2020 Fiscal Year Research-status Report
デジタルPCR法による好酸球増多症候群の診断のマルチバイオマーカーの開発
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17K09905
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| Research Institution | Kobe University |
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Principal Investigator |
定 明子 神戸大学, 医学研究科, 医学研究員 (90467655)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | 好酸球増加症 / バイオマーカー / チロシンキナーゼ阻害剤 / PCRアレイ法 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
好酸球増多症候群は好酸球増加症の原因となりうる骨髄性腫瘍、固形癌、アレルギー性・免疫疾患などの様々な疾患のうちどれに該当するかが現在の検査方法で診断できず治療方法の選択が難しい様々な希少疾患を包括する症候群である。好酸球増加症は悪性疾患と良性疾患か、サイトカイン依存性か非依存性か、分子標的治療薬の標的遺伝子を持つかか否かなどいずれか複数の側面を持ち、その病態の違いを把握することが適切な診断法・治療法選択の確立に繋がる。本研究の目的は診断が困難な好酸球増多症を早期に診断するためのシステムを開発することであり、研究開始当初PCR アレイ法と次世代デジタルPCR 法を組み合わせた次の２段階のステップよりなる戦略を考えた。
ステップ1.PCRアレイ法による診断マルチバイオマーカー候補遺伝子のスクリーニングを行う。
ステップ2.上記によって得られた候補遺伝子をデジタルPCR 法により検証する。
すなわち、本研究ではステップ1の結果を踏襲して、遺伝子発現量の絶対定量をデジタルPCR法で確認する過程を経て好酸球増多症を早期に診断するためのシステムを開発することを目的とした。しかし、最初のステップ1のPCRアレイ法でり得られたさまざまな原因の好酸球増多症の末梢血から抽出した多数の遺伝子発現データの解析が深まるにつれ、研究開始当初予想したよりもはるかに多くの有意義な情報を含むことがわかった。そこでステップ１のPCRアレイの遺伝子発現解析データを基にした疾患関連因子プロファイリングを複数の多変量解析で表示し、その結果の解釈を一般臨床医が本疾患を容易に理解できるように、今まで好酸球増多症の鑑別疾患と過去に相談を受けた症例を基にした本疾患の臨床データ解析を併用して行った。これにより、様々な好酸球の病態の違いを遺伝子発現量データと臨床像の違いに関連付けてより確実に把握することが可能になると考えている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
4: Progress in research has been delayed.
Reason
本研究で以下の問題が明らかになり研究の遅れにつながった。
① 好酸球増加症に含まれる悪性疾患と良性疾患との間で安定した内部標準遺伝子がなくデータ解析に時間を要した。
伝統的に用いられてきた内部標準遺伝子はいずれも悪性疾患では強く発現するため、発現量が微量な目的遺伝子を内部標準遺伝子で補正する際に結果を歪めてしまうため、試行錯誤により異なる解析方法を用い臨床データとの解釈の齟齬に検討が必要であった。
② 本疾患は多数の原因を含む複数の希少疾患からなる症候群であり、個々の希少疾患がほとんど認知されていないために本研究で示したデータ解析結果を一般的な臨床医が容易に解釈することの妨げになっている。
そこで、本研究では従来の研究では一般的とされる内部標準遺伝子の補正を行わずに遺伝子発現解析データを基にした疾患関連因子プロファイリングを試みた。また、一般医が本疾患を理解できるように、今まで好酸球増多症の鑑別疾患と過去に相談を受けた症例を基にした本疾患の実態を追加で解析することを付け加えた。
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| Strategy for Future Research Activity |
PCRアレイ法により得られた様々な好酸球増多症の遺伝子発現量データと臨床データ解析を関連付け、疾患関連バイオマーカー及び分子標的バイオマーカー遺伝子の探索結果を優先して論文発表する。その後デジタルPCR法により病態の違いに基づく発現量の違いを検証する。
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| Causes of Carryover |
本年度は主にデータ解析に時間をかけ、共同研究者との会議はオンラインでなされたため旅費が発生しなかった。また、同様に新型コロナウイルス感染による社会的理由で研究施設の使用が制限され実験の見込みがたたなくなったため、実験に必要な消耗品や機材の購入も行わなかった。
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