2018 Fiscal Year Research-status Report
An effective diagnostic strategy for deaf patients in Okinawa Islands using a next-generation sequencing and exome sequencing.
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17K11337
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| Research Institution | University of Miyazaki |
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Principal Investigator |
我那覇 章 宮崎大学, 医学部, 講師 (00347155)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
要 匡 国立研究開発法人国立成育医療研究センター, ゲノム医療研究部, 部長 (40264288)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 難聴遺伝子 / 次世代シークエンス / エクソーム解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、①次世代シークエンサーを用いた、ターゲットリシークエンス解析（難聴の原因として報告のある96遺伝子のエクソン領域をターゲットとして作成したHaloPlex target DNA enrichment カスタムパネルを使用）、② ターゲットリシークエンス解析で原因となり得る変異を抽出し得なかった症例に対する、全エクソンシークエンス解析、③ターゲットリシークエンス解析および、全エクソンシークエンス解析において抽出し得た変異に対する、疾患の原因となる変異かどうかの解析（直接シークエンス法による変異確認、in silico疾患関連予測解析、臨床情報、健聴者コントロールを用いた解析）の3つの部分から構成される。
本年度は、研究代表者が作成した次世代シークエンサーを用いた98難聴遺伝子に対する診断パネルでは診断できなかった、家族性中耳奇形の1家系(6検体)、BO症候群の1家系(6検体)、中等度難聴の4家系(16検体)、先天性重度難聴の1家系(4検体）、奇形症候群に伴う先天性重度難聴の1家系(3検体)において、全エクソン解析を実施・解析した。その結果、中等度難聴の4家系のうち、3家系において、OTOG遺伝子変異(OTOG; NM_001277269),c.330C>G,p.Tyr110Xを同定した。また、奇形症候群に伴う先天性重度難聴例においては、(CDC42:NM_001791),c.G203A,p.R68Qを同定し、その結果Takenouchi-Kosaki症候群の診断に至った。全エクソーム解析で同定した両バリアントはいずれも本邦未報告であり、現在、OTOG遺伝子変異に伴う難聴について、投稿中である。その他家系においては、難聴の原因となりえる遺伝子変異を同定し得なかった。現在、追加で非症候群性難聴の8家系23検体において全エクソン解析を実施し、解析中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
研究代表者は、2018年の4月より、琉球大学から宮崎大学へ転勤となった。その後も琉球大学の非常勤講師として琉球大学に出向き症例のリクルート等、研究を継続してきた。それと共に、赴任先の宮崎大学と琉球大学間での共同研究とし、宮崎大学においても研究に必要な実験室の立ち上げを行った。以上の理由から、研究の進捗はやや遅れている。
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| Strategy for Future Research Activity |
現在、琉球大学、宮崎大学の両施設でにおいて、研究実施可能な環境整備が終了している。現在、非症候群性難聴の8家系23検体において全エクソン解析を実施し、データの解析中である。さらに、本年度までに、16家系(46検体)に対して、次世代シークエンサーを用いた98難聴遺伝子診断パネルによる実験（ターゲットリシークエンス）を終了しており、本年度はその解析結果をもとに、未診断例に対してエクソーム解析を追加実施する予定である。
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| Causes of Carryover |
現在、全エクソンシークエンス解析中であるが、リクルートした検体の一部は未解析であり、今後解析予定であるために、次年度使用額が生じた。既に、ターゲットリシークエンス解析用パネルは追加購入済であるため、次年度使用額も使用し、追加の未解析検体の全エクソン解析を計画している。
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