2019 Fiscal Year Annual Research Report
To Establish a treatment method for the Nagashima-type palmoplantar keratosis based on the fine analysis of genome variation and skin microbiota
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17K10252
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| Research Institution | Keio University |
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Principal Investigator |
塩濱 愛子 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 特任助教 (40383731)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
佐々木 貴史 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (70306843)
久保 亮治 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 准教授 (70335256)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 皮膚遺伝学 / 遺伝性角化症 / 菌叢解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
SERPINB7遺伝子コーディング領域に変異が1アレルしか同定されない長島型掌蹠角化症（NPPK）変異未同定患者に対しSERPINファミリー遺伝子のエキソン領域を対象としたターゲットリシーケンシングの結果、SERPINB7に変異が1アレルしか同定されない事、他のSERPINファミリーには共通する変異が存在しないことが明らかになった。
そこで本年度はゲノム全体をさらに網羅的に解析するために、NPPK変異未同定患者およびその血縁者１２人に対し全ゲノム解読(WGS)を行なった。WGSにより一人あたり約90Gbのゲノム配列を解読し、得られたfastq形式のゲノム配列はbwaプログラムを用いてヒトゲノム(hs37d5)へマッピングを行なった。得られたデータはGATKパイプラインを用いてバリアントコールを行い、各患者のバリアント情報を得た。この情報を精査し、SERPINB7遺伝子コーディング領域に変異が1アレルしか同定されないことを確認した後、NPPK患者で共通して同定されるアミノ酸変異を伴う変異は存在しなかったが、SERPINB7が含まれるSERPINクラスター領域にバリアントが集積するゲノム領域の存在が明らかになった。この領域はクラスター遺伝子領域であり、標準ゲノム配列とはSERPINクラスター構成が異なりうるため、現在対象領域を用いてde novoのアセンブリが可能か検討を行なっている。
またNPPK患者での細菌叢解析では、16S rRNA領域を対象としたqPCR法による細菌量の定量解析法を確立し、実際のNPPK患者60名の足部指間から採取した細菌叢解析を行った。臭気が強いNPPK患者では細菌量も多く、16S rRNA細菌叢解析では、NPPK患者の趾間ではCorynebacterium属の菌叢が突出しており、この菌は腋臭症でも増殖が知られていることから、悪臭の原因と考えられた。
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[Presentation] Postnatal somatic recombinations and C>T transition mutations are two major triggers of disseminated superficial actinic porokeratosis in MVD or MVK mutant heterozygotes.2019
Author(s)
Kubo A, Sasaki T, Suzuki H, Shiohama A, Aoki S, Kawai T, Nakabayashi K, Hata K, Kosaki K, Amagai M.
Organizer
49th Annual ESDR Meeting, Bordeaux, FRANCE
Int'l Joint Research
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