DNA analysis in lung cancer with idiopathic pulmonary fibrosis Gene analysis in lung cancer with idiopathic pulmonary fibrosis

2019 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 17K10777
• Research Institution: Chiba Cancer Center (Research Institute)
• Principal Investigator: 岩田 剛和 千葉県がんセンター(研究所), 呼吸器外科, 部長 (30586681)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 吉野 一郎 千葉大学, 大学院医学研究院, 教授 (40281547) ; 畑 敦 千葉大学, 医学部附属病院, 特任助教 (30750806) ; 坂入 祐一 千葉大学, 大学院医学研究院, 助教 (30551949) ; 中島 崇裕 千葉大学, 大学院医学研究院, 准教授 (20400913) ; 鈴木 秀海 千葉大学, 医学部附属病院, 講師 (60422226) ; 金田 篤志 千葉大学, 大学院医学研究院, 教授 (10313024)
• Project Period (FY): 2017-04-01 – 2020-03-31
• Keywords: 特発性肺線維症 / 次世代シークエンサー / 網羅的メチル化解析 / 遺伝子変異解析 / 特発性肺線維症合併肺癌

Outline of Annual Research Achievements

本研究では特発性肺線維症(IPF)合併肺癌の臨床手術検体を用いて、Infiniumビーズアレイ、エクソンシークエンスを用いた網羅的遺伝子解析を行い、得られた 遺伝子プロファイルを元に遺伝子学的特徴や発癌機構、ピルフェニドンの効果を検証する事を目的としている。DNA異常メチル化解析により肺扁平上皮癌は大きく2つのepigenotype(高メチル化群、低メチル化群)に分類され、IPF合併扁平上皮癌では低メチル化傾向を示すタイプの腫瘍が多い事が分かった。検体数を増やし、5つ高メチル化マーカー(DLEC1, CFTR, MTM, ALDH7A1, CRIP3)を用いて、パイロシークエンスによるepigenotypeの同定を行い、さらに臨床情報を用いて多変量解析による予後解析を行ったところ、低メチル化が独立した予後因子である事がわかり、IPF合併扁平上皮癌は分子生物学的にも予後不良で あるタイプの癌が多く含まれる可能性が示唆された。 メチル化遺伝子とピルフェニドン投与例に有意な相関は認められなかった。
H31年度の成果：本年度では前年度までに得られた検体を使用して、LungCancerPanelを用いた次世代シークエンサーによるエクソンシークエンスを行い、IPF合併扁平上皮癌における特異的遺伝子変異の特性につき考察した。変異数には差は認められなかったが、変異スペクトラムとしてはC>Tのパターンが多く、Signature 1を主な変異シグニチャーとして同定した。IPF合併肺癌において特異的な遺伝子変異を認め、予後因子であることも確認した。またepigenotypeごとの比較を考察したところ、両群で変異数や変異スペクトラムに差は認めなかったが、低メチル化群で遺伝子変異が優位に少ない遺伝子を検出した。