The analysis of phenotypes in DCs from peripheral blood mononuclear cells.

2019 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 17K11146
• Research Institution: Kyushu University
• Principal Investigator: 立神 勝則 九州大学, 医学研究院, 准教授 (90380617)
• Project Period (FY): 2017-04-01 – 2020-03-31
• Keywords: 樹状細胞 / CD14陽性細胞 / 遺伝子発現

Outline of Annual Research Achievements

これまでの実験では、APCとして広く使用されていたマウス骨髄細由来の樹状細胞(BMDC)にはHVEMの発現を異にするDC様細胞やmacrophage様細胞などいくつかのphenotypeが存在することが解明された。また、GM-CSFによって刺激して得られたHVEM陽性細胞群がmacrophage様細胞であっため、新たにヒト末梢血由来DCの各培養段階における遺伝子発現の変化を調査した。
1.heterogeneityを考慮し、ヒト末梢血からCD14陽性細胞を単離（CD14+ cell）2.CD14+ cell をGM-CSFとIL-4によって、6日間培養（imDC）3.mBM-imDCをTNF-αとPGE2で2日間刺激（mDC）4.CD14+ cell、-imDC、DCの発現遺伝子の比較をmicro RNA sequenceのデータ解析によって行った。5.遺伝子解析は以下のような方法で行った；STARでリファレンス遺伝子配列(cDNA)にmappingして、RSEMで遺伝子発現量を算出；edgeRにより発現変動遺伝子を解析 (一般化線形モデル、3群間比較)；発現変動遺伝子（Differentially Expressed Gene：DEG）の基準はFDR（False Discobery Rate）≦0.01、遺伝子の発現量（cpm）の比が2以上とした；DEGを元に、Gene Ontology（GO）解析、KEGGパスウェイ解析、MSIgDB（Hallmark C1-C7とH）やMESHDBを用いてGSEA解析を行った。

これらの解析により、IDO1/2やCD70などの遺伝子がヒト末梢血由来DCへの分化に関連していることが示唆され、個別に機能解析を行う予定としている。また、これまでに報告されていない遺伝子群も同定されており、更なる解析を行っている。