Identification of tissue-specific somatic mosaicism in cleft lip and palate using whole exome sequencing

2019 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 17K11863
• Research Institution: Aichi Gakuin University
• Principal Investigator: 鈴木 聡 愛知学院大学, 歯学部, 非常勤講師 (30468996)
• Project Period (FY): 2017-04-01 – 2020-03-31
• Keywords: エクソーム / 口唇口蓋裂 / モザイク

Outline of Annual Research Achievements

現在までの口唇口蓋裂に対する解析は、白血球由来のDNAを使用した連鎖解析、関連解析が行われてきた。またエクソーム解析では、次世代シークエンサーによる遺伝子変異探索が行われたが、発見された遺伝子変異は患者総数の約5%程度のみであった。そして、いずれの研究においても遺伝力および家系解析を中心としたHeritabilityを基準としており、体細胞モザイクは全く考慮されていない。今回は口唇裂部の組織特異的な体細胞モザイクによるものであるとの仮説を検証した。通常のエクソーム解析では1検体あたり約400個以上の遺伝子変異が検出されるが、本研究では血液中の白血球由来DNAと手術で除去された口唇部上皮組織からなる同一個人20組のDNAを比較した。Target領域の平均読み深度は組織で152.8であり血液では158.5であった。またカバレッジは両方サンプル群ともに99.8%であった。イルミナ社の推奨するクオリティコントロール後のデータの有効性は血液サンプルで98.6%であり組織サンプルでは98.5%であった。各サンプルのリードは全てペアワイズであり、合計2回ずつシークエンスを行なってさらにデータのクオリティを確保している。結果として各サンプル平均SNP数 は436789.8個でありサンプル平均INDEL数は 71265.15個であった。現在さらに詳しく解析中である。

Research Products

• [Journal Article] SPECC1L regulates palate development downstream of IRF6 (2020)
  • Author(s): Hall Everett G、Wenger Luke W、Wilson Nathan R、Natsume Nagato、Ito Masaaki、Mori Akihiro、Imura Hideto、Kroc Sarah A、Adeyemo Wasiu L、Eshete Mekonen A、Bjork Bryan C、Suzuki Satoshi、Murray Jeffrey C、Schutte Brian C、Butali Azeez、Saadi Irfan
  • Journal Title: Human Molecular Genetics Volume: 29 Pages: 845～858
  • DOI: 10.1093/hmg/ddaa002
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Replication of GWAS Candidate Genes in non-syndromic Cleft lip and / or Cleft palate in Vietnamese population (2019)
  • Author(s): Suzuki S, Ono M, Niimi T, Yamamoto M, Imura H, NGUYEN C, Leslie E , Cooper M.E, Natsume N, NGUYEN M, Marazita M.L, Murray J.C
  • Organizer: The 59Th Annual Meeting of The Japanese Teratology Society The 13th World Congress of The International Cleft Lip and Palate Foundation(Nagoya)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Replication of genome wide association findings for Cleft Lip and Palate a role for variants in MAFB, VAX1 and PAX7 in Asian populations. (2019)
  • Author(s): S. Suzuki, ML. Marazita, ME. Cooper,E. Dragan, A. Butali, M. Mansila, N. Natsume, Y. Suzuki, T. Niimi, M. Yamamoto, G. Ayanga, T. Erkhembaatar, H. Furukawa, K. Minami, H. Imura, K. Fujiwara, J. L’Heureux J, K. Durda,AC. Lidral, JC. Murray
  • Organizer: The 59Th Annual Meeting of The Japanese Teratology Society The 13th World Congress of The International Cleft Lip and Palate Foundation(Nagoya)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] ASSOCIATION OF MEOX2 POLYMORPHISM WITHNONSYNDROMIC CLEFT PALATE ONLY IN A COMPARISON BETWEEN A JAPANESE POPULATION AND A VIETNAMESE POPULATION (2019)
  • Author(s): Duy Le Tran,Hideto Imura, Akihiro Mori, Satoshi Suzuki, Teruyuki Niimi, Toko Hayakawa, Tham Thi Hong Nguyen, Phuong Thi Pham, Ut Cong Nguyen, Viet Hoang, Hiep Minh Trinh, Minh Duc Nguyen, Tan Van Ngo, Mai Van Phan, Nagato Natsume
  • Organizer: The 59Th Annual Meeting of The Japanese Teratology Society The 13th World Congress of The International Cleft Lip and Palate Foundation(Nagoya)
  • Int'l Joint Research