2019 Fiscal Year Annual Research Report
Gene mutation analysis using molecular-barcoding next-generation sequencer
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17K10784
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| Research Institution | Okayama University |
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Principal Investigator |
冨田 秀太 岡山大学, 大学病院, 准教授 (10372111)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
豊岡 伸一 岡山大学, 医歯薬学総合研究科, 教授 (30397880)
宗 淳一 岡山大学, 大学病院, 講師 (90559890)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 分子バーコード / 次世代シーケンサー / 肺癌 / EGFR / ALK / co-mutation / VUS / compound mutation |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、分子バーコード技術を用いた次世代シーケンサー（分子バーコードNGS）解析を実施し、既存の臨床遺伝子検査との整合性を確認するとともに、共存する遺伝子変異（co-mutation）や機能未知遺伝子変異（VUS）のリストを作成し、臨床病理との関連性を解析してきた。
①分子バーコードNGSを用いた症例でテクニカルな再現性を検証した。分子バーコードNGSでは、解析結果は完全に一致しており、分子バーコードNGSの優位性が明らかになった。また分子バーコードNGSにより、約30％程度、擬陽性が疑われる遺伝子変異の検出率低減効果を認めた。
②臨床遺伝子検査により上皮成長因子受容体（EGFR）変異陽性と確認された肺腺がん64症例を対象に、凍結組織からgDNAを抽出し、がん関連47遺伝子を解析対象とした分子バーコードNGS解析を実施したところ、63/64症例で解析結果が一致した。また＃3236症例はL858R遺伝子変異とともに、co-mutationとして（EGFR阻害剤を使用する前から）T790M遺伝子変異を有する症例であることが確認された。
③ALK融合遺伝子陽性の肺腺癌症例で、かつALK阻害剤に耐性を示した症例を対象に、治療前と治療後の原発巣、さらに複数の転移巣のFFPE試料から抽出したDNAを用いて分子バーコードNGS解析を実施したところ、治療前のサンプルからはALK融合遺伝子を検出するとともに、治療後のサンプルからはALK阻害剤に耐性を示す遺伝子変異を検出した。
これらの結果は、分子バーコードNGS解析が臨床診断においても有用であることを示している。
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[Journal Article] Rapid Acquisition of Alectinib Resistance in ALK-Positive Lung Cancer With High Tumor Mutation Burden2019
Author(s)
Makimoto Go,Ohashi Kadoaki,Tomida Shuta,Nishii Kazuya,Matsubara Takehiro,Kayatani Hiroe,Higo Hisao,Ninomiya Kiichiro,Sato Akiko,Watanabe Hiromi,Kano Hirohisa,Ninomiya Takashi,Kubo Toshio,Rai Kammei,Ichihara Eiki,Hotta Katsuyuki,Tabata Masahiro,Toyooka Shinichi,Takata Minoru,Maeda Yoshinobu,Kiura Katsuyuki
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Journal Title
Journal of Thoracic Oncology
Volume: 14
Pages: 2009～2018
DOI
Peer Reviewed
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