2019 Fiscal Year Annual Research Report
Comprehensive detection of viruses in pediatric patients with severe infectious diseases using next-generation sequencing
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17K10107
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
川田 潤一 名古屋大学, 医学部附属病院, 講師 (20532831)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
伊藤 嘉規 名古屋大学, 医学系研究科, 准教授 (20373491)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 次世代シーケンス / ウイルス感染症 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
前年度に引き続き、現不明の小児重症患者から得られた検体を用いて、病原微生物の網羅的な検出を行った。2019年は重症肺炎患者より採取された気管支肺胞洗浄液（BALF）の検体を中心に解析した。前年度までは、RNAライブラリーは、ScriptSeq (illumina)を用いて作成していたが、キット由来のレトロウイルスが混入しすることが問題点として挙げられていた。そのため、RNAライブリーをREPLI-g WTA Single Cell kit(Qiagne)でRNAからcDNA合成し、その後にNextera XT (illumina)でライブラリー作成する過程に変更した。
小児の重症肺炎患者１０例から採取されたBALFを解析した。BALFからDNAおよびRNAライブラリーを作成し、1検体あたり約2000万リードの判読を行った。得られた結果をメタゲノム情報解析パイプライン（MePIC）により解析し、微生物由来のリードの存在が示唆された検体に関してはCLC workbench (CLC bio)を用いて、各ウイルスや細菌配列へのマッピングや配列相同性を確認した。10症例中、7症例から以下のウイルス由来の配列が多量に検出され、疾患との関連が示唆された（RSウイルスA ２例、エンテロウイルスD68 ２例、RSウイルスB 1例、ライノウイルスB １例、ヒトメタニューモウイルス１例）。エンテロウイルスD68については、系統樹解析を行い、近年本邦や海外で流行したsubclade B3に属していることが確認された。一方で、３例からはS. maltophilia, H.influenzae, M.catarrhaliisが検出され培養検査と一致していた。
以上の結果よりNGSによる解析はウイルスおよび細菌を網羅的に検出することが可能であり、呼吸器感染症の病原体診断に有用な手法であることが示唆された。
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Research Products
(18 results)
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[Journal Article] Association between graft source and response to live-attenuated vaccination in pediatric hematopoietic stem cell transplantation recipients: a single-center retrospective study2020
Author(s)
Suzuki, T. Kawada, J. Nishikawa, E. Torii, Y. Horiba, K. Takeuchi, S. Okumura, T. Muramatsu, H. Takahashi, Y. Ito, Y.
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Journal Title
Bone Marrow Transplant
Volume: -
Pages: -
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Design of a prospective multicenter randomized controlled trial evaluating the effects of gastric lavage on coffee-ground emesis in neonates: study protocol2019
Author(s)
Maeda, T. Sato, Y. Hirakawa, A. Nakatochi, M. Kinoshita, F. Suzuki, T. Ichimura, S. Ito, R. Kudo, R. Suzuki, M. Hoshino, S. Sugiyama, Y. Muramatsu, H. Kidokoro, H. Kawada, J. Takahashi, Y.
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Journal Title
Nagoya J Med Sci
Volume: 81
Pages: 227-232
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Metagenomic analysis using next-generation sequencing of pathogens in bronchoalveolar lavage fluid from pediatric patients with respiratory failure2019
Author(s)
Takeuchi, S. Kawada, J. Horiba, K. Okuno, Y. Okumura, T. Suzuki, T. Torii, Y. Kawabe, S. Wada, S. Ikeyama, T. Ito, Y.
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Journal Title
Sci Rep
Volume: 9
Pages: 12909
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Serological screening of immunoglobulin M and immunoglobulin G during pregnancy for predicting congenital cytomegalovirus infection2019
Author(s)
Torii, Y. Yoshida, S. Yanase, Y. Mitsui, T. Horiba, K. Okumura, T. Takeuchi, S. Suzuki, T. Kawada, J. Kotani, T. Yamashita, M. Ito, Y.
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Journal Title
BMC Pregnancy Childbirth
Volume: 19
Pages: 205
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Presentation] The Utility of Next-Generation Sequencing for Detection of Candidate Pathogens in Bronchoalveolar Lavage Fluid from Pediatric Patients with Respiratory Failure2019
Author(s)
Suguru Takeuchi, Jun-ichi Kawada, Kazuhiro Horiba, Yusuke Okuno, Toshihiko Okumura, Takako Suzuki, Yuka Torii, Shinji Kawabe, Sho Wada, Takanari Ikeyama, and Yoshinori Ito
Organizer
IDSA 2019
Int'l Joint Research
