2017 Fiscal Year Research-status Report
An effective diagnostic strategy for deaf patients in Okinawa Islands using a next-generation sequencing and exome sequencing.
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17K11337
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| Research Institution | University of the Ryukyus |
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Principal Investigator |
我那覇 章 琉球大学, 医学部附属病院, 講師 (00347155)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
要 匡 国立研究開発法人国立成育医療研究センター, ゲノム医療研究部, 部長 (40264288)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 難聴遺伝子 / 沖縄 / ターゲットリシークエンス / 全エクソンシークエンス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、①次世代シークエンサーを用いた、ターゲットリシークエンス解析（難聴の原因として報告のある96遺伝子のエクソン領域をターゲットとして作成したHaloPlex target DNA enrichment カスタムパネルを使用）、② ターゲットリシークエンス解析で原因となり得る変異を抽出し得なかった症例に対する、全エクソンシークエンス解析、③ターゲットリシークエンス解析および、全エクソンシークエンス解析において抽出し得た変異に対する、疾患の原因となる変異かどうかの解析（直接シークエンス法による変異確認、in silico疾患関連予測解析、臨床情報、健聴者コントロールを用いた解析）の3つの部分から構成される。
症例のリクルートにおいては、既存検体に加えて、難聴の16家系（46検体）を採取した。また、沖縄県出身のコントロール検体のリクルートにおいては、既存の108検体に加えて、新たに20検体を追加採取した。
解析においては、非症候群性難聴の20家系に対して、ターゲットリシークエンスによる98難聴遺伝子の解析をおこなった。今回解析した20家系のうち7家系に対して難聴の原因可能性がある遺伝子（PTPQR、MYO15A、EYA4、ADGRV1、USH2A、OTOG）の変異を確認した。現在、抽出した変異に対して、直接シークエンス法による塩基配列の同定、およびin silico解析中である。特にOTOG遺伝子変異によると考えられる中等度感音難聴家系は、これまでに2家系しか報告が無いが、沖縄県においては、前年度までの解析結果と併せて、4家系を確認しており、創始者効果によるものと考えられる。現在、追加の発現解析およびタンパク構造等を解析中である。また、ターゲットリシークエンス解析にて原因不明であった非症候群性難聴の2家系に対し、現在、全エクソンシークエンス解析中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
研究対象症例のリクルートおよび、カスタムパネルを用いた、ターゲットリシークエンス解析は比較的順調である。ターゲットリシークエンス解析により、原因となり得る変異を抽出し得た症例においては、現在、直接シーケンス法による変異の同定やタンパク機能影響評価などの追加解析も行っており、概ね順調である。しかしながら、ターゲットリシークエンス解析および、追加の疾患の原因となる変異かどうかの解析を主として研究を進めてきたため、現在、非症候群性難聴の2家系のみが全エクソン解析中であり、研究の進捗としては、やや遅れていると評価する。
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| Strategy for Future Research Activity |
①平成29年度に引き続き、難聴者（発端者）とその家族および、沖縄県出身のコントロール検体の採取、gDNA、tRNA の抽出を行う。②カスタムパネルを用いた次世代シーケンサーによるターゲットリシークエンス解析は比較的順調であり、平成29年度と同様に行う。③既存の原因不明症例に加えて、平成29年度に行ったターゲットリシークエンス解析において、難聴の原因となり得る変異を同定し得なかった症例に対する、全エクソンシークエンス解析を継続する。
ターゲットリシークエンス解析および全エクソン解析で得られた塩基配列の解析は、
1. ヒトゲノムデータベースと照合した変異部位、SNP の抽出
2. 抽出した変異に対する、直接シークエンス法による変異の確認、必要に応じた発現解析等の追加解析
3. 確認できた変異について、これまでに得られたコントロール検体を用いて、一般集団における頻度確認を行う。
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| Causes of Carryover |
（理由）
現在、全エクソンシークエンス解析を開始したところであり、蓄積した検体の一部のみを解析中であるために次年度使用額が生じた。
（使用計画）
今後、次年度使用額も使用し、蓄積した検体のターゲットリシークエンス解析や全エクソン解析を予定している。それに伴い、カスタムパネルの追加購入等が必要不可欠であり、追加解析目的に使用を計画している。
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