, 医歯学域医学系, 准教授 (70404530) ; 朝野 仁裕 大阪大学, 医学系研究科, 講師 (60527670)
• Project Period (FY): 2017-04-01 – 2020-03-31
• Keywords: 遺伝子

Outline of Annual Research Achievements

遺伝子解析研究に同意を得られた9名の検体を鹿児島大学医学部血液内科教室と大阪大学医学部医化学講座の異なる2つの次世代シーケンサーを用いて解析をすすめている。
鹿児島大学医学部血液内科教室では、PureLink® Genomic DNA Mini Kitを用いて末梢血単核球からゲノムDNAを抽出し、Ion Ampliseq Library Kit Plusを用いて、エクソーム解析用のDNAライブラリーを作成する。さらにIon Chefシステムを用いてテンプレート増幅とチップローディングを行い、Ion protonを用いてエクソンシークエンスを行う。Variant callerを通して得られたデータは次世代シーケンサー Web 解析システム Cloud Exome SNV screening system（メイズ）を用いて解析する。
一方大阪大学医学部医化学講座ではゲノムDNAを数百bpに物理的に断片化を行い、二本鎖DNAの両末端に異なるタグ配列を有するアダプターを付加したDNAライブラリーを作製する。ターゲット領域の濃縮は、SureSelect Human All Exon V6（アジレント・テクノロジー社）およびリキッドハンドリングシステムBRAVO（アジレント・テクノロジー社）等を用いて行う。タグ付き濃縮DNAライブラリーを混合し、１つのシーケンスライブラリーとする。作製したシーケンスライブラリーについて、次世代シーケンサーHiSeq（イルミナ社）を用いて両末端シーケンスを行う。
解析は家系図とその高い浸透率から常染色体優性遺伝形式をもっとも疑うため、遺伝子異常保因者はヘテロ接合体であることを想定し、発端者以外で発病している生存者が不在なため、他の8名については保因者・非保因者をそれぞれ想定して遺伝子絞り込みを行っている。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

発端者以外で発病している生存者が不在なため、他の8名については保因者・非保因者をそれぞれ想定して遺伝子絞り込みを行っているが、その作業の進展が送れている。

Strategy for Future Research Activity

今後絞込みが上手くいかない場合は家系内で更に解析対象を広げ解析を行う予定である。また全ゲノムシーケンスによる解析も検討する。

Causes of Carryover

発症後死亡者の病理組織検体の入手手続きに時間を要し、遺伝子絞り込みの作業が遅れているため予定より物品の使用が少なくなっている。
現在は組織検体を入手し、絞り込み作業を継続中であり今後使用が予定される。