Clinical Sequence Platform for Brain Tumor

2019 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 17K10855
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Research Field: Neurosurgery
• Research Institution: Keio University
• Principal Investigator: NISHIHARA Hiroshi 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 教授 (50322805)
• Project Period (FY): 2017-04-01 – 2020-03-31
• Keywords: 脳腫瘍 / クリニカルシーケンス / ゲノム解析 / 個別化診断 / がんゲノム医療 / 次世代シーケンサー / 分子病理

Outline of Final Research Achievements

We performed 3 themes of research. 1) Sequence quality parameter : DIN value over 3.0 is the critical cut off for successful clinical sequence. 2) CN detection algorithm: We have developed original pipeline which enable us to detect 1p19q codeletion in glioma using even amplicon target sequence. 3) Clinical sequence pipeline integrated clinical information: We have ranched original clinical sequence system "PleSSision" which are already installed in more than 25 hospitals in Japan.
We have achieved initial goals in almost 100 %.

Free Research Field

ゲノム病理学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究の成果により、脳腫瘍を病理診断時に同時にゲノム解析を行うシステムを完成させた。また、このPleSSisionシステムは、脳腫瘍のみならず、他の悪性腫瘍のゲノム診断にも応用可能である。これは、これからの統合病理遺伝子診断システム開発において、大きな一歩となる。このことにより、悪性腫瘍の質的診断の向上と、個別化治療の均てん化に大きく貢献することが可能となる。