2020 Fiscal Year Annual Research Report
Development of non-invasive novel diagnostic methods for primary central nervous system lymphoma using liquid biopsy for nucleic acids derived from cerebrospinal fluid
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17K10873
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| Research Institution | Kyorin University |
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Principal Investigator |
塩川 芳昭 杏林大学, 医学部, 教授 (20245450)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
市村 幸一 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 分野長 (40231146)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | 中枢神経系悪性リンパ腫 / MYD88 / CD79B / liquid biopsy |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は昨年度に引き続き、収集した42例の脳腫瘍-髄液ペア検体を用いてPCNSL liquid biopsyの条件検討、検査精度の検証、及びその結果を学会・原著論文で発表した。
Digital PCR法によるMYD88 L265P変異判定の基準を(1)Target/Total値、(2)mutation signal個数を基に、MYD88 L265P変異陽性判定を定め、cfDNAでは感度、特異度ともに100%、AUC 1.00と極めて高い検査精度であった。
CD79B遺伝子変異は、hot spot内に複数の遺伝子変異が大きな偏りない頻度で存在する。そこで、野生型DNAの増幅反応を抑え、変異型のみ増幅する手法としてBridged Nucleic Acid(BNA) Clampを用いたquantitative PCR(qPCR)法(BNA-qPCR法)を用いることとした。BNA Clamp法の商標を取得している株式会社 理研ジェネシス 遺伝子解析部開発課とCD79B c.581～591に対する共通型BNA probeの開発について共同開発を開始した。各種CD79B遺伝子変異を導入したプラスミドを用いたBNA-qPCR法では、Ct値≦40とした時に全ての変異型で遺伝子変異の検出と野生型の増幅抑制が確認された。現在は、各種CD79B遺伝子変異を導入したプラスミドと野生型DNAを用いた段階希釈実験を行なっており、腫瘍含有率0.25%のサンプルでも検出可能な精度にBNA Clamp、PCR probeの改良を重ねている。また、今後、既存・前方視的に収集した脳腫瘍-髄液ペア検体を用い、BNA-qPCR法の条件検討、検査精度の検証を行い、結果は国内外の学会及び原著論文として報告予定である。
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