2017 Fiscal Year Research-status Report
難治性希少肉腫である淡明細胞肉腫の治療標的となるゲノム異常の探索
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17K10992
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| Research Institution | National Cancer Center Japan |
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Principal Investigator |
岩田 慎太郎 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 医員 (90549685)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
巽 康年 千葉県がんセンター(研究所), がんゲノムセンター 腫瘍ゲノム研究室, 研究員 (00450578)
松田 浩一 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (90401257)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 悪性軟部腫瘍 / 明細胞肉腫 / 全エクソーム解析 / RNA-seq / 発現解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
平成29年度は、本研究の対象となる明細胞肉腫の腫瘍及び正常検体を収集すること、またこれらの検体を用いての解析の実施を行った。これまでに腫瘍および正常検体のペアで収集できているのは８症例分であり、また腫瘍検体のみは６症例である。
コピー数異常解析では８症例中５例で共通の増幅領域を認めたが、この領域内には発がんに関わる遺伝子は存在しなかった。
全エクソーム解析では８症例中７例に合計26,417個のnonsynonimous variantを認め、これをフィルタリングする事で100個のnonsynonimous mutation（SNV 90個、Indel 6個、Stopgain 4個）を同定したが、recurrent mutationは認められなかった。１症例あたりのmutation数は0から47個（中央値 4個）であり、生存曲線による予後因子解析の結果、mutation数が10個以上の症例（３症例）で予後不良である傾向が認められた。
RNA-seqは12例で行われ、本疾患に特徴的なEWSR-ATF1融合遺伝子は7症例（58％）でのみ確認された。しかしながらRNA-seqで融合遺伝子が認めらえなかった症例のうち、FISHで融合遺伝子が確認された症例が１例あった。また発現解析では、EWSR-ATF1の下流にあると考えられているMITF およびc-METの発現量は、EWSR-ATF1融合遺伝子が認められた症例において高い事が確認された。
現在新規追加症例の収集の為に、骨軟部腫瘍ゲノムコンソーシアム参加施設に呼びかけを継続しており、現時点で３例の追加症例が解析部門に送付された。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
これまでの検体収集に関しては、やや正常組織が無い症例が目立つものの、新規追加症例も収集されており、順調に増加傾向にあると言える。
各解析については、全エクソーム解析ではこれまでに共通の新規遺伝子変異は見つけられていないため、さらなる症例数の増加を目指し、コンソーシアム外の施設への組織提供の依頼を行っている。
RNA-seqでは予想外に融合遺伝子が確認される症例が少なく、FISHとのdiscrepancyが認められた。そこで、融合遺伝子検出のアルゴリズムの見直しと同時に、各症例においてFISHを施行する事で、融合遺伝子の有無の確認を進めていく事とする。
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| Strategy for Future Research Activity |
平成30年度以降は、JMOGなどの骨軟部種用研究グループを介してより多くの検体の収集を狙う。またコピー数異常解析および全エクソーム解析の結果を見直し、疾患関連遺伝子変異を探索して、これらと臨床病理学的因子(予後や化学療法奏効性など）の関連を検討する。 またこれらの遺伝子の機能解析を、これまでに収集した３種の明細胞肉腫細胞株を用いて実施する。
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| Causes of Carryover |
本年度はこれまでに得たデータをもとに解析を進めており、また新規症例のプロセッシングに要する機材・物品は今のところ備蓄分で補えているため、購入の必要はなかった。また研究補助員の雇用が間に合わず、本年度は計上しなかった。
来年度は追加症例の解析及び細胞株を用いた機能解析が始まるため、物品の購入が必要となる見込みである。また研究補助員の雇用が確定したため、人件費が発生する予定である。
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