2017 Fiscal Year Research-status Report
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17K10630
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
坂井 義治 京都大学, 医学研究科, 教授 (60273455)
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2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 次世代シーケンサー / 大腸癌 / 遺伝子変異 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
大腸癌のdriver gene mutationに関する既報を網羅的に調べた結果、APC、TP53、KRASを含めて128個の遺伝子を大腸癌の発癌、生存、増殖に有利な形質を与えうる遺伝子として同定した。また、この遺伝子リストを元に、主にexon領域の塩基配列に相補的、特異的な配列を持つoligonucleotide配列（bait＝餌）の設計を行った。
上記作業と並行して共同研究施設で集めた550個の凍結保存検体からDNAとRNAを抽出した。保存検体の条件により5個のsampleからはDNAとRNAの抽出が不可能であったが、合計545個のsampleからは分解の少ないDNAとRNAの抽出が可能であった。
DNAをrandomに断片化したのち、作成したbaitを用いて解析対象として遺伝子領域のみを抽出し、次世代シーケンサーを用いた大量並列シーケンスを行った。NCBI Human Reference Genome上に適切アルゴリズムを用いてmappingした結果、目的の遺伝子領域に関して、平均で600read以上のdepthが得られ、十分な質のデータが得られていることを確認した。
現在までの解析により、APC、TP53、KRAS、FBXW7とPIK3CAの順番に最も高い頻度で変異が入っていることが認められた。（それぞれ85%、79%、45%、15%、14%）。この結果はTCGAから報告されている頻度（Nature; 2012）と大きな相違のない結果であった。また、Microsatellite Instability（MSI）を有するsampleの割合はおおよそ8%であり、欧米からの報告と比較すると低いものの、日本人に関する報告とは相違のない結果であった。この群に関しては、既報と同じく再発する頻度がMSIを持たない群と比較して優位に低く、予後良好な群であることを確認した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
検体の保存状態が非常に良いために、DNA/RNAの抽出が予想されているよりも早く行うことが可能であった。
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| Strategy for Future Research Activity |
データのクリーニング及び遺伝子変異の同定の作業を継続する。データの量が膨大なため、多大な時間を要すると予想される。一方で、同定された遺伝子変異に関しては、sampleの予後情報を収集し、予後の相関に関しての解析を同時に進めることを予定している。
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| Causes of Carryover |
（理由）若干の端数が生じた為。
（使用計画）次年度の予算と合わせて使用予定である。
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Research Products
(1 results)
