Genomic analysis for detecting therapeutic targets in clear cell sarcoma

2020 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 17K10992
• Research Institution: National Cancer Center Japan
• Principal Investigator: 岩田 慎太郎 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 医員 (90549685)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 巽 康年 千葉県がんセンター(研究所), がん予防センター 腫瘍ゲノム研究室, 研究員 (00450578) ; 松田 浩一 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (90401257)
• Project Period (FY): 2017-04-01 – 2021-03-31
• Keywords: 悪性軟部腫瘍 / 明細胞肉腫 / 全エクソーム解析 / RNA-seq / 発現解析

Outline of Annual Research Achievements

令和2年度は、本研究の対象となる明細胞肉腫の腫瘍及び正常検体の追加収集を引き続き行いつつ、これらの検体を用いての解析の実施を行った。超希少がんである本疾患の試料を、全国の肉腫専門施設より合計36例分収集できた。これらから本疾患特異的な融合遺伝子EWSR1-ATF1の検出をtargeted RNAseqで行ったところ、7例で該当する融合遺伝子は検出されず、29症例(80.6%)が解析対象となった。またこれらの融合遺伝子の中では、過去に報告されていないfusion variantを7例で認めた。
現時点までに全エクソームシークエンスおよびRNAシークエンスを8症例で実施した。全エクソームシークエンスで得られた遺伝子変異候補をIGVで検証した結果、合計661個のnonsynonimous mutation(35~157個、1症例あたり平均82.6個)を同定した。生存曲線による予後因子解析の結果、1症例あたりのmutation数が100個以上の症例(3症例)で有意に予後不良であることがわかった(P=0.011)。また9個の遺伝子で8例中3例(37.5%)にrecurrent mutationが認められ、そのうち1遺伝子は予後不良例との相関を認めた。コピー数異常解析では8症例中5例で8p21.3のgainを認めたが、RNA-seqの結果では、この領域内に存在する4遺伝子の発現量との相関は認められなかった。